<div dir="ltr">Hi Alfredo,<div><br></div><div>Have you tested your MRI code since you did the upgrade on the LORIS? There might be some SQL changes impacting the LORIS-MRI side as well (conversion of the ranges in mri_protocol and mri_protocol_checks to MIN and MAX columns for example). </div><div><br></div><div>If all works well, you can try downloading and testing the<span style="color:rgb(80,0,80)"> </span><a href="http://delete_imaging_upload.pl/" target="_blank">delete_imaging_upload.pl</a> and it may work as is. </div><div><br></div><div>Let me know how this goes!</div><div><br></div><div>Cécile</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Mar 9, 2020 at 9:12 AM Morales Pinzon, Alfredo <<a href="mailto:AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu">AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
<div>Dear Loris DevTeam,</div>
<div><br>
</div>
<div>I finally upgraded LORIS to v21.0.0 so that we can delete images using the scripts from LORIS-MRI. Next step would be to upgrade LORIS-MRI to v21.0.0, I am currently running v18.0.0. </div>
<div><br>
</div>
<div>Given that I have made modification to the core of the library (MRI.pm) and created scripts for uploading masks and transformation that are working properly and might be impacted if I upgrade the code, would it be possible to “import” and use
 the script <a href="http://delete_imaging_upload.pl" target="_blank">delete_imaging_upload.pl</a> without upgrading LORIS-MRI?</div>
<div><br>
</div>
<div>Let me know if this is possible. I would prefer to keep the library as it is cause it’s working perfect for us right now.</div>
<div><br>
</div>
<div>Regards,</div>
<div>Alfredo.</div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Mar 2, 2020, at 12:02 PM, Morales Pinzon, Alfredo <<a href="mailto:AMORALESPINZON@BWH.HARVARD.EDU" target="_blank">AMORALESPINZON@BWH.HARVARD.EDU</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div style="overflow-wrap: break-word;">
Hi Cécile,
<div><br>
</div>
<div>I finally upgraded LORIS to v21.0.0 so that we can delete images using the scripts from LORIS-MRI. Next step would be to upgrade LORIS-MRI to v21.0.0, <span>I am currently running v18.0.0</span>. </div>
<div><br>
</div>
<div><span>Given that I have made modification to the core of the library (MRI.pm) and created scripts for uploading masks and transformation that are working properly and might be impacted if I upgrade the
 code, w</span>ould it be possible to “import” and use the script <a href="http://delete_imaging_upload.pl/" target="_blank">delete_imaging_upload.pl</a> without upgrading LORIS-MRI?</div>
<div><br>
</div>
<div>Let me know if this is possible. I would prefer to keep the library as it is cause it’s working perfect for us right now.</div>
<div><br>
</div>
<div>Regards,</div>
<div>Alfredo.</div>
<div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Feb 4, 2020, at 11:26 AM, Morales Pinzon, Alfredo <<a href="mailto:AMORALESPINZON@BWH.HARVARD.EDU" target="_blank">AMORALESPINZON@BWH.HARVARD.EDU</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div style="overflow-wrap: break-word;">
Hi Cécile,
<div><br>
</div>
<div>Thank you for your answer. I will use it once some uploading processes are finished so that I can upgrade LORIS to the its last version where the script is available. I will tell you how it goes.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>Alfredo.<br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Feb 4, 2020, at 9:46 AM, Cecile Madjar <<a href="mailto:cecile.madjar@mcin.ca" target="_blank">cecile.madjar@mcin.ca</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<p><span style="padding:3px 10px;border-radius:5px;color:rgb(255,255,255);font-weight:bold;display:inline-block;background-color:rgb(255,0,0)">        External Email - Use Caution        </span></p>
<div><br>
</div>
<div dir="ltr">Hi Alfredo,
<div><br>
</div>
<div>Indeed, the <a href="http://delete_imaging_upload.pl/" target="_blank">delete_imaging_upload.pl</a> script was designed to properly remove imaging dataset without touching the other tables in the database. By defaults, the script will create a backup
 of the removed dataset (files + MySQL entries) which is always nice to have in case the delete script was run on a wrong dataset.</div>
<div><br>
</div>
<div>Run "<a href="http://delete_imaging_upload.pl/" target="_blank">delete_imaging_upload.pl</a> -h " to see the list of options that can be used. </div>
<div><br>
</div>
<div>Let me know if you have any questions.</div>
<div><br>
</div>
<div>Cécile</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Feb 3, 2020 at 6:37 PM Morales Pinzon, Alfredo <<a href="mailto:AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu" target="_blank">AMORALESPINZON@bwh.harvard.edu</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">
<div style="margin:0px;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Hi Cecile,</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
In IPMSA we need to re-upload a whole study in terms of MRI images. Given that I already created all the centers, users in centers, candidates, and visits (clinical and mri), would it be possible to only remove the MRI images previously uploaded? Looking at
 the script <a href="https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/9fe2972c15e4ddb5da0914d751f9bdb74bf2d7f8/tools/delete_imaging_upload.pl" title="https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/9fe2972c15e4ddb5da0914d751f9bdb74bf2d7f8/tools/delete_imaging_upload.pl" style="margin:0px" target="_blank">delete_imaging_upload.pl</a> it
 seems to be possible (I can get all the Tarchive IDs assoicated) but I want to confirm before I move forward. Please let me know if this is possible.</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Thank you for all your help.</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Regards,</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Alfredo.</div>
</div>
<div id="gmail-m_-5224080615048525280gmail-m_557516744926230718Signature">
<div><br>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<p>The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is<br>
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail<br>
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at<br>
<a href="http://www.partners.org/complianceline" target="_blank">http://www.partners.org/complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in error<br>
but does not contain patient information, please contact the sender and properly<br>
dispose of the e-mail.</p>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>

</blockquote></div>