<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div class="gmail_attr">Hi Barry,</div><div class="gmail_attr"><br></div><div class="gmail_attr">I guess it could be permission issues where the DICOMs cannot be read for some reason by the apache user but can be read by the user you are using to run the script manually. </div><div class="gmail_attr"><br></div><div class="gmail_attr">I cannot think of any other reason why it would not work via the apache user when it works when you are logged in yourself as lorisadmin.</div><div class="gmail_attr"><br></div><div class="gmail_attr">Can you check that the apache user has read/write access to the incoming directory and the directories where the data will get processed (including TMPDIR and /data/ directory tree).</div><div class="gmail_attr"><br></div><div class="gmail_attr">Cécile</div><div dir="ltr" class="gmail_attr"><br></div><div dir="ltr" class="gmail_attr">---------- Forwarded message ---------<br>From: <strong class="gmail_sendername" dir="auto">Barry Tikalsky</strong> <span dir="auto"><<a href="mailto:tikal004@umn.edu" target="_blank">tikal004@umn.edu</a>></span><br>Date: Mon, Mar 13, 2023 at 11:20 AM<br>Subject: [<span class="gmail-il">Loris</span>-<span class="gmail-il">dev</span>] <span class="gmail-il">Imaging</span> <span class="gmail-il">Upload</span> <span class="gmail-il">Pipeline</span> <span class="gmail-il">Error</span><br>To: <<a href="mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank"><span class="gmail-il">loris</span>-<span class="gmail-il">dev</span>@bic.mni.mcgill.ca</a>><br></div><br><br><div dir="ltr">Hello <span class="gmail-il">LORIS</span> devs,<div><br></div><div>I am using the <span class="gmail-il">imaging</span> uploader to test uploading DICOMs into <span class="gmail-il">LORIS</span>.</div><div>I am able to <span class="gmail-il">upload</span> DICOMs but the <span class="gmail-il">pipeline</span> immediately stops at the following <span class="gmail-il">error</span>:<br clear="all"><div><br></div><div><span style="background-color:rgb(204,204,204)">The ''PatientName'' DICOM field cannot be extracted from the DICOM file /path/to/file.dcm</span><br></div><div><br></div><div>I then run the <a href="https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/main/docs/05-PipelineLaunchOptions.md#511-option-1" target="_blank">command from the docs</a> and it works perfectly! </div><div>How can I get this to run automatically? </div><div>The Patient's Name DICOM field matches the candidate/visit info.</div><div>I suspected Linux permissions issues, but haven't been able to make any changes to them that worked. I am using CentOS 7</div><div><br></div><div>Thanks!</div><font color="#888888"><div><br></div>--<br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><img width="200" height="22" src="https://ci3.googleusercontent.com/mail-sig/AIorK4zzG9KDQY8i-LlvcMAmvBjv6cOqz5OsO6R35ImOJeHc2w_4SnDV6d4YCC8OAVr0OpnfwMw9d1w" class="gmail-CToWUd"><br></div><div><div>Barry Tikalsky</div>Research Professional | Developmental Cognition and Neuroimaging Labs | Masonic Institute for the Developing Brain<br></div></div></div></font></div></div><font color="#888888">_______________________________________________<br><span class="gmail-il">Loris</span>-<span class="gmail-il">dev</span> mailing list<br><a href="mailto:Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank"><span class="gmail-il">Loris</span>-<span class="gmail-il">dev</span>@bic.mni.mcgill.ca</a><br><a href="https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/<span class="gmail-il">loris</span>-<span class="gmail-il">dev</span></a><br></font></div><font color="#888888"><br clear="all"><div><br></div></font></div>