<div dir="ltr">Hi Alfredo,<div><br></div><div>I just verified the BIDS specification. The modality (aka acquisition type) is the last component of the file name, so in the case of the MT0 T2w, the t2w acquisition type is correct. What is stored behind the acq- string are actually acquisition parameters not the acquisition type per se.</div><div><br></div><div>If you really want to add the acq prefix to the scan type, you could always modify this <a href="https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/15df82251e8011b263effebbf95104737bfc97b4/python/lib/mri.py#L282">line of code</a> so that it also takes the acq prefix when looking for a scan type?</div><div><br></div><div>Cécile </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Aug 16, 2021 at 3:51 PM Morales Pinzon, Alfredo <<a href="mailto:AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu">AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Dear LorisDev team,
<div><br>
</div>
<div>I have a question regarding the AcquisitionType assigned to images imported using the BIDS functionality: how do you assign the AcquisitionType?</div>
<div><br>
</div>
<div>For some cases it looks good, but some it doesn’t match the “acq” label in BIDS:</div>
<div><br>
</div>
<div>Example of correct acquisition type:</div>
<div>===</div>
<div>
<div>        {</div>
<div>            "OutputType": "native",</div>
<div>            "Filename": "sub-BGK104001_ses-month36_run-2_<span style="background-color:rgb(255,0,0)">T1w</span>.nii.gz",</div>
<div>            "AcquisitionType": "<span style="background-color:rgb(255,0,0)">T1w</span>"</div>
<div>        }</div>
</div>
<div>===</div>
<div><br>
</div>
<div>Example of wrong acquisition type, in this case it should be <span style="background-color:rgb(255,0,0)">
MT0</span>.</div>
<div>===</div>
<div>
<div style="color:rgb(0,0,0)">        {</div>
<div style="color:rgb(0,0,0)">            "OutputType": "native",</div>
<div style="color:rgb(0,0,0)">            "Filename": "sub-BGK104001_ses-month36_acq-<span style="background-color:rgb(255,0,0)">MT0</span>_run-1_T2w.nii.gz",</div>
<div style="color:rgb(0,0,0)">            "AcquisitionType": "t2w"</div>
<div style="color:rgb(0,0,0)">        },</div>
</div>
<div>===</div>
<div><br>
</div>
<div>Would it be possible to modify the way the acquisition types are being assigned so that it takes the “acq” label from BIDS?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thank you for your help.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best regards,</div>
<div>Alfredo.</div>
<div>The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Mass General Brigham Compliance HelpLine at <a href="http://www.massgeneralbrigham.org/complianceline" target="_blank">http://www.massgeneralbrigham.org/complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.</div><br>
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</blockquote></div>