<div dir="ltr">Hi Alfredo,<div><br></div><div>Looking at the code of LORIS-MRI 23.0, I do not see why the $db variable is not passed correctly to the function NeuroDB::MRI::findScannerID. The line numbers in your log and the ones in the code seem to be different. Has there been any code changes made?<br><br>What are the variables passed to the NeuroDB::MRI::findScannerID function call in <a href="http://register_processed_data.pl">register_processed_data.pl</a> and the variables expected by the function NeuroDB/MRI.pm findScannerID? There might be some discrepancies there?</div><div><br></div><div>Best,<br><br>Cécile</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Aug 8, 2022 at 5:03 PM Morales Pinzon, Alfredo <<a href="mailto:AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu">AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear LorisDev team,<br>
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I am uploading segmentations to images already uploaded into LORIS using the script "<a href="http://register_processed_data.pl" rel="noreferrer" target="_blank">register_processed_data.pl</a>". I have used this script before but now I'm getting the following errors:<br>
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===<br>
Use of uninitialized value $patientName in pattern match (m//) at /anom_project/bin/mri/uploadNeuroDB/NeuroDB/MRI.pm line 1112.<br>
Use of uninitialized value $patientName in pattern match (m//) at /anom_project/bin/mri/uploadNeuroDB/NeuroDB/MRI.pm line 1112.<br>
Attribute (db) does not pass the type constraint because: Validation failed for 'NeuroDB::Database' with value 0 (not isa NeuroDB::Database) at /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22.1/Moose/Object.pm line 24<br>
        Moose::Object::new('NeuroDB::objectBroker::MriScannerOB', 'db', 0) called at /anom_project/bin/mri/uploadNeuroDB/NeuroDB/MRI.pm line 961<br>
        NeuroDB::MRI::findScannerID(undef, undef, undef, undef, 0, 'REF(0x3ca3fc0)', 0, 'NeuroDB::Database=HASH(0x3d7c8b0)') called at /anom_project/bin/mri/uploadNeuroDB/<a href="http://register_processed_data.pl" rel="noreferrer" target="_blank">register_processed_data.pl</a> line 266<br>
Argument "8Exiting now\n\n" isn't numeric in right bitshift (>>) at /anom_project/bin/mri/uploadNeuroDB/run_insert_TransSegs_IPMSA.pl line 310.<br>
Argument "\nAn error occurred when running register_processed_data..." isn't numeric in right bitshift (>>) at /anom_project/bin/mri/uploadNeuroDB/run_insert_TransSegs_IPMSA.pl line 310.<br>
0fileLikeName:%710881_m00_t1c%<br>
===<br>
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This is command line I'm executing:<br>
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<a href="http://register_processed_data.pl" rel="noreferrer" target="_blank">register_processed_data.pl</a>  -profile prod  -sourcePipeline T2Vol  -tool T2Vol  -pipelineDate 2022-08-08  -coordinateSpace ISPC-t2w  -outputType ct2f  -inputFileIDs 571801  -sourceFileID 571801  -scanType ct2f  -file /anom_project/file.mnc.gz<br>
===<br>
<br>
I am using v23.0 of Loris-MRI and LORIS v23.0.2.<br>
<br>
Any ideas on how can I solve this issue? Do I have to upgrade Loris-MRI?<br>
<br>
Best regards,<br>
Alfredo.<br>
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Please note that this e-mail is not secure (encrypted).  If you do not wish to continue communication over unencrypted e-mail, please notify the sender of this message immediately.  Continuing to send or respond to e-mail after receiving this message means you understand and accept this risk and wish to continue to communicate over unencrypted e-mail. <br>
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Loris-dev mailing list<br>
<a href="mailto:Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank">Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
<a href="https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev</a><br>
</blockquote></div>