<div dir="ltr">Hi Alfredo,<div><br><div>It seems like you have an issue with the <span style="color:rgb(111,66,193);font-family:SFMono-Regular,Consolas,"Liberation Mono",Menlo,monospace;font-size:12px;white-space:pre">user_perm_rel </span>table.</div><div>I need more information to debug this issue.</div><div>Could you send me the data in the table (22.0.4)?</div><div><br></div><div>Thanks.</div><div>Best regards</div><div>Shen</div><div><div><br></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, 15 Jan 2021 at 21:38, Morales Pinzon, Alfredo <<a href="mailto:AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu">AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Dear Loris DevTeam,
<div><br>
</div>
<div>I am upgrading LORIS to the last version 23.0.0. While executing the SQL patch I got the following output with errors (see below). I have followed all the upgrading steps. Any ideas on what can be missing?</div>
<div><br>
</div>
<div>Regards,</div>
<div>Alfredo.</div>
<div><br>
</div>
<div>===</div>
<div>
<div>mysql> source /home/bic/moralf/22.0_To_23.0_upgrade.sql </div>
<div>+------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2018-05-18-adding_physiological_all_sites_permissions.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2018-05-18-adding_physiological_all_sites_permissions.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.03 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div><font color="#ff0000">ERROR 1048 (23000): Column 'userID' cannot be null</font></div>
<div><font color="#ff0000">ERROR 1048 (23000): Column 'userID' cannot be null</font></div>
<div>+---------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2018-07-23-battery_manager_permissions.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2018-07-23-battery_manager_permissions.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div><font color="#ff0000">ERROR 1146 (42S02): Table 'IPMSA_LORIS.modules' doesn't exist</font></div>
<div>+----------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-02-08-multiple_mri_protocols.sql |</div>
<div>+----------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-02-08-multiple_mri_protocols.sql |</div>
<div>+----------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.02 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.02 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.02 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.03 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.08 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 9 rows affected (0.01 sec)</div>
<div>Rows matched: 9  Changed: 9  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 9 rows affected (0.09 sec)</div>
<div>Records: 9  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.05 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)</div>
<div>Rows matched: 0  Changed: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.05 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.04 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)</div>
<div>Rows matched: 0  Changed: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.07 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.06 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)</div>
<div>Rows matched: 0  Changed: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.07 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-07-02-Add_Edit_DoB_Permissions.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-07-02-Add_Edit_DoB_Permissions.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>+---------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-07-04-add_DoD_feature.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-07-04-add_DoD_feature.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.77 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+--------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-07-05-Add_Language_feature.sql |</div>
<div>+--------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-07-05-Add_Language_feature.sql |</div>
<div>+--------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 126974 rows affected (4.18 sec)</div>
<div>Records: 126974  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+--------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-08-06-Add_date_display_format_config_setting.sql |</div>
<div>+--------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-08-06-Add_date_display_format_config_setting.sql |</div>
<div>+--------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-10-09-move_MINCToolsPath_configuration_to_Config_tables.sql |</div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-10-09-move_MINCToolsPath_configuration_to_Config_tables.sql |</div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-10-29-adding_issues_attachments_table.sql |</div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-10-29-adding_issues_attachments_table.sql |</div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.03 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+---------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-11-26-AddOtherSexEnum.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-11-26-AddOtherSexEnum.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.01 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+----------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-11-29-Add_upload_directory_configuration.sql |</div>
<div>+----------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-11-29-Add_upload_directory_configuration.sql |</div>
<div>+----------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+--------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-12-05-AddModuleTable.sql |</div>
<div>+--------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-12-05-AddModuleTable.sql |</div>
<div>+--------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.02 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>+-------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-01-16-ModuleManager.sql |</div>
<div>+-------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-01-16-ModuleManager.sql |</div>
<div>+-------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div><font color="#ff0000">ERROR 1048 (23000): Column 'userID' cannot be null</font></div>
<div><font color="#ff0000">ERROR 1048 (23000): Column 'userID' cannot be null</font></div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-01-20-adding_electrophysiology_browser_to_modules_table.sql |</div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-01-20-adding_electrophysiology_browser_to_modules_table.sql |</div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>+------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-02-18-MyPrefModule.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-02-18-MyPrefModule.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>+----------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-02-24-CandidateProfileModule.sql |</div>
<div>+----------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-02-24-CandidateProfileModule.sql |</div>
<div>+----------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>+----------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-04-20-Rename_highlander_permission.sql |</div>
<div>+----------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-04-20-Rename_highlander_permission.sql |</div>
<div>+----------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div>Rows matched: 1  Changed: 1  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+---------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-04-27-AddViolatedScansOwnSitePermission.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-04-27-AddViolatedScansOwnSitePermission.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>ERROR 1048 (23000): Column 'userID' cannot be null</div>
<div>+------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-05-08-ChangeDefaultMPCGForMriViolationsLog.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-05-08-ChangeDefaultMPCGForMriViolationsLog.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.06 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+---------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-05-11-AddViolationsResolved.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-05-11-AddViolationsResolved.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-05-15-RemoveObsoleteMriViolationsLog.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-05-15-RemoveObsoleteMriViolationsLog.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (2.04 sec)</div>
<div>Rows matched: 0  Changed: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>mysql> notee</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>===</div>
<div>The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Mass General Brigham Compliance HelpLine at <a href="http://www.massgeneralbrigham.org/complianceline" target="_blank">http://www.massgeneralbrigham.org/complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.</div></div>

_______________________________________________<br>
Loris-dev mailing list<br>
<a href="mailto:Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank">Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
<a href="https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div style="font-size:13px;color:rgb(136,136,136)">Shen Wang<br></div><div style="color:rgb(136,136,136)"><font size="2"><a href="https://github.com/aces/Loris" target="_blank">Loris</a>  Developer</font></div><div style="font-size:13px;color:rgb(136,136,136)">Montreal Neurological Institute </div><div style="font-size:13px;color:rgb(136,136,136)">McGill University</div><div style="font-size:13px;color:rgb(136,136,136)"><br></div></div></div>