[Loris-dev] Follow up czi question

[Cecile Madjar]

Hello Maria,

I may be wrong but I think you could use some already existing scripts to
do what you need. Here what you most likely to do to adapt LORIS for czi
files:

   - zip the .czi files of a given session together with PatientName like
   looks like "PSCID_CandID_VisitLabel" and upload the file in the imaging
   uploader
   - set up a cronjob that would unzip the archive containing the .czi
   files and use imaging_non_minc_insertion.pl
   <https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/main/uploadNeuroDB/imaging_non_minc_insertion.pl>
script
   to insert the files into the imaging browser

One caveat: I don't think BrainBrowser will be able to view the images like
MINC or NIfTI files but at least, the data will be properly organized in
the database.

There might need some tweaking along the way but it should be feasible.

Hope this helps,

Cécile

On Mon, Jun 20, 2022 at 4:05 AM Olano.María <molano at ext.cnio.es> wrote:

> Hello,
>
>
>
> Unfortunately, we can’t change the initial format (.CZI) to DICOM,so our
> next option is to customizing loris by modifying code in the pipelines
> and open-source database and web-facing workflows. In previous emails with
> Olga Rico, your team recommended importing them using your Derived Data
> script (even though this is raw data).
>
>
>
> We would like to have a better understanding of how to modify loris’ code
> in order to carry out .czi uploads. Any indication of where to start would
> be very much appreciated.
>
> Thank you,
>
> María
>
>
>
>
>
> [image: Hazte Amigo del CNIO. Más investigación, menos cáncer]
> <https://www.cnio.es/es/colaborar/comocolaborar.asp>
>
> *Fb* Amigos del CNIO <https://www.facebook.com/AmigosdelCNIO/> |  *Tw*
> @CNIOStopCancer <https://twitter.com/CNIOStopCancer> |  *Youtube*
> canalcnio <https://www.youtube.com/canalcnio>
>
>
> **ADVERTENCIA LEGAL**: Este correo electrónico, y en su caso los ficheros
> adjuntos, pueden contener información protegida para el uso exclusivo de su
> destinatario. Se prohíbe la distribución, reproducción o cualquier otro
> tipo de transmisión por parte de otra persona que no sea el destinatario.
> Si usted recibe por error este correo, se ruega comunicarlo al remitente y
> borrar el mensaje recibido.
> De conformidad con lo dispuesto en el Reglamento (UE) 2016/679 relativo a
> la protección de los datos personales de las personas físicas, la
> información personal que nos pueda facilitar a través de este correo
> electrónico quedará registrada por la Fundación CNIO con la finalidad de
> tramitar el objeto del presente correo electrónico. El tratamiento de sus
> datos personales se encuentra legitimado por ser necesario para gestionar
> el objeto del presente mensaje. Estos datos personales no serán comunicados
> a ningún destinatario salvo a aquellos que usted nos autorice o así venga
> exigido por una ley. Ud. podrá ejercer los derechos de acceso,
> rectificación, supresión, limitación de tratamiento, portabilidad y
> oposición en la siguiente dirección: c/Melchor Fernandez Almagro 3, 28029
> (Madrid). Podrá ponerse en contacto con el Delegado de Protección de Datos
> en: delegado_lopd at cnio.es. Para el caso de que Ud. precise conocer
> información adicional sobre el tratamiento de sus datos personales, puede
> consultar dicha información adicional en el siguiente enlace dentro de
> nuestra página web: https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp
>
> **LEGAL NOTICE**: This email and any attached files may contain protected
> information for the sole use of its intended recipient or addressee. Anyone
> other than the intended recipient or addressee is strictly prohibited from
> distributing, reproducing or transmitting the email and its contents in any
> way. If you receive this email in error, please notify the sender and
> delete the message.
> Pursuant to the provisions of EU Regulation 2016/679 regarding the
> protection of personal data, any personal information you provide through
> this email will be registered by the CNIO Foundation in order to deal with
> content of this email. Your personal data must be processed in order to be
> able to deal with the content and purpose of this message. Your personal
> details will not be passed on to anyone else unless you authorise us to do
> so or we are required to do so by law. You may exercise your rights
> regarding access, rectification, suppression, limitation of processing,
> portability and opposition by writing to the following address: c/Melchor
> Fernandez Almagro 3, 28029 (Madrid). You may contact the Data Protection
> Delegate (Delegado de Protección de Datos) at: delegado_lopd at cnio.es. If
> you require further information about the processing of your personal data,
> go to the following link on our webpage:
> https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp
> _______________________________________________
> Loris-dev mailing list
> Loris-dev at bic.mni.mcgill.ca
> https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev
>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://mailman.bic.mni.mcgill.ca/pipermail/loris-dev/attachments/20220620/6d5f54ff/attachment-0001.html>