[Loris-dev] .czi image upload

Mon Jun 20 12:19:40 EDT 2022

Hi Maria,
Sure, all our documentation on how the pipelines work and how you might
approach modifying them is available in the LORIS-MRI repository (
github.com/aces/loris-mri) under the docs/ folder.
You may wish to start here:
https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/main/docs/01-Introduction.md
Let us know what your followup questions might be based on this
information, and we'll be glad to get back to you.
Best,
Christine

On Wed, Jun 15, 2022 at 2:35 PM Olano.María <molano at ext.cnio.es> wrote:

> Hello,
>
>
>
> Unfortunately, we can’t change the initial format (.CZI) to DICOM,so our
> next option is to customizing loris by modifying code in the pipelines
> and open-source database and web-facing workflows. In previous emails with
> Olga Rico, your team recommended importing them using your Derived Data
> script (even though this is raw data).
>
>
>
> We would like to have a better understanding of how to modify loris’ code
> in order to carry out .czi uploads. Any indication of where to start would
> be very much appreciated.
>
> Thank you,
>
> María
>
>
>
> *De:* Christine Rogers, Ms. <christine.rogers at mcgill.ca>
> *Enviado el:* martes, 7 de junio de 2022 15:20
> *Para:* Olano.María <molano at ext.cnio.es>
> *CC:* loris-dev at bic.mni.mcgill.ca
> *Asunto:* Re: [Loris-dev] .czi image upload
>
>
>
> *CAUTION: This email originated from outside of the organization. Do not
> click links or open attachments unless you recognize the sender and know
> the content is safe*
>
>
>
> Hello,
>
> Thanks for your question —
>
>  LORIS’s open-source imaging pipelines support DICOM, MINC and NIFTI, and
> can be customized for different technologies, standards, and
> domain-specific standards.
>
> For proprietary formats like .CZI in microscopy, you may wish to use
> community-supported converters(*) to DICOM.
>
>
>
> Customizing LORIS may also be an option for your project— modifying code
> in the pipelines and open-source database and web-facing workflows for your
> chosen format.  You could then potentially use either the imaging pipelines
> or the Imaging Uploader to import .czi
>
> Best,
>
> Christine
>
>
>
> * e.g. this open-source toolkit would support .CZI to DICOM conversion:
>
> http://dx.doi.org/10.1109/ISCC53001.2021.9631529
>
>
>
> On Jun 7, 2022, at 8:45 AM, Olano.María <molano at ext.cnio.es> wrote:
>
> 
>
> Good day,
>
>
>
> We were hoping to use LORIS as a way to upload .czi pathology images onto
> the plataform; however, it seems only DICOM MRI images can be uploaded. Is
> there a way of importing .czi images?  Would the Imaging Uploader front end
> on the LORIS web plataform still function with .czi?
>
>
>
>
>
> Thank you
>
>
>
> María
>
>
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Research Project Officer
christine.rogers at mcgill.ca
McGill Centre for Integrative Neuroscience | MCIN.ca
Montreal Neurological Institute-Hospital
McGill University | Montreal | Canada
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