[Loris-dev] IMAGE UPLOAD FAILURE

Olano.María molano at ext.cnio.es
Thu Jun 29 06:56:01 EDT 2023 

Hi Nicolas!

We simply uploaded our image through the frontend Imaging Uploader as it automatically starts the process of creating the MySQL line and information, and then used the imaging_non_minc_insertion.pl<http://imaging_non_minc_insertion.pl> . Was unaware of the imaging_file_upload.pl<http://imaging_file_upload.pl> script, and maybe that is the key to making it work.

Would you be available today at 10 AM your time? (4 PM mine)

Best,

María

From: Nicolas Brossard <nicolasbrossard.mni at gmail.com>
Sent: 28 June 2023 17:49
To: Olano.María <molano at ext.cnio.es>
Cc: loris-dev at bic.mni.mcgill.ca
Subject: Re: [Loris-dev] IMAGE UPLOAD FAILURE

CAUTION: This email originated from outside of the organization. Do not click links or open attachments unless you recognize the sender and know the content is safe

Hi Maria,

In the commands you mentioned in your first email, you refer to an upload with ID 1. Did you process this upload with script imaging_file_upload.pl<http://imaging_file_upload.pl>? This should be the first thing to do. Script imaging_non_minc_insertion.pl<http://imaging_non_minc_insertion.pl> should only be used for "non-standard" insertions that could not be done using this process. Also, when you run script imaging_file_upload.pl<http://imaging_file_upload.pl>, it will create an image for every modality that it successfully processed so you should not have to manually insert the images yourself.

I think I need to see the big picture in order to diagnose this issue. Would you be available for a Zoom call? I assume you are in Spain so there's a ~6 hour time difference (your 5PM is my 11AM). I gots lots of time for this so send me an invite and we'll take it from there.

Best,
Nicolas

On Wed, Jun 28, 2023 at 2:46 AM Olano.María <molano at ext.cnio.es<mailto:molano at ext.cnio.es>> wrote:
Hi Nicolas!

Thank you very much for your help! No, there is only one image in the zip file we are trying to insert.

Best regards,

María
________________________________
From: Nicolas Brossard <nicolasbrossard.mni at gmail.com<mailto:nicolasbrossard.mni at gmail.com>>
Sent: Tuesday, June 27, 2023 7:38 PM
To: Olano.María <molano at ext.cnio.es<mailto:molano at ext.cnio.es>>
Cc: loris-dev at bic.mni.mcgill.ca<mailto:loris-dev at bic.mni.mcgill.ca> <loris-dev at bic.mni.mcgill.ca<mailto:loris-dev at bic.mni.mcgill.ca>>
Subject: Re: [Loris-dev] IMAGE UPLOAD FAILURE

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Hi Maria,

I'll be helping you debug this. The script imaging_non_minc_insertion.pl<http://imaging_non_minc_insertion.pl> is used to insert *one* non-minc file into the database. Are there files other than the image file inside your zip archive or is it the only file?


Best,
Nicolas

On Mon, Jun 26, 2023 at 9:08 AM Olano.María <molano at ext.cnio.es<mailto:molano at ext.cnio.es>> wrote:

Hello!



We have followed the imaging upload process throught the imaging_non_minc_insertion.pl<http://imaging_non_minc_insertion.pl> script and unfortunately we are unable to see the image associated to the patient. This is what we typed into the cmd and the response.



uploadNeuroDB/imaging_non_minc_insertion.pl<http://imaging_non_minc_insertion.pl> -profile prod -upload_id 1 -file_path /data/casadp/data/157011001_223572_PathologicalPancreas.zip -output_type native -scan_type he -date_acquired 2012-04-20 -scanner_id 1 -coordin_space native -reckless -verbose -patient_name 157011001_223572_PathologicalPancreas



log dir is /data/casadp/data/logs and log file is /data/casadp/data/logs/FileLoad-9-55-_KU5t4.log.

PSCID is: 157011001

CandID id: 223572

visit_label is: PathologicalPancreas

PSCID is: 157011001

CandID id: 223572

visit_label is: PathologicalPancreas

    -> ScannerID was set to 1



    -> SessionID was set to 2



    -> Acquisition date was set to 2012-04-20



    -> Output type was set to native

Acquisition date: 2012-04-20



When seeing the log dir this is what greets us

==> computing md5 hash for MINC body.



--> md5: ac8645a1c1a1619d712e0703cdde22cd



File /data/casadp/data/157011001_223572_PathologicalPancreas.zip

moved to:

/data/casadp/data/assembly/223572/PathologicalPancreas/mri/native/casadp_223572_PathologicalPancreas_he_001.zip



And the image is indeed in that path. However, when we return to our frontend, it says there is no imaging data available. Is there a step we haven’t followed?



If you have any suggestions as to what to do, we’d be more than happy to hear it.



Thank you in advance!



María





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