<html>
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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body dir="auto">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">Hello,</div>
<div dir="ltr">Thanks for your question —</div>
<div dir="ltr"> LORIS’s open-source imaging pipelines support DICOM, MINC and NIFTI, and can be customized for different technologies, standards, and domain-specific standards. </div>
<div dir="ltr">For proprietary formats like .CZI in microscopy, you may wish to use community-supported converters(*) to DICOM. </div>
<div dir="ltr"><br>
</div>
<div dir="ltr">Customizing LORIS <span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0);">may also be an option for your project— modifying </span>code in the pipelines and open-source database and web-facing workflows for your chosen format. You could
then potentially use either the imaging pipelines or the Imaging Uploader to import .czi</div>
<div dir="ltr">Best,</div>
<div dir="ltr">Christine </div>
<div dir="ltr"><br>
</div>
<div dir="ltr">* e.g. this open-source toolkit would support .CZI to DICOM conversion:</div>
<div dir="ltr"><a href="http://dx.doi.org/10.1109/ISCC53001.2021.9631529">http://dx.doi.org/10.1109/ISCC53001.2021.9631529</a></div>
<div dir="ltr"><br>
<blockquote type="cite">On Jun 7, 2022, at 8:45 AM, Olano.María <molano@ext.cnio.es> wrote:<br>
<br>
</blockquote>
</div>
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
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<p class="MsoNormal">Good day,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">We were hoping to use LORIS as a way to upload .czi pathology images onto the plataform; however, it seems only DICOM MRI images can be uploaded. Is there a way of importing .czi images? Would the Imaging Uploader front end on the LORIS
web plataform still function with .czi? <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thank you<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">María<o:p></o:p></p>
</div>
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