<div dir="ltr">Hi Alfredo,<br><div><br></div><div>Sorry for the late reply. I'll be able to address this tomorrow. I'll keep in touch.</div><div><br></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Nicolas</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jan 25, 2021 at 3:14 PM Morales Pinzon, Alfredo <<a href="mailto:AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu">AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Hi Nicolas,
<div><br>
</div>
<div>I am following up on this issue. I can share some dicom files through the loris sftp if needed.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>Alfredo.<br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Jan 14, 2021, at 2:33 PM, Morales Pinzon, Alfredo <<a href="mailto:AMORALESPINZON@BWH.HARVARD.EDU" target="_blank">AMORALESPINZON@BWH.HARVARD.EDU</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div style="overflow-wrap: break-word;">
Hi Nicolas,
<div><br>
</div>
<div>We uploaded another study in LORIS with 7.554 visits. Out of those visits, 825 don't have any images uploaded and 1.700 have missing images. I am checking the log files but most of the time they don’t have an ERROR or WARNING message which makes
 finding issues very time consuming .</div>
<div><br>
</div>
<div>So far these are my findings:</div>
<div><br>
</div>
<div>For the 825 visit where no images were uploaded this is what I can see in the logs:</div>
<div><br>
</div>
<div>
<table cellspacing="0" border="0">
<colgroup width="428"></colgroup><colgroup width="105"></colgroup>
<tbody>
<tr>
<td height="21" align="left" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">Error</td>
<td align="left" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">Cases</td>
</tr>
<tr>
<td height="21" align="left" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">'inserting into the database: 0'</td>
<td align="right" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">350</td>
</tr>
<tr>
<td height="21" align="left" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">'Visit label does not exist’ (Issues on Alfredo’s side)</td>
<td align="right" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">265</td>
</tr>
<tr>
<td height="21" align="left" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">'inserting into the database: 0' & 'Visit label does not exist' </td>
<td align="right" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">12</td>
</tr>
<tr>
<td height="21" align="left" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">patient-name doesn\'t match</td>
<td align="right" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">99</td>
</tr>
<tr>
<td height="21" align="left" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">The \'PatientName\' DICOM field cannot be extracted</td>
<td align="right" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">19</td>
</tr>
<tr>
<td height="21" align="left" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">You can\'t use it with data from multiple studies</td>
<td align="right" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">23</td>
</tr>
<tr>
<td height="21" align="left" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">Dicom to Minc conversion failed</td>
<td align="right" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">10</td>
</tr>
<tr>
<td height="21" align="left" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">Log not created</td>
<td align="right" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">1</td>
</tr>
<tr>
<td height="21" align="left" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">Unknown</td>
<td align="right" style="border:1px solid rgb(0,0,0)">46</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<div><br>
</div>
</div>
<div>For the 350 cases where the logs say <font size="3"><span>'inserting into the database: 0’</span></font><span> I have found so far the following messages:</span></div>
<div><span><br>
</span></div>
<div><font><span>- No data could be converted into valid MINC files.</span></font></div>
<div><font><span>- The candidate info validation has failed.</span></font></div>
<div><font><span><br>
</span></font></div>
<div><font>I check 5 cases with the instructions you provided in a previous email and all the conversion to dcm2minc worked. I reran 2 of those cases, and the log files suggested to run the following command (with different parameters for
 each case):</font></div>
<div><font><br>
</font></div>
<div><font>===</font></div>
<div>
<div style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">\/data_\/ipmsa\/loris_data\/IPMSA\/bin\/mri/uploadNeuroDB/tarchiveLoader.pl -globLocation -profile prod \/data_\/ipmsa\/loris_data\/IPMSA\/data\/tarchive\/DCM_2014\-02\-04_ImagingUpload\-22\-30\-pKguhD\.tar
 -uploadID 44052 -verbose</span></div>
</div>
<div><font>===</font></div>
<div><font><br>
</font></div>
<div><font>After the execution the images were properly uploaded for one case and the other one is missing a flair image.</font></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><font>For the 1.700 that have missing images I have been looking at some log files but I haven’t found warnings or errors, as happened previously with the missing t1c in a previous study.</font></div>
<div><font><br>
</font></div>
<div><font>What do you suggest to help me go through all these cases? We can start working with some examples and figure out what is happening and how can we fixed.</font></div>
<div><font><br>
</font></div>
<div><font>Based on this current situation, I strongly suggest to improve the error and warning logging in the uploading process for LORIS. </font></div>
<div><font><br>
</font></div>
<div><font><span>Best,</span></font></div>
<div><font><span>Alfredo.</span></font></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<div>The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Mass General Brigham Compliance HelpLine at <a href="http://www.massgeneralbrigham.org/complianceline" target="_blank">http://www.massgeneralbrigham.org/complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.</div></div>

</blockquote></div>