[Loris-dev] .czi image upload

[Christine Rogers, Ms.]

Hello,
Thanks for your question —
 LORIS’s open-source imaging pipelines support DICOM, MINC and NIFTI, and can be customized for different technologies, standards, and domain-specific standards.
For proprietary formats like .CZI in microscopy, you may wish to use community-supported converters(*) to DICOM.

Customizing LORIS may also be an option for your project— modifying code in the pipelines and open-source database and web-facing workflows for your chosen format.  You could then potentially use either the imaging pipelines or the Imaging Uploader to import .czi
Best,
Christine

* e.g. this open-source toolkit would support .CZI to DICOM conversion:
http://dx.doi.org/10.1109/ISCC53001.2021.9631529

On Jun 7, 2022, at 8:45 AM, Olano.María <molano at ext.cnio.es> wrote:


Good day,

We were hoping to use LORIS as a way to upload .czi pathology images onto the plataform; however, it seems only DICOM MRI images can be uploaded. Is there a way of importing .czi images?  Would the Imaging Uploader front end on the LORIS web plataform still function with .czi?


Thank you

María




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