<div dir="ltr">Hello Maria,<div><br></div><div>I may be wrong but I think you could use some already existing scripts to do what you need. Here what you most likely to do to adapt LORIS for czi files:</div><div><ul><li>zip the .czi files of a given session together with PatientName like looks like "PSCID_CandID_VisitLabel" and upload the file in the imaging uploader</li><li>set up a cronjob that would unzip the archive containing the .czi files and use <a href="https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/main/uploadNeuroDB/imaging_non_minc_insertion.pl">imaging_non_minc_insertion.pl</a> script to insert the files into the imaging browser</li></ul><div>One caveat: I don't think BrainBrowser will be able to view the images like MINC or NIfTI files but at least, the data will be properly organized in the database.</div></div><div><br></div><div>There might need some tweaking along the way but it should be feasible.</div><div><br></div><div>Hope this helps,</div><div><br></div><div>Cécile</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jun 20, 2022 at 4:05 AM Olano.María <<a href="mailto:molano@ext.cnio.es">molano@ext.cnio.es</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div lang="ES">
<div class="gmail-m_-6346893435692464744WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hello,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Unfortunately, we can’t change the initial format (.CZI) to DICOM,so our next option is to customizing loris by
<span style="color:black">modifying </span>code in the pipelines and open-source database and web-facing workflows. In previous emails with Olga Rico, your team recommended importing them using your Derived Data script (even though this is raw data).<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">We would like to have a better understanding of how to modify loris’ code in order to carry out .czi uploads. Any indication of where to start would be very much appreciated.
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Thank you,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">María<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
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<p align="left"><a href="https://www.cnio.es/es/colaborar/comocolaborar.asp" style="text-decoration:none" target="_blank"><img src="https://apps.cnio.es/img/signature/hazte-amigo-es.jpg" alt="Hazte Amigo del CNIO. Más investigación, menos cáncer">
</a></p>
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