<div dir="ltr"><div>Hi Alfredo,</div><div><br></div><div>Looking at the patch it looks like both of the sections that have the error message are doing a subselect for the user named "admin" in a part where it's trying to give newly created permissions to the admin user so that they can be selected in the frontend. Do you have a user named "admin" or did you rename it?</div><div><br></div><div>In either case, I don't think it will affect your upgrade. You can manually give the electrophysiology_browser_view_site, electrophysiology_browser_view_allsites, module_manager_view, and module_manager_edit to whichever user you use to manage user accounts based on the insert statements in the script by changing "admin" to whatever username you're using. If you don't plan on using the electrophysiology browser or module manager modules, I don't think anything else should be affected other than the ability to grant the permissions in the frontend. The permissions themselves were created so the code shouldn't break.<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jan 15, 2021 at 9:38 PM Morales Pinzon, Alfredo <<a href="mailto:AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu">AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Dear Loris DevTeam,
<div><br>
</div>
<div>I am upgrading LORIS to the last version 23.0.0. While executing the SQL patch I got the following output with errors (see below). I have followed all the upgrading steps. Any ideas on what can be missing?</div>
<div><br>
</div>
<div>Regards,</div>
<div>Alfredo.</div>
<div><br>
</div>
<div>===</div>
<div>
<div>mysql> source /home/bic/moralf/22.0_To_23.0_upgrade.sql </div>
<div>+------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2018-05-18-adding_physiological_all_sites_permissions.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2018-05-18-adding_physiological_all_sites_permissions.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.03 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div><font color="#ff0000">ERROR 1048 (23000): Column 'userID' cannot be null</font></div>
<div><font color="#ff0000">ERROR 1048 (23000): Column 'userID' cannot be null</font></div>
<div>+---------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2018-07-23-battery_manager_permissions.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2018-07-23-battery_manager_permissions.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div><font color="#ff0000">ERROR 1146 (42S02): Table 'IPMSA_LORIS.modules' doesn't exist</font></div>
<div>+----------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-02-08-multiple_mri_protocols.sql |</div>
<div>+----------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-02-08-multiple_mri_protocols.sql |</div>
<div>+----------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.02 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.02 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.02 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.03 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.08 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 9 rows affected (0.01 sec)</div>
<div>Rows matched: 9  Changed: 9  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 9 rows affected (0.09 sec)</div>
<div>Records: 9  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.05 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)</div>
<div>Rows matched: 0  Changed: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.05 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.04 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)</div>
<div>Rows matched: 0  Changed: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.07 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.06 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)</div>
<div>Rows matched: 0  Changed: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.07 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-07-02-Add_Edit_DoB_Permissions.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-07-02-Add_Edit_DoB_Permissions.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>+---------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-07-04-add_DoD_feature.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-07-04-add_DoD_feature.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.77 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+--------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-07-05-Add_Language_feature.sql |</div>
<div>+--------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-07-05-Add_Language_feature.sql |</div>
<div>+--------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 126974 rows affected (4.18 sec)</div>
<div>Records: 126974  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+--------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-08-06-Add_date_display_format_config_setting.sql |</div>
<div>+--------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-08-06-Add_date_display_format_config_setting.sql |</div>
<div>+--------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-10-09-move_MINCToolsPath_configuration_to_Config_tables.sql |</div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-10-09-move_MINCToolsPath_configuration_to_Config_tables.sql |</div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-10-29-adding_issues_attachments_table.sql |</div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-10-29-adding_issues_attachments_table.sql |</div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.03 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+---------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-11-26-AddOtherSexEnum.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-11-26-AddOtherSexEnum.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.01 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+----------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-11-29-Add_upload_directory_configuration.sql |</div>
<div>+----------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-11-29-Add_upload_directory_configuration.sql |</div>
<div>+----------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div>Records: 1  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+--------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-12-05-AddModuleTable.sql |</div>
<div>+--------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2019-12-05-AddModuleTable.sql |</div>
<div>+--------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.02 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>+-------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-01-16-ModuleManager.sql |</div>
<div>+-------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-01-16-ModuleManager.sql |</div>
<div>+-------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div><font color="#ff0000">ERROR 1048 (23000): Column 'userID' cannot be null</font></div>
<div><font color="#ff0000">ERROR 1048 (23000): Column 'userID' cannot be null</font></div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-01-20-adding_electrophysiology_browser_to_modules_table.sql |</div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-01-20-adding_electrophysiology_browser_to_modules_table.sql |</div>
<div>+-------------------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>+------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-02-18-MyPrefModule.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-02-18-MyPrefModule.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>+----------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-02-24-CandidateProfileModule.sql |</div>
<div>+----------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-02-24-CandidateProfileModule.sql |</div>
<div>+----------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>+----------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-04-20-Rename_highlander_permission.sql |</div>
<div>+----------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-04-20-Rename_highlander_permission.sql |</div>
<div>+----------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.01 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div>Rows matched: 1  Changed: 1  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+---------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-04-27-AddViolatedScansOwnSitePermission.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-04-27-AddViolatedScansOwnSitePermission.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 1 row affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>ERROR 1048 (23000): Column 'userID' cannot be null</div>
<div>+------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-05-08-ChangeDefaultMPCGForMriViolationsLog.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-05-08-ChangeDefaultMPCGForMriViolationsLog.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.06 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+---------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-05-11-AddViolationsResolved.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-05-11-AddViolationsResolved.sql |</div>
<div>+---------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)</div>
<div>Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>+------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-05-15-RemoveObsoleteMriViolationsLog.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>| Running: SQL/New_patches/2020-05-15-RemoveObsoleteMriViolationsLog.sql |</div>
<div>+------------------------------------------------------------------------+</div>
<div>1 row in set (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)</div>
<div><br>
</div>
<div>Query OK, 0 rows affected (2.04 sec)</div>
<div>Rows matched: 0  Changed: 0  Warnings: 0</div>
<div><br>
</div>
<div>mysql> notee</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>===</div>
<div>The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Mass General Brigham Compliance HelpLine at <a href="http://www.massgeneralbrigham.org/complianceline" target="_blank">http://www.massgeneralbrigham.org/complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.</div></div>

_______________________________________________<br>
Loris-dev mailing list<br>
<a href="mailto:Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank">Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
<a href="https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev</a><br>
</blockquote></div>