
<html>


<head>


<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">


</head>


<body>


<div dir="ltr">


<div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace">Hi, </div>


<div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace"><br>


</div>


<div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace">Can you please open up a github issue with full details (with verbose turned on). As well as the minchistory/mincheaders for working vs non-working conversions.</div>


<div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace"><br>


</div>


<br clear="all">


<div>


<div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">


<div dir="ltr">


<div>


<div dir="ltr"><span><font face="monospace, monospace">--<br>


Gabriel A. Devenyi B.Eng. Ph.D.<br>


Research Computing Associate<br>


Computational Brain Anatomy Laboratory<br>


Cerebral Imaging Center<br>


Douglas Mental Health University Institute<br>


Affiliate, Department of Psychiatry<br>


McGill University<br>


t: 514.761.6131x4781<br>


e: <a href="mailto:gabriel.devenyi@mcgill.ca" target="_blank">gabriel.devenyi@mcgill.ca</a></font><br>


</span></div>


</div>


</div>


</div>


</div>


<br>


</div>


<br>


<div class="gmail_quote">


<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, 4 Jun 2019 at 12:45, Cecile Madjar <<a href="mailto:cecile.madjar@mcin.ca">cecile.madjar@mcin.ca</a>> wrote:<br>


</div>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">


<div>


<div dir="ltr">Hi MINC developers,<br>


<div><br>


</div>


<div>I just QC'ed some images that went through mnc2nii and it results in either flipped NIfTI files or empty NIfTI files (mainly for 4D datasets apparently).<br>


</div>


<div><br>


</div>


<div>I am using the latest MINC toolkit version but I believe mnc2nii has not be worked on in a while if I am not mistaken.</div>


<div><br>


</div>


<div>We need mnc2nii to work to disseminate data that have been through a defacing algorithm that ran on the MINC files. Would it be possible to please fix this issue? <br>


</div>


<div><br>


</div>


<div>Additionally, when converting DWI MINC files into NIfTI files, two additional files (.bvec and .bval) should be created to store the direction information. </div>


<br class="gmail-m_8592468586337975302gmail-m_-9121229328721746612gmail-Apple-interchange-newline">


<div>I can provide test MINC datasets on different modalities.</div>


<div><br>


</div>


<div>Let me know.</div>


<div>Thank you!</div>


<div><br>


</div>


<div>Cécile Madjar</div>


<div>MCIN lab</div>


</div>


</div>


</blockquote>


</div>


</body>


</html>