<div dir="ltr">Hi Maria!<div><br></div><div>Automatic processing of the uploaded scans is not enabled by default. To enable it, log into LORIS and access the Admin -> Configuration module. Then click on the 'Study' label on the left side of the page and set 'ImagingUploader Auto Launch' to 'Yes'. I suggest you process a couple of scans manually before using this feature though, just to make sure that your MRI pipeline is set up correctly and works as expected. Script <a href="http://imaging_upload_file.pl">imaging_upload_file.pl</a> is indeed the script to run to process an uploaded scan archive. Refer to <a href="https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/main/docs/05-PipelineLaunchOptions.md#511-option-1">https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/main/docs/05-PipelineLaunchOptions.md#511-option-1</a> for instructions on how to use this script. Please make sure that your LORIS-MRI is installed and configured correctly before proceeding. You'll also find a lot of useful information on scan processing in LORIS here: <a href="https://github.com/aces/Loris-MRI">https://github.com/aces/Loris-MRI</a>.</div><div><br></div><div>Let me know if you have any questions or if you still need to have a Zoom chat.</div><div><br></div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Nicolas</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jun 29, 2023 at 6:56 AM Olano.María <<a href="mailto:molano@ext.cnio.es">molano@ext.cnio.es</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg6356580464646013">
<div lang="EN-GB">
<div class="m_6356580464646013WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Hi Nicolas!<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">We simply uploaded our image through the frontend Imaging Uploader as it automatically starts the process of creating the MySQL line
and information, and then used the </span><a href="http://imaging_non_minc_insertion.pl" target="_blank">imaging_non_minc_insertion.pl</a>
<span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">
. Was unaware of the </span><a href="http://imaging_file_upload.pl" target="_blank">imaging_file_upload.pl</a>
<span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">
script, and maybe that is the key to making it work. <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Would you be available today at 10 AM your time? (4 PM mine)
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Best,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">María<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<div style="border-right:none;border-bottom:none;border-left:none;border-top:1pt solid rgb(225,225,225);padding:3pt 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"> Nicolas Brossard <<a href="mailto:nicolasbrossard.mni@gmail.com" target="_blank">nicolasbrossard.mni@gmail.com</a>>
<br>
<b>Sent:</b> 28 June 2023 17:49<br>
<b>To:</b> Olano.María <<a href="mailto:molano@ext.cnio.es" target="_blank">molano@ext.cnio.es</a>><br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank">loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [Loris-dev] IMAGE UPLOAD FAILURE<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="background:orange"><strong><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:white">CAUTION: This email originated from outside of the organization. Do not click links or open attachments unless you recognize the
sender and know the content is safe</span></strong> <u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Maria, <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">In the commands you mentioned in your first email, you refer to an upload with ID 1. Did you process this upload with script
<a href="http://imaging_file_upload.pl" target="_blank">imaging_file_upload.pl</a>? This should be the first thing to do. Script
<a href="http://imaging_non_minc_insertion.pl" target="_blank">imaging_non_minc_insertion.pl</a> should only be used for "non-standard" insertions that could not be done using this process. Also, when you run script
<a href="http://imaging_file_upload.pl" target="_blank">imaging_file_upload.pl</a>, it will create an image for every modality that it successfully processed so you should not have to manually insert the images yourself. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I think I need to see the big picture in order to diagnose this issue. Would you be available for a Zoom call? I assume you are in Spain so there's a ~6 hour time difference (your 5PM is my 11AM). I gots lots of time for this so send me
an invite and we'll take it from there.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Best,<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Nicolas<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Wed, Jun 28, 2023 at 2:46 AM Olano.María <<a href="mailto:molano@ext.cnio.es" target="_blank">molano@ext.cnio.es</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;color:black">Hi Nicolas!<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;color:black"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;color:black">Thank you very much for your help! No, there is only one image in the zip file we are trying to insert.<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;color:black"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;color:black">Best regards,<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;color:black"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;color:black">María<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center">
<hr size="2" width="98%" align="center">
</div>
<div id="m_6356580464646013m_7815622019211316903divRplyFwdMsg">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:black">From:</span></b><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:black"> Nicolas Brossard <<a href="mailto:nicolasbrossard.mni@gmail.com" target="_blank">nicolasbrossard.mni@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> Tuesday, June 27, 2023 7:38 PM<br>
<b>To:</b> Olano.María <<a href="mailto:molano@ext.cnio.es" target="_blank">molano@ext.cnio.es</a>><br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank">loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a> <<a href="mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank">loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a>><br>
<b>Subject:</b> Re: [Loris-dev] IMAGE UPLOAD FAILURE</span> <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="background:orange"><strong><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:white">CAUTION: This email originated from outside of the organization. Do not click links or open attachments unless you recognize the
sender and know the content is safe</span></strong> <u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Maria, <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I'll be helping you debug this. The <span style="font-family:Arial,sans-serif">
script</span><span style="font-family:"Courier New""> <a href="http://imaging_non_minc_insertion.pl" target="_blank">imaging_non_minc_insertion.pl</a></span> is used to insert *one* non-minc file into the database. Are there files other than the image file
inside your zip archive or is it the only file?<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Best,<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Nicolas<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Mon, Jun 26, 2023 at 9:08 AM Olano.María <<a href="mailto:molano@ext.cnio.es" target="_blank">molano@ext.cnio.es</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div>
<div>
<div>
<p><span lang="ES">Hello!</span><u></u><u></u></p>
<p><span lang="ES"> </span><u></u><u></u></p>
<p>We have followed the imaging upload process throught the <i><a href="http://imaging_non_minc_insertion.pl" target="_blank">imaging_non_minc_insertion.pl</a>
</i>script and unfortunately we are unable to see the image associated to the patient. This is what we typed into the cmd and the response.<u></u><u></u></p>
<p> <u></u><u></u></p>
<p><i>uploadNeuroDB/<a href="http://imaging_non_minc_insertion.pl" target="_blank">imaging_non_minc_insertion.pl</a> -profile prod -upload_id 1 -file_path /data/casadp/data/157011001_223572_PathologicalPancreas.zip -output_type native -scan_type he -date_acquired
2012-04-20 -scanner_id 1 -coordin_space native -reckless -verbose -patient_name 157011001_223572_PathologicalPancreas</i><u></u><u></u></p>
<p> <u></u><u></u></p>
<p><i>log dir is /data/casadp/data/logs and log file is /data/casadp/data/logs/FileLoad-9-55-_KU5t4.log.</i><u></u><u></u></p>
<p><i>PSCID is: 157011001</i><u></u><u></u></p>
<p><i>CandID id: 223572</i><u></u><u></u></p>
<p><i>visit_label is: PathologicalPancreas</i><u></u><u></u></p>
<p><i>PSCID is: 157011001</i><u></u><u></u></p>
<p><i>CandID id: 223572</i><u></u><u></u></p>
<p><i>visit_label is: PathologicalPancreas</i><u></u><u></u></p>
<p><i> -> ScannerID was set to 1</i><u></u><u></u></p>
<p><i> </i><u></u><u></u></p>
<p><i> -> SessionID was set to 2</i><u></u><u></u></p>
<p><i> </i><u></u><u></u></p>
<p><i> -> Acquisition date was set to 2012-04-20</i><u></u><u></u></p>
<p><i> </i><u></u><u></u></p>
<p><i> -> Output type was set to native</i><u></u><u></u></p>
<p><i>Acquisition date: 2012-04-20</i><u></u><u></u></p>
<p> <u></u><u></u></p>
<p>When seeing the log dir this is what greets us<u></u><u></u></p>
<p><i>==> computing md5 hash for MINC body.</i><u></u><u></u></p>
<p><i> </i><u></u><u></u></p>
<p><i>--> md5: ac8645a1c1a1619d712e0703cdde22cd</i><u></u><u></u></p>
<p><i> </i><u></u><u></u></p>
<p><i>File /data/casadp/data/157011001_223572_PathologicalPancreas.zip</i><u></u><u></u></p>
<p><i>moved to:</i><u></u><u></u></p>
<p><i>/data/casadp/data/assembly/223572/PathologicalPancreas/mri/native/casadp_223572_PathologicalPancreas_he_001.zip</i><u></u><u></u></p>
<p> <u></u><u></u></p>
<p>And the image is indeed in that path. However, when we return to our frontend, it says there is no imaging data available. Is there a step we haven’t followed?<u></u><u></u></p>
<p> <u></u><u></u></p>
<p>If you have any suggestions as to what to do, we’d be more than happy to hear it.<u></u><u></u></p>
<p> <u></u><u></u></p>
<p>Thank you in advance!<u></u><u></u></p>
<p> <u></u><u></u></p>
<p>María<u></u><u></u></p>
<p> <u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><br>
<br>
<u></u><u></u></p>
<p><a href="https://www.cnio.es/es/colaborar/comocolaborar.asp" target="_blank"><span style="border:1pt solid windowtext;padding:0cm;text-decoration:none"><img border="0" width="100" height="100" style="width: 1.0416in; height: 1.0416in;" id="m_6356580464646013_x0000_i1026" src="cid:18907e4671aa30f8d381" alt="Image removed by sender. Hazte Amigo del CNIO. Más investigación, menos cáncer"></span></a><u></u><u></u></p>
<p><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif"><a href="https://www.facebook.com/AmigosdelCNIO/" target="_blank"><b>Fb</b> Amigos del CNIO</a> |
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<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><br>
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<u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>
Loris-dev mailing list<br>
<a href="mailto:Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank">Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
<a href="https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev" target="_blank">https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev</a><u></u><u></u></p>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
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<u></u><u></u></p>
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