<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Indeed, after importing the MINC file, a NIfTI file can be created and associated with it by running the <a href="http://mass_nii.pl">mass_nii.pl</a> script on a range of FileIDs. Be sure to have the configuration option "Create NIfTI files" set to yes in the imaging pipeline part of the config module. Although, this is probably the case if you were having MINC + NIfTI with DICOM uploads.</div><div><br></div><div>In LORIS-MRI, there is also a python pipeline (bids_import.py in the python directory) that allows the import of BIDS datasets (EEG and MRI currently supported). Unfortunately, we do not have a BIDS to MINC converter though. </div><div><br></div><div>However, we have an example tool to convert MINC files into a BIDS dataset but it has to be customized for each project depending on the acquisition particulars.</div><div><br></div><div>Hope this helps,</div><div><br></div><div>Cécile</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jan 26, 2021 at 4:49 PM Sridar Narayanan, Dr. <<a href="mailto:sridar.narayanan@mcgill.ca">sridar.narayanan@mcgill.ca</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Hi Cecile,
<div><br>
</div>
<div>Yes, that is very helpful.</div>
<div><br>
</div>
<div>We would not import a NIfTI file alone, however. The options would be: MINC + NIfTI; BIDS alone; BIDS + MINC (if the BIDS import does not create a MINC file automatically).</div>
<div><br>
</div>
<div>My understanding is that when DICOM files are imported for a new visit, both a MINC file and a NIfTI file are created automatically. If, instead of importing DICOM, a MINC file is imported, will a corresponding NIfTI file also be created internally?
 If not, can we just attached the NIfTI file to the record created when the MINC file is uploaded?</div>
<div><br>
</div>
<div>What happens when a BIDS file is imported - will a MINC file also be created, or would BIDS be the only image representation? Are BIDS to MINC converters available?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks!</div>
<div><br>
</div>
<div>Sridar</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Jan 26, 2021, at 4:33 PM, Cecile Madjar <<a href="mailto:cecile.madjar@mcin.ca" target="_blank">cecile.madjar@mcin.ca</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">Hi,
<div><br>
</div>
<div>Thank you for the clarification. I think I understand better the confusion.</div>
<div><br>
</div>
<div>You can insert MINC files without having to insert DICOM files by running the
<a href="http://minc_insertion.pl/" target="_blank">minc_insertion.pl</a> script with the -force option. Basically, the force option will bypass checks to see if there are DICOMs to attach the file to.</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="http://minc_insertion.pl/" target="_blank">minc_insertion.pl</a> -profile <name of your profile file, typically prod> -mincPath <path to your MINC file> -force -create_minc_pics</div>
<div><br>
</div>
<div>For the NIfTI files alone, because of the nature of that file format (no header information like MINC...), you will have to specify a lot of the information when calling the script <a href="http://imaging_non_minc_insertion.pl/" target="_blank">imaging_non_minc_insertion.pl</a>
 (output_type, scan_type, date_acquired, scanner_id, coordinate_space etc... Basically all the columns of the files table). It needs to be associated with an upload_id for the logging in the database but the upload_id does not necessarily need to be DICOM files.
 It could be a zipped archive of all the NIfTI files of the session uploaded for example. Then you would just need to create a little wrapper script to run
<a href="http://imaging_non_minc_insertion.pl/" target="_blank">imaging_non_minc_insertion.pl</a> on the loaded NIfTI files.</div>
<div><br>
</div>
<div>Does that clarify the steps? </div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks!</div>
<div><br>
</div>
<div>Cécile</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jan 25, 2021 at 5:16 PM Sridar Narayanan, Dr. <<a href="mailto:sridar.narayanan@mcgill.ca" target="_blank">sridar.narayanan@mcgill.ca</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>Hi Cecile,
<div><br>
</div>
<div>Just to clarify, many import issues seem to stem from problems with the implementation of dcm2mnc used by Loris. These DICOM files can be successfully converted to MINC and NifTI with other tools, and so we were wondering if it would be possible
 to import MRI data into Loris as MINC & NifTI files <u>instead of</u> importing the DICOMs. Alternatively, we could convert these files to BIDS and import that instead of DICOM. The important point is whether we can
<u>avoid importing DICOM</u> for new scan/participant instances, but import only BIDS or MINC + NiFTI data and generate a new Loris ID from this. We are not asking about attaching a MINC or NifTI file to an existing record, which we know can be done
 (e.g. for label files associated with the images).</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div><br>
</div>
<div>Sridar</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Jan 25, 2021, at 5:01 PM, Cecile Madjar <<a href="mailto:cecile.madjar@mcin.ca" target="_blank">cecile.madjar@mcin.ca</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">Hi Alfredo,
<div><br>
</div>
<div>I am a bit confused by your email. The two perl scripts I mentioned last week do not require the data to be organized in BIDS to insert them. Did you look into them?</div>
<div><br>
</div>
<div>Sorry, maybe I am missing something.</div>
<div><br>
</div>
<div>Cécile</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jan 25, 2021 at 3:45 PM Morales Pinzon, Alfredo <<a href="mailto:AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu" target="_blank">AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>Hi Cecile,
<div><br>
</div>
<div>Thank you for your answer. I am sorry I was not enough specific regarding what we are looking for. We are actually looking for a solution to avoid importing the “raw” images in minc and nifti images instead of DICOM. We are having a lot of issues
 importing DICOM (~1.700 visits with issues) and we want to explore options for uploading the original images (e.g., t1) using minc and nifti without them being in BIDS formar.</div>
<div><br>
</div>
<div>Do you have scripts for this?</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>Alfredo.<br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Jan 19, 2021, at 1:59 PM, Cecile Madjar <<a href="mailto:cecile.madjar@mcin.ca" target="_blank">cecile.madjar@mcin.ca</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<p><span style="padding:3px 10px;border-radius:5px;color:rgb(255,255,255);font-weight:bold;display:inline-block;background-color:rgb(255,0,0)">        External Email - Use Caution        </span></p>
<div><br>
</div>
<div dir="ltr">Hi Alfredo,
<div><br>
</div>
<div>Very sorry for the late reply. In short, yes, it is possible to do both.</div>
<div><br>
</div>
<div>It is possible to insert MINC files in LORIS by using the LORIS-MRI script called
<a href="https://secure-web.cisco.com/1h8RHj_R4mnovi1vzHjXIG7OriE5SmwPXivIa6upEGgUmO0oyYw5rNJDqM2MdvPGvTNW0VgU36iIDos755qEXc2ZLdcGpGZQRfXLN_QGCSHqe5_pR8SPcRCLVkIkUT9JFyTm2tgFJomSHtiCakjIicPSDvv5QaC2BEX0O8gPHeY_UrixP8DhG29aU9BwThbmfsNCgJS9rWE8hkKiSJu3dXUWYZuz3SELo6A5cEG3a0urWWaEYKsL-uNUUQlpn-dLXHjrf4KywfR-f_8XtyxHIrA/https%3A%2F%2Fgithub.com%2Faces%2FLoris-MRI%2Fblob%2Fmain%2FuploadNeuroDB%2Fminc_insertion.pl" target="_blank">
minc_insertion.pl</a> in the uploadNeuroDB folder. If you run perl <a href="http://secure-web.cisco.com/13jgtqDYN7Gf_vgFThFhtlVEFqhsVru-JRquRrfzp92y9hcK9koGa9r9E_RCEHuDzqw9ZQq4eWBdGe5cbbKU8_yrxXgz98kTVTBySSdwUF3dgAiL6ls9glxHxeHwLfR-M9U6DLj3ePJR758eO7Ukl-KBwGCnH1TTfOmLDAPWxs4ABKnOnHa0AHFN4qsRIDO6BMvq5wK_o-G0mjUXNUyb7jkUjg-xsaAHbLYjZ1X15d3pWFi0jmNTPfm57PC77a41n7xp5Ae2Ji6UtzrGAczTtBg/http%3A%2F%2Fminc_insertion.pl" target="_blank">
minc_insertion.pl</a> -h; you will see the explanation on how to run the script.</div>
<div><br>
</div>
<div>Regarding NIfTI files that are not in BIDS, you can use the LORIS-MRI script called
<a href="https://secure-web.cisco.com/11rMDfTbsxeYelAro9qFHffjunl6PQySl-cFRkp1QAl_sinKZ_2ULH-80TnkR2omX6h5c78cX8Vvl4xgml5nGxkii9oOTjLtfmZO4NsBu-w2Dxh2E5l5p4rjx9RKrSRQak24h8B8rvl1sVWzkBe5qftWBHEd1FCLV4ptJPdCzV7xqJf3fMCIGfs77Mk6WCmGBhuL0FPSHDnWmRRvXzXAT5wH5eAUsHI3_2F8yAh25Hpvd-t9vttu-mAGU_XbLNQXQf2DNBFxGjThITPI2ptn38Q/https%3A%2F%2Fgithub.com%2Faces%2FLoris-MRI%2Fblob%2Fmain%2FuploadNeuroDB%2Fimaging_non_minc_insertion.pl" target="_blank">
imaging_non_minc_insertion.pl</a> in the same uploadNeuroDB folder. Running perl <a href="http://secure-web.cisco.com/1JUwbjz4V-PmM1LkrSIDPw4ydwAZ7otVSJadvo40dcrQMsYYfCLZsWRbpIcZwOZ3-TV3DyLARQX4Fp7-IHGmufed_LFzA0ah5UuJSegiZBGWQE9RiKXU6LxPe9xHqMfhyirSZF4zFetUaHoOtn5Pa9lFbV5o2FFI95zKG4NrmEX-HgUA_dMYmHrIFagQBzH_uujh-hUSiWM7Hvbf_d_KanWYNOrmkjAoe07MI18KuH0XsY5Gmhap81i-fVggYZHLthuCTL9_Dpky-ZNaeiyOlZw/http%3A%2F%2Fimaging_non_minc_insertion.pl" target="_blank">
imaging_non_minc_insertion.pl</a> should give you all the information you need in order to run the script.</div>
<div><br>
</div>
<div>Hope this helps,</div>
<div><br>
</div>
<div>Cécile</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jan 14, 2021 at 3:28 PM Morales Pinzon, Alfredo <<a href="mailto:AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu" target="_blank">AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Dear LorisDev team,<br>
<br>
Is is possible to upload nifti and minc files into LORIS, for instance to a given visit, without having the files in BIDS format?<br>
<br>
Best regards,<br>
Alfredo.<br>
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Mass General Brigham Compliance HelpLine at
<a href="http://secure-web.cisco.com/1q-ePyFea6WSQhWdpXg0cjjf5QxojMXFKfAvUcNMmHc3nbTBr6tyvmxq4uxx2thoPu2hDka6euZtG_leaa4zs5d6QFuDtb0IrJ8LCr8swig6pX4KV4wjFMEfVo3JUZcic2kgUX05QhOpnoIOG6IZzE_t8oGtK4USGu9tK45YzxhhD_ce5CG4UuWKyeCBl7HNIkHmZhhQx1aW2E9WjajKNr2fhONfo04Nfm6jAM9pJU2KLorfShzI_QTcJZ0GOICzHln6VhTBHNNBBXGj7L7H7AQ/http%3A%2F%2Fwww.massgeneralbrigham.org%2Fcomplianceline" rel="noreferrer" target="_blank">
http://www.massgeneralbrigham.org/complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Loris-dev mailing list<br>
<a href="mailto:Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank">Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
<a href="https://secure-web.cisco.com/144wJ9PqeZERh-MgDDtF93WU9P1mkq_XgAq2hpkoO3ydxQ3-xdKLSm5vtJtKx2tbFWdAt3GmfBjLxHXeIPmaphG9eead6kEPmC8T-ZmYt0pLEo4iqoEiSrCWB2MgsekUYaH9VhwTMArdjZTMjBejiTpDrESQ7-NfsdKWY77Iopa0YHZFT1FfdbK-xUC9Z2DNelIPelCSHWJl0dXw3D-_sUgqFMhObnEl2_uAD42U8msu-5Um48htLbOUyC1tn2RUteL8LKWCIYyx_yYxHhl0KAQ/https%3A%2F%2Fmailman.bic.mni.mcgill.ca%2Fmailman%2Flistinfo%2Floris-dev" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev</a><br>
</blockquote>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<div>The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Mass General Brigham Compliance HelpLine
 at <a href="http://www.massgeneralbrigham.org/complianceline" target="_blank">
http://www.massgeneralbrigham.org/complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div>