[Loris-dev] IMAGE UPLOAD FAILURE

[Nicolas Brossard]

Hi Maria,

I'll be helping you debug this. The script imaging_non_minc_insertion.pl is
used to insert *one* non-minc file into the database. Are there files other
than the image file inside your zip archive or is it the only file?


Best,
Nicolas

On Mon, Jun 26, 2023 at 9:08 AM Olano.María <molano at ext.cnio.es> wrote:

> Hello!
>
>
>
> We have followed the imaging upload process throught the *
> imaging_non_minc_insertion.pl <http://imaging_non_minc_insertion.pl> *script
> and unfortunately we are unable to see the image associated to the patient.
> This is what we typed into the cmd and the response.
>
>
>
> *uploadNeuroDB/imaging_non_minc_insertion.pl
> <http://imaging_non_minc_insertion.pl> -profile prod -upload_id 1
> -file_path /data/casadp/data/157011001_223572_PathologicalPancreas.zip
> -output_type native -scan_type he -date_acquired 2012-04-20 -scanner_id 1
> -coordin_space native -reckless -verbose -patient_name
> 157011001_223572_PathologicalPancreas*
>
>
>
> *log dir is /data/casadp/data/logs and log file is
> /data/casadp/data/logs/FileLoad-9-55-_KU5t4.log.*
>
> *PSCID is: 157011001*
>
> *CandID id: 223572*
>
> *visit_label is: PathologicalPancreas*
>
> *PSCID is: 157011001*
>
> *CandID id: 223572*
>
> *visit_label is: PathologicalPancreas*
>
> *    -> ScannerID was set to 1*
>
>
>
> *    -> SessionID was set to 2*
>
>
>
> *    -> Acquisition date was set to 2012-04-20*
>
>
>
> *    -> Output type was set to native*
>
> *Acquisition date: 2012-04-20*
>
>
>
> When seeing the log dir this is what greets us
>
> *==> computing md5 hash for MINC body.*
>
>
>
> *--> md5: ac8645a1c1a1619d712e0703cdde22cd*
>
>
>
> *File /data/casadp/data/157011001_223572_PathologicalPancreas.zip*
>
> *moved to:*
>
>
> */data/casadp/data/assembly/223572/PathologicalPancreas/mri/native/casadp_223572_PathologicalPancreas_he_001.zip*
>
>
>
> And the image is indeed in that path. However, when we return to our
> frontend, it says there is no imaging data available. Is there a step we
> haven’t followed?
>
>
>
> If you have any suggestions as to what to do, we’d be more than happy to
> hear it.
>
>
>
> Thank you in advance!
>
>
>
> María
>
>
>
>
>
> [image: Hazte Amigo del CNIO. Más investigación, menos cáncer]
> <https://www.cnio.es/es/colaborar/comocolaborar.asp>
>
> *Fb* Amigos del CNIO <https://www.facebook.com/AmigosdelCNIO/> |  *Tw*
> @CNIOStopCancer <https://twitter.com/CNIOStopCancer> |  *Youtube*
> canalcnio <https://www.youtube.com/canalcnio>
>
>
> **ADVERTENCIA LEGAL**: Este correo electrónico, y en su caso los ficheros
> adjuntos, pueden contener información protegida para el uso exclusivo de su
> destinatario. Se prohíbe la distribución, reproducción o cualquier otro
> tipo de transmisión por parte de otra persona que no sea el destinatario.
> Si usted recibe por error este correo, se ruega comunicarlo al remitente y
> borrar el mensaje recibido.
> De conformidad con lo dispuesto en el Reglamento (UE) 2016/679 relativo a
> la protección de los datos personales de las personas físicas, la
> información personal que nos pueda facilitar a través de este correo
> electrónico quedará registrada por la Fundación CNIO con la finalidad de
> tramitar el objeto del presente correo electrónico. El tratamiento de sus
> datos personales se encuentra legitimado por ser necesario para gestionar
> el objeto del presente mensaje. Estos datos personales no serán comunicados
> a ningún destinatario salvo a aquellos que usted nos autorice o así venga
> exigido por una ley. Ud. podrá ejercer los derechos de acceso,
> rectificación, supresión, limitación de tratamiento, portabilidad y
> oposición en la siguiente dirección: c/Melchor Fernandez Almagro 3, 28029
> (Madrid). Podrá ponerse en contacto con el Delegado de Protección de Datos
> en: delegado_lopd at cnio.es. Para el caso de que Ud. precise conocer
> información adicional sobre el tratamiento de sus datos personales, puede
> consultar dicha información adicional en el siguiente enlace dentro de
> nuestra página web: https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp
>
> **LEGAL NOTICE**: This email and any attached files may contain protected
> information for the sole use of its intended recipient or addressee. Anyone
> other than the intended recipient or addressee is strictly prohibited from
> distributing, reproducing or transmitting the email and its contents in any
> way. If you receive this email in error, please notify the sender and
> delete the message.
> Pursuant to the provisions of EU Regulation 2016/679 regarding the
> protection of personal data, any personal information you provide through
> this email will be registered by the CNIO Foundation in order to deal with
> content of this email. Your personal data must be processed in order to be
> able to deal with the content and purpose of this message. Your personal
> details will not be passed on to anyone else unless you authorise us to do
> so or we are required to do so by law. You may exercise your rights
> regarding access, rectification, suppression, limitation of processing,
> portability and opposition by writing to the following address: c/Melchor
> Fernandez Almagro 3, 28029 (Madrid). You may contact the Data Protection
> Delegate (Delegado de Protección de Datos) at: delegado_lopd at cnio.es. If
> you require further information about the processing of your personal data,
> go to the following link on our webpage:
> https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp
> _______________________________________________
> Loris-dev mailing list
> Loris-dev at bic.mni.mcgill.ca
> https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev
>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://mailman.bic.mni.mcgill.ca/pipermail/loris-dev/attachments/20230627/857c495a/attachment.html>