<div dir="ltr">Dear Alfredo,<div><br></div><div>Indeed, the participants.tsv file is required for LORIS since this is the file being read to create participants when they need to be created (this way LORIS can populate some additional information like site, sex, date of birth and age). We thought this file was required in BIDS, which is probably why it was not documented. </div><div><br></div><div>Ideal structure of the participants.tsv file:</div><div>participant_id  sex  date_of_birth  site</div><div><br></div><div>Note: in release 24.0, a 'project' column will be added so that upon creation of a candidate, a project can be associated with it.</div><div><br></div><div>We will definitely update the documentation. Thank you for letting us know!<br></div><div><br></div><div>Hope this helps,</div><div><br></div><div>Cécile</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, Apr 24, 2021 at 11:10 AM Morales Pinzon, Alfredo <<a href="mailto:AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu">AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Dear LorisDev team,
<div><br>
</div>
<div>I am launching the insertion pipeline in LORIS of a dataset in BIDS format. I am getting the following error:</div>
<div><br>
</div>
<div>===</div>
<div>
<div>Loading the BIDS dataset with BIDS layout library...</div>
<div>        => BIDS dataset loaded with BIDS layout</div>
<div><br>
</div>
<div>Grepping candidates from the BIDS layout...</div>
<div>Validating the list of participants...</div>
<div>Traceback (most recent call last):</div>
<div>  File "bids_import.py", line 431, in <module></div>
<div>    main()</div>
<div>  File "bids_import.py", line 75, in main</div>
<div>    read_and_insert_bids(bids_dir, config_file, verbose, createcand, createvisit)</div>
<div>  File "bids_import.py", line 157, in read_and_insert_bids</div>
<div>    bids_reader = BidsReader(bids_dir, verbose)</div>
<div>  File "/data_/ipmsa/loris_data/IPMSA/bin/mri/python/lib/bidsreader.py", line 62, in __init__</div>
<div>    self.participants_info = self.load_candidates_from_bids()</div>
<div>  File "/data_/ipmsa/loris_data/IPMSA/bin/mri/python/lib/bidsreader.py", line 114, in load_candidates_from_bids</div>
<div>    self.candidates_list_validation(participants_info)</div>
<div>  File "/data_/ipmsa/loris_data/IPMSA/bin/mri/python/lib/bidsreader.py", line 142, in candidates_list_validation</div>
<div>    for row in participants_info:</div>
<div>TypeError: 'NoneType' object is not iterable</div>
</div>
<div>===</div>
<div><br>
</div>
<div>It looks like the file “participants.tsv” is required in LORIS, is this correct? In the BIDS specification this file is not required (<a href="https://bids-specification.readthedocs.io/en/stable/03-modality-agnostic-files.html#participants-file" target="_blank">https://bids-specification.readthedocs.io/en/stable/03-modality-agnostic-files.html#participants-file</a>)
 and there is no mention in LORIS documentation (<a href="https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/main/docs/05-PipelineLaunchOptions.md#52---pipeline-launch-for-bids-datasets" target="_blank">https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/main/docs/05-PipelineLaunchOptions.md#52---pipeline-launch-for-bids-datasets</a>).</div>
<div><br>
</div>
<div>Thank you in advance for your help.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best regards,</div>
<div>Alfredo.</div>
<div>The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Mass General Brigham Compliance HelpLine at <a href="http://www.massgeneralbrigham.org/complianceline" target="_blank">http://www.massgeneralbrigham.org/complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.</div><br>
<p class="MsoNormal">Please note that this e-mail is not secure
(encrypted).  If you do not wish to continue communication over
unencrypted e-mail, please notify the sender of this message immediately.  Continuing to send or respond to e-mail after receiving this message means you
understand and accept this risk and wish to continue to communicate over
unencrypted e-mail.  </p></div>

_______________________________________________<br>
Loris-dev mailing list<br>
<a href="mailto:Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank">Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
<a href="https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev</a><br>
</blockquote></div>