<html>
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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
Hi Nicolas!</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
Thank you very much for your help! No, there is only one image in the zip file we are trying to insert.</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
Best regards,</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
María<br>
</div>
<div id="appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Nicolas Brossard <nicolasbrossard.mni@gmail.com><br>
<b>Sent:</b> Tuesday, June 27, 2023 7:38 PM<br>
<b>To:</b> Olano.María <molano@ext.cnio.es><br>
<b>Cc:</b> loris-dev@bic.mni.mcgill.ca <loris-dev@bic.mni.mcgill.ca><br>
<b>Subject:</b> Re: [Loris-dev] IMAGE UPLOAD FAILURE</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div style="background-color:orange"><span style="color:white; font-family:Arial; font-size:11px"><strong>CAUTION: This email originated from outside of the organization. Do not click links or open attachments unless you recognize the sender and know the content
is safe</strong></span> </div>
<br>
<br>
<div>
<div dir="ltr">Hi Maria,
<div><br>
</div>
<div>I'll be helping you debug this. The <font face="arial, sans-serif">script</font><font face="monospace"> <a href="http://imaging_non_minc_insertion.pl">imaging_non_minc_insertion.pl</a></font> is used to insert *one* non-minc file into the database. Are
there files other than the image file inside your zip archive or is it the only file?</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>Nicolas</div>
</div>
<br>
<div class="x_gmail_quote">
<div dir="ltr" class="x_gmail_attr">On Mon, Jun 26, 2023 at 9:08 AM Olano.María <<a href="mailto:molano@ext.cnio.es">molano@ext.cnio.es</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="x_gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex; border-left:1px solid rgb(204,204,204); padding-left:1ex">
<div class="x_msg-6336655502694317980">
<div lang="EN-GB">
<div class="x_m_6261678468255431297WordSection1">
<p class="x_MsoNormal"><span lang="ES">Hello!<u></u><u></u></span></p>
<p class="x_MsoNormal"><span lang="ES"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="x_MsoNormal">We have followed the imaging upload process throught the <i>
<a href="http://imaging_non_minc_insertion.pl" target="_blank">imaging_non_minc_insertion.pl</a>
</i>script and unfortunately we are unable to see the image associated to the patient. This is what we typed into the cmd and the response.<u></u><u></u></p>
<p class="x_MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="x_MsoNormal"><i>uploadNeuroDB/<a href="http://imaging_non_minc_insertion.pl" target="_blank">imaging_non_minc_insertion.pl</a> -profile prod -upload_id 1 -file_path /data/casadp/data/157011001_223572_PathologicalPancreas.zip -output_type native -scan_type
he -date_acquired 2012-04-20 -scanner_id 1 -coordin_space native -reckless -verbose -patient_name 157011001_223572_PathologicalPancreas<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="x_MsoNormal"><i>log dir is /data/casadp/data/logs and log file is /data/casadp/data/logs/FileLoad-9-55-_KU5t4.log.<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i>PSCID is: 157011001<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i>CandID id: 223572<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i>visit_label is: PathologicalPancreas<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i>PSCID is: 157011001<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i>CandID id: 223572<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i>visit_label is: PathologicalPancreas<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i> -> ScannerID was set to 1<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i><u></u> <u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i> -> SessionID was set to 2<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i><u></u> <u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i> -> Acquisition date was set to 2012-04-20<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i><u></u> <u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i> -> Output type was set to native<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i>Acquisition date: 2012-04-20<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="x_MsoNormal">When seeing the log dir this is what greets us<u></u><u></u></p>
<p class="x_MsoNormal"><i>==> computing md5 hash for MINC body.<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i><u></u> <u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i>--> md5: ac8645a1c1a1619d712e0703cdde22cd<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i><u></u> <u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i>File /data/casadp/data/157011001_223572_PathologicalPancreas.zip<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i>moved to:<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><i>/data/casadp/data/assembly/223572/PathologicalPancreas/mri/native/casadp_223572_PathologicalPancreas_he_001.zip<u></u><u></u></i></p>
<p class="x_MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="x_MsoNormal">And the image is indeed in that path. However, when we return to our frontend, it says there is no imaging data available. Is there a step we haven’t followed?<u></u><u></u></p>
<p class="x_MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="x_MsoNormal">If you have any suggestions as to what to do, we’d be more than happy to hear it.<u></u><u></u></p>
<p class="x_MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="x_MsoNormal">Thank you in advance!<u></u><u></u></p>
<p class="x_MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="x_MsoNormal">María<u></u><u></u></p>
<p class="x_MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<br>
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