<div dir="ltr">Hi Maria, <div>Sure, all our documentation on how the pipelines work and how you might approach modifying them is available in the LORIS-MRI repository (<a href="http://github.com/aces/loris-mri">github.com/aces/loris-mri</a>) under the docs/ folder. </div><div>You may wish to start here: <a href="https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/main/docs/01-Introduction.md">https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/main/docs/01-Introduction.md</a></div><div>Let us know what your followup questions might be based on this information, and we'll be glad to get back to you. </div><div>Best, </div><div>Christine </div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jun 15, 2022 at 2:35 PM Olano.María <<a href="mailto:molano@ext.cnio.es">molano@ext.cnio.es</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div lang="ES">
<div class="gmail-m_-5556929886158972432WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hello,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Unfortunately, we can’t change the initial format (.CZI) to DICOM,so our next option is to customizing loris by
</span><span lang="EN-US" style="color:black">modifying </span><span lang="EN-US">code in the pipelines and open-source database and web-facing workflows. In previous emails with Olga Rico, your team recommended importing them using your Derived Data script
(even though this is raw data).<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">We would like to have a better understanding of how to modify loris’ code in order to carry out .czi uploads. Any indication of where to start would be very much appreciated.
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Thank you,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">María<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<div style="border-right:none;border-bottom:none;border-left:none;border-top:1pt solid rgb(225,225,225);padding:3pt 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span>De:</span></b><span> Christine Rogers, Ms. <<a href="mailto:christine.rogers@mcgill.ca" target="_blank">christine.rogers@mcgill.ca</a>>
<br>
<b>Enviado el:</b> martes, 7 de junio de 2022 15:20<br>
<b>Para:</b> Olano.María <<a href="mailto:molano@ext.cnio.es" target="_blank">molano@ext.cnio.es</a>><br>
<b>CC:</b> <a href="mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank">loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
<b>Asunto:</b> Re: [Loris-dev] .czi image upload<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="background:orange"><strong><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:white">CAUTION: This email originated from outside of the organization. Do not click links or open attachments unless you recognize the
sender and know the content is safe</span></strong> <span style="font-size:12pt">
<u></u><u></u></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hello,<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanks for your question —<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> LORIS’s open-source imaging pipelines support DICOM, MINC and NIFTI, and can be customized for different technologies, standards, and domain-specific standards. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">For proprietary formats like .CZI in microscopy, you may wish to use community-supported converters(*) to DICOM. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Customizing LORIS <span style="color:black">may also be an option for your project— modifying </span>code in the pipelines and open-source database and web-facing workflows for your chosen format. You could then potentially use either
the imaging pipelines or the Imaging Uploader to import .czi<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Best,<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Christine <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">* e.g. this open-source toolkit would support .CZI to DICOM conversion:<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="http://dx.doi.org/10.1109/ISCC53001.2021.9631529" target="_blank">http://dx.doi.org/10.1109/ISCC53001.2021.9631529</a><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<u></u><u></u></p>
<blockquote style="margin-top:5pt;margin-bottom:5pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt">On Jun 7, 2022, at 8:45 AM, Olano.María <<a href="mailto:molano@ext.cnio.es" target="_blank">molano@ext.cnio.es</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</blockquote>
</div>
<blockquote style="margin-top:5pt;margin-bottom:5pt">
<div>
<p class="MsoNormal"> <span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal">Good day,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">We were hoping to use LORIS as a way to upload .czi pathology images onto the plataform; however, it seems only DICOM MRI images can be uploaded. Is there a way of importing .czi images? Would the Imaging Uploader front end on the LORIS
web plataform still function with .czi? <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Thank you<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">María<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif"><br>
<br>
<u></u><u></u></span></p>
<p><a href="https://www.cnio.es/es/colaborar/comocolaborar.asp" target="_blank"><span style="text-decoration:none"><img border="0" width="510" height="115" style="width: 5.3125in; height: 1.1979in;" id="gmail-m_-5556929886158972432_x0000_i1025" src="https://apps.cnio.es/img/signature/hazte-amigo-es.jpg" alt="Hazte Amigo del CNIO. Más investigación, menos cáncer"></span></a><u></u><u></u></p>
<p><a href="https://www.facebook.com/AmigosdelCNIO/" target="_blank"><b><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif">Fb</span></b><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif"> Amigos del CNIO</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif"> |
</span><a href="https://twitter.com/CNIOStopCancer" target="_blank"><b><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif">Tw</span></b><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif"> @CNIOStopCancer</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif"> |
</span><a href="https://www.youtube.com/canalcnio" target="_blank"><b><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif">Youtube</span></b><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif"> canalcnio</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif">
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif"><br>
<br>
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Loris-dev mailing list<br>
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</span><a href="https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev" target="_blank"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev</span></a><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif"><u></u><u></u></span></p>
</div>
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</div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div style="font-size:12.8px">Research Project Officer<br><a href="mailto:christine.rogers@mcgill.ca" target="_blank">christine.rogers@mcgill.ca</a><br>McGill Centre for Integrative Neuroscience | MCIN.ca</div><div style="font-size:12.8px">Montreal Neurological Institute-Hospital</div><div style="font-size:12.8px">McGill University | Montreal | Canada</div></div></div></div>