[Loris-dev] IMAGE UPLOAD FAILURE

Wed Jun 28 11:49:28 EDT 2023

Hi Maria,

In the commands you mentioned in your first email, you refer to an upload
with ID 1. Did you process this upload with script imaging_file_upload.pl?
This should be the first thing to do. Script imaging_non_minc_insertion.pl
should only be used for "non-standard" insertions that could not be done
using this process. Also, when you run script imaging_file_upload.pl, it
will create an image for every modality that it successfully processed so
you should not have to manually insert the images yourself.

I think I need to see the big picture in order to diagnose this issue.
Would you be available for a Zoom call? I assume you are in Spain so
there's a ~6 hour time difference (your 5PM is my 11AM). I gots lots of
time for this so send me an invite and we'll take it from there.

Best,
Nicolas

On Wed, Jun 28, 2023 at 2:46 AM Olano.María <molano at ext.cnio.es> wrote:

> Hi Nicolas!
>
> Thank you very much for your help! No, there is only one image in the zip
> file we are trying to insert.
>
> Best regards,
>
> María
> ------------------------------
> *From:* Nicolas Brossard <nicolasbrossard.mni at gmail.com>
> *Sent:* Tuesday, June 27, 2023 7:38 PM
> *To:* Olano.María <molano at ext.cnio.es>
> *Cc:* loris-dev at bic.mni.mcgill.ca <loris-dev at bic.mni.mcgill.ca>
> *Subject:* Re: [Loris-dev] IMAGE UPLOAD FAILURE
>
> *CAUTION: This email originated from outside of the organization. Do not
> click links or open attachments unless you recognize the sender and know
> the content is safe*
>
>
> Hi Maria,
>
> I'll be helping you debug this. The script imaging_non_minc_insertion.pl
> is used to insert *one* non-minc file into the database. Are there files
> other than the image file inside your zip archive or is it the only file?
>
>
> Best,
> Nicolas
>
> On Mon, Jun 26, 2023 at 9:08 AM Olano.María <molano at ext.cnio.es> wrote:
>
> Hello!
>
>
>
> We have followed the imaging upload process throught the *
> imaging_non_minc_insertion.pl <http://imaging_non_minc_insertion.pl> *script
> and unfortunately we are unable to see the image associated to the patient.
> This is what we typed into the cmd and the response.
>
>
>
> *uploadNeuroDB/imaging_non_minc_insertion.pl
> <http://imaging_non_minc_insertion.pl> -profile prod -upload_id 1
> -file_path /data/casadp/data/157011001_223572_PathologicalPancreas.zip
> -output_type native -scan_type he -date_acquired 2012-04-20 -scanner_id 1
> -coordin_space native -reckless -verbose -patient_name
> 157011001_223572_PathologicalPancreas*
>
>
>
> *log dir is /data/casadp/data/logs and log file is
> /data/casadp/data/logs/FileLoad-9-55-_KU5t4.log.*
>
> *PSCID is: 157011001*
>
> *CandID id: 223572*
>
> *visit_label is: PathologicalPancreas*
>
> *PSCID is: 157011001*
>
> *CandID id: 223572*
>
> *visit_label is: PathologicalPancreas*
>
> *    -> ScannerID was set to 1*
>
>
>
> *    -> SessionID was set to 2*
>
>
>
> *    -> Acquisition date was set to 2012-04-20*
>
>
>
> *    -> Output type was set to native*
>
> *Acquisition date: 2012-04-20*
>
>
>
> When seeing the log dir this is what greets us
>
> *==> computing md5 hash for MINC body.*
>
>
>
> *--> md5: ac8645a1c1a1619d712e0703cdde22cd*
>
>
>
> *File /data/casadp/data/157011001_223572_PathologicalPancreas.zip*
>
> *moved to:*
>
>
> */data/casadp/data/assembly/223572/PathologicalPancreas/mri/native/casadp_223572_PathologicalPancreas_he_001.zip*
>
>
>
> And the image is indeed in that path. However, when we return to our
> frontend, it says there is no imaging data available. Is there a step we
> haven’t followed?
>
>
>
> If you have any suggestions as to what to do, we’d be more than happy to
> hear it.
>
>
>
> Thank you in advance!
>
>
>
> María
>
>
>
>
>
> [image: Hazte Amigo del CNIO. Más investigación, menos cáncer]
> <https://www.cnio.es/es/colaborar/comocolaborar.asp>
>
> *Fb* Amigos del CNIO <https://www.facebook.com/AmigosdelCNIO/> |  *Tw*
> @CNIOStopCancer <https://twitter.com/CNIOStopCancer> |  *Youtube*
> canalcnio <https://www.youtube.com/canalcnio>
>
>
> **ADVERTENCIA LEGAL**: Este correo electrónico, y en su caso los ficheros
> adjuntos, pueden contener información protegida para el uso exclusivo de su
> destinatario. Se prohíbe la distribución, reproducción o cualquier otro
> tipo de transmisión por parte de otra persona que no sea el destinatario.
> Si usted recibe por error este correo, se ruega comunicarlo al remitente y
> borrar el mensaje recibido.
> De conformidad con lo dispuesto en el Reglamento (UE) 2016/679 relativo a
> la protección de los datos personales de las personas físicas, la
> información personal que nos pueda facilitar a través de este correo
> electrónico quedará registrada por la Fundación CNIO con la finalidad de
> tramitar el objeto del presente correo electrónico. El tratamiento de sus
> datos personales se encuentra legitimado por ser necesario para gestionar
> el objeto del presente mensaje. Estos datos personales no serán comunicados
> a ningún destinatario salvo a aquellos que usted nos autorice o así venga
> exigido por una ley. Ud. podrá ejercer los derechos de acceso,
> rectificación, supresión, limitación de tratamiento, portabilidad y
> oposición en la siguiente dirección: c/Melchor Fernandez Almagro 3, 28029
> (Madrid). Podrá ponerse en contacto con el Delegado de Protección de Datos
> en: delegado_lopd at cnio.es. Para el caso de que Ud. precise conocer
> información adicional sobre el tratamiento de sus datos personales, puede
> consultar dicha información adicional en el siguiente enlace dentro de
> nuestra página web: https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp
>
> **LEGAL NOTICE**: This email and any attached files may contain protected
> information for the sole use of its intended recipient or addressee. Anyone
> other than the intended recipient or addressee is strictly prohibited from
> distributing, reproducing or transmitting the email and its contents in any
> way. If you receive this email in error, please notify the sender and
> delete the message.
> Pursuant to the provisions of EU Regulation 2016/679 regarding the
> protection of personal data, any personal information you provide through
> this email will be registered by the CNIO Foundation in order to deal with
> content of this email. Your personal data must be processed in order to be
> able to deal with the content and purpose of this message. Your personal
> details will not be passed on to anyone else unless you authorise us to do
> so or we are required to do so by law. You may exercise your rights
> regarding access, rectification, suppression, limitation of processing,
> portability and opposition by writing to the following address: c/Melchor
> Fernandez Almagro 3, 28029 (Madrid). You may contact the Data Protection
> Delegate (Delegado de Protección de Datos) at: delegado_lopd at cnio.es. If
> you require further information about the processing of your personal data,
> go to the following link on our webpage:
> https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp
> _______________________________________________
> Loris-dev mailing list
> Loris-dev at bic.mni.mcgill.ca
> https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev
>
>
>
> **ADVERTENCIA LEGAL**: Este correo electrónico, y en su caso los ficheros
> adjuntos, pueden contener información protegida para el uso exclusivo de su
> destinatario. Se prohíbe la distribución, reproducción o cualquier otro
> tipo de transmisión por parte de otra persona que no sea el destinatario.
> Si usted recibe por error este correo, se ruega comunicarlo al remitente y
> borrar el mensaje recibido.
> De conformidad con lo dispuesto en el Reglamento (UE) 2016/679 relativo a
> la protección de los datos personales de las personas físicas, la
> información personal que nos pueda facilitar a través de este correo
> electrónico quedará registrada por la Fundación CNIO con la finalidad de
> tramitar el objeto del presente correo electrónico. El tratamiento de sus
> datos personales se encuentra legitimado por ser necesario para gestionar
> el objeto del presente mensaje. Estos datos personales no serán comunicados
> a ningún destinatario salvo a aquellos que usted nos autorice o así venga
> exigido por una ley. Ud. podrá ejercer los derechos de acceso,
> rectificación, supresión, limitación de tratamiento, portabilidad y
> oposición en la siguiente dirección: c/Melchor Fernandez Almagro 3, 28029
> (Madrid). Podrá ponerse en contacto con el Delegado de Protección de Datos
> en: delegado_lopd at cnio.es. Para el caso de que Ud. precise conocer
> información adicional sobre el tratamiento de sus datos personales, puede
> consultar dicha información adicional en el siguiente enlace dentro de
> nuestra página web: https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp
>
> **LEGAL NOTICE**: This email and any attached files may contain protected
> information for the sole use of its intended recipient or addressee. Anyone
> other than the intended recipient or addressee is strictly prohibited from
> distributing, reproducing or transmitting the email and its contents in any
> way. If you receive this email in error, please notify the sender and
> delete the message.
> Pursuant to the provisions of EU Regulation 2016/679 regarding the
> protection of personal data, any personal information you provide through
> this email will be registered by the CNIO Foundation in order to deal with
> content of this email. Your personal data must be processed in order to be
> able to deal with the content and purpose of this message. Your personal
> details will not be passed on to anyone else unless you authorise us to do
> so or we are required to do so by law. You may exercise your rights
> regarding access, rectification, suppression, limitation of processing,
> portability and opposition by writing to the following address: c/Melchor
> Fernandez Almagro 3, 28029 (Madrid). You may contact the Data Protection
> Delegate (Delegado de Protección de Datos) at: delegado_lopd at cnio.es. If
> you require further information about the processing of your personal data,
> go to the following link on our webpage:
> https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp
>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://mailman.bic.mni.mcgill.ca/pipermail/loris-dev/attachments/20230628/37531064/attachment.html>