<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">

Dear LorisDev team,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">I am launching the insertion pipeline in LORIS of a dataset in BIDS format. I am getting the following error:</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">===</div>

<div class="">

<div class="">Loading the BIDS dataset with BIDS layout library...</div>

<div class="">        => BIDS dataset loaded with BIDS layout</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Grepping candidates from the BIDS layout...</div>

<div class="">Validating the list of participants...</div>

<div class="">Traceback (most recent call last):</div>

<div class="">  File "bids_import.py", line 431, in <module></div>

<div class="">    main()</div>

<div class="">  File "bids_import.py", line 75, in main</div>

<div class="">    read_and_insert_bids(bids_dir, config_file, verbose, createcand, createvisit)</div>

<div class="">  File "bids_import.py", line 157, in read_and_insert_bids</div>

<div class="">    bids_reader = BidsReader(bids_dir, verbose)</div>

<div class="">  File "/data_/ipmsa/loris_data/IPMSA/bin/mri/python/lib/bidsreader.py", line 62, in __init__</div>

<div class="">    self.participants_info = self.load_candidates_from_bids()</div>

<div class="">  File "/data_/ipmsa/loris_data/IPMSA/bin/mri/python/lib/bidsreader.py", line 114, in load_candidates_from_bids</div>

<div class="">    self.candidates_list_validation(participants_info)</div>

<div class="">  File "/data_/ipmsa/loris_data/IPMSA/bin/mri/python/lib/bidsreader.py", line 142, in candidates_list_validation</div>

<div class="">    for row in participants_info:</div>

<div class="">TypeError: 'NoneType' object is not iterable</div>

</div>

<div class="">===</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">It looks like the file “participants.tsv” is required in LORIS, is this correct? In the BIDS specification this file is not required (<a href="https://bids-specification.readthedocs.io/en/stable/03-modality-agnostic-files.html#participants-file" class="">https://bids-specification.readthedocs.io/en/stable/03-modality-agnostic-files.html#participants-file</a>)

 and there is no mention in LORIS documentation (<a href="https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/main/docs/05-PipelineLaunchOptions.md#52---pipeline-launch-for-bids-datasets" class="">https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/main/docs/05-PipelineLaunchOptions.md#52---pipeline-launch-for-bids-datasets</a>).</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Thank you in advance for your help.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Best regards,</div>

<div class="">Alfredo.</div>

<div>The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Mass General Brigham Compliance HelpLine at http://www.massgeneralbrigham.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.</div><br>

<p class="MsoNormal">Please note that this e-mail is not secure

(encrypted).  If you do not wish to continue communication over

unencrypted e-mail, please notify the sender of this message immediately.  Continuing to send or respond to e-mail after receiving this message means you

understand and accept this risk and wish to continue to communicate over

unencrypted e-mail.  </p></body>

</html>