<div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi Maria, <div>Thanks for your comment -- <br><div>I'm forwarding your question to the loris-dev mailing list for the benefit of the community. </div><div>Thanks -- </div><div>Christine </div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, May 10, 2023 at 8:57 AM Olano.María <<a href="mailto:molano@ext.cnio.es">molano@ext.cnio.es</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg5746955623524353376">
<div lang="EN-GB">
<div class="m_5746955623524353376WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Hello Camille!<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">I did exactly that and it works like a charm, thank you for your advice. I would suggest maybe updating the LORIS config doc as there
have been many steps that have not been reflected on it, and some MYSQL tables have changed names (such as
</span><b><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">project_subproject_rel
</span></b><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">) but nevertheless, thank you.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">María<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<div style="border-right:none;border-bottom:none;border-left:none;border-top:1pt solid rgb(225,225,225);padding:3pt 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"> Olano.María
<br>
<b>Sent:</b> 10 May 2023 13:24<br><b>Subject:</b> RE: [Loris-dev] VISIT LABEL<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Hello Camille!<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">That was my line of thought too, the MySQL
<b>project_subproject_rel</b> is correctly filled out, but the <b>visit_project_subproject_rel</b> needs a “VisitID” that is present in the
<b>visit</b> MySQL table which isn’t filled out as I didn’t see any indication of having to fill that table out in the setting LORIS instructions. The visit table asks for a VisitName and VisitLabel which I am not quite sure how to fill out, as I would just
simply put the same answer for both of these variables. (AKA ClinicalPancreas)<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">If that is indeed what I am supposed to do, I’ll be happy to do so.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Thank you in advance<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">María<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<div style="border-right:none;border-bottom:none;border-left:none;border-top:1pt solid rgb(225,225,225);padding:3pt 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><b>Sent:</b> 09 May 2023 21:30<br><b>Subject:</b> Re: [Loris-dev] VISIT LABEL<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <span style="font-size:12pt">Hello María,</span></p><div><div><p class="MsoNormal">
<br>
Do you have the correct visit / project / subproject relationships inserted into the
<b>project_subproject_rel</b> and <b>visit_project_subproject_rel</b> tables? I believe this is what is causing the error.<br>
<br>
Best,<br clear="all">
<u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span style="color:rgb(136,136,136)">Camille Beaudoin</span></b><span style="color:rgb(136,136,136)"> (she/her/elle)<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(136,136,136)">CCNA Software Developer<br>
Montreal Neurological Institute<br>
McGill University<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(136,136,136)"><a href="mailto:camille.beaudoin@mcin.ca" target="_blank"><span style="color:rgb(17,85,204)">camille.beaudoin@mcin.ca</span></a><u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Tue, May 9, 2023 at 11:28 AM Christine Rogers <<a href="mailto:rogers@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank">rogers@bic.mni.mcgill.ca</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin:5pt 0cm 5pt 4.8pt">
<div>
<p class="MsoNormal">Here's the email with screenshots from Maria Olana -- <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt">Thanks for nominating someone to answer :)<u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">---------- Forwarded message ---------<br>
From: <strong>Olano.María</strong> <<a href="mailto:molano@ext.cnio.es" target="_blank">molano@ext.cnio.es</a>><br>
Date: Mon, May 8, 2023 at 6:44 AM<br>
Subject: [Loris-dev] VISIT LABEL<br>
To: <a href="mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank">loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a> <<a href="mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank">loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a>><u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES">Good morning!</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES"> </span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Our team is in the process of implementing visits to our subproject ID =3 and we would like the visits to be predetermined sentences instead of VX. We changed the config.xml file
as so:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <visitLabel subprojectID="3"><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <!-- generation can have either 'user' or 'sequence' to denote user entered or a pre-defined sequence --><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <generation>sequence</generation><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <regex>/^[A-Z0-9]{20}$/i</regex><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <length>20</length><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <suggest>%value%</suggest> <!-- %value% will be substituted for the next unique number --><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <labelSet><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <item value="ClinicalPancreas">Clinical Information from PDAC patients</item><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <item value="ImagingPancreas">Pathological images from PDAC patients</item><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> </labelSet><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> </visitLabel><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">And the Visit_Window table in MySQL has been properly filled out as follows.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><img border="0" width="686" height="82" style="width: 7.1458in; height: 0.8541in;" id="m_5746955623524353376m_-5236814250365748276m_5083840950604136309Picture_x0020_1" src="cid:1880bc2247b4ce8e91"><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">However, when trying to create a timepoint for a patient in this subproject, an error pops up:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><img border="0" width="281" height="193" style="width: 2.927in; height: 2.0104in;" id="m_5746955623524353376m_-5236814250365748276m_5083840950604136309Picture_x0020_2" src="cid:1880bc2247b5b006a2"><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">These are obviously both linked as we have been able to create a patient in both CASADP project and Pancreas subproject. We suspect the problem falls on our edited config.xml.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">If you could help us shed some light on this problem, we would be more than thankful.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">María<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><u></u> <u></u></p>
<p><a href="https://www.cnio.es/es/colaborar/comocolaborar.asp" target="_blank"><span style="border:1pt solid windowtext;padding:0cm;text-decoration:none"><img border="0" width="100" height="100" style="width: 1.0416in; height: 1.0416in;" id="m_5746955623524353376_x0000_i1027" src="cid:1880bc2247b6917eb3" alt="Image removed by sender. Hazte Amigo del CNIO. Más investigación, menos cáncer"></span></a><u></u><u></u></p>
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<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><br>
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3, 28029 (Madrid). Podrá ponerse en contacto con el Delegado de Protección de Datos en:
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<u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>
Loris-dev mailing list<br>
<a href="mailto:Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank">Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
<a href="https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev" target="_blank">https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev</a><u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><br clear="all">
<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">-- <u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">Research Project Officer<br>
<a href="mailto:christine.rogers@mcgill.ca" target="_blank">christine.rogers@mcgill.ca</a><br>
McGill Centre for Integrative Neuroscience | MCIN.ca<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">Montreal Neurological Institute-Hospital<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">McGill University | Montreal | Canada<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
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</div>
</blockquote>
</div>
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</div></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div style="font-size:12.8px">Research Project Officer<br><a href="mailto:christine.rogers@mcgill.ca" target="_blank">christine.rogers@mcgill.ca</a><br>McGill Centre for Integrative Neuroscience | MCIN.ca</div><div style="font-size:12.8px">Montreal Neurological Institute-Hospital</div><div style="font-size:12.8px">McGill University | Montreal | Canada</div></div></div></div></div>