<div dir="ltr">Hi Ioannis,<div><br></div><div>I would also recommend reading the documentation in the LORIS-MRI repo <a href="https://github.com/aces/Loris-MRI/tree/master/docs">here</a> to get a better understanding on how the insertion pipelines work.</div><div><br></div><div>Re-2) the protocol identification is performed based on the scan's TR, TE, TI, slice thickness parameters read from the image (see <a href="https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/master/docs/02-Install.md#221-database">section 2.2.1 of this page</a> with explanation of the mri_scan_type, mri_protocol and mri_protocol_checks tables).</div><div><br></div><div>Hope this helps,</div><div><br></div><div>Cécile</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Mar 4, 2020 at 10:57 PM Ling Ma <<a href="mailto:lingyun.ma@mcin.ca">lingyun.ma@mcin.ca</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Ioannis,<div><br></div><div>I try to answer your question without checking in detail. My memory might not be accurate.</div><div><br></div><div>1). GUI imaging uploader is just a tool that helps you to upload a zip file without actually processing it. So when it is stuck with "in progress", then this uploading task could be considered dead, you can just open the page to start over again. Of course you could remove the record. Since this is only a tool helping you upload images, this tool won't read the DICOM information, it just read the file name to process.</div><div>2). As I remember, the MRI type in the file name won't be taken into consideration, instead I suppose the DICOM information should be used, I could check later for details.</div><div>3). if you just upload an image, it failed without having been processed, you can just remove the record from "mri_upload" table or just start over again, you can remove the corresponding file if you wish to free up the used space. Of course you should be careful in doing so.</div><div><br></div><div>I feel that you are not using image processing tool up to right now, the imaging uploader is not all, the uploading doesn't do all the work as you assume, The purpose of the "Imaging Uploader" is "The imaging uploader is intended to allow users to upload, browse, and track
pipeline insertion progress." (source: <a href="https://github.com/aces/Loris/tree/master/modules/imaging_uploader/README.md" target="_blank">https://github.com/aces/Loris/tree/master/modules/imaging_uploader/README.md</a>) </div><div><br></div><div>Instead the real work is done by imaging processing package Loris-MRI (<a href="https://github.com/aces/Loris-MRI" target="_blank">https://github.com/aces/Loris-MRI</a>).</div><div><br></div><div>If the files have been processed but without being successful, under the image uploading processing tool package Loris-MRI, (<a href="https://github.com/aces/Loris-MRI" target="_blank">https://github.com/aces/Loris-MRI</a>), there is a folder called "tools", there is a <a href="http://delete_imaging_upload.pl" target="_blank">delete_imaging_upload.pl</a>, which could be used to easily remove any unsuccessful imaging loading. <br></div><div><br></div><div>Hope this could help you out.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Ling Ma</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Mar 4, 2020 at 8:03 PM Ioannis Pappas <<a href="mailto:ioannis@berkeley.edu" target="_blank">ioannis@berkeley.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi loris dev team<div>I have a question about uploading some of the data.</div><div><br></div><div>For now I am experimenting with the GUI and I uploaded a .zip folder containing some BOLD for one participant. However, I am getting an error message saying that it cannot read the PatientName field in one of the dicoms. However that dicom header field exists (itself is a struct containing a field named FamilyName with the name of the patient). Now the bar is stuck and it says "in progress". What is your advice on this?</div><div><br></div><div>2. I am still confused as to how each uploaded dicom zip will be assigned to each mri type via the mri_protocol table. For example if I upload the pscid_candid_V1_BOLD_resting_MtzVA_8.zip file that corresponds to my BOLD data, is the regex expression in the mri_protocol the one that I will need to modify in order to assign my mri_scan_type of bold to that particular upload?</div><div><br></div><div>3. What is the easiest way to remove patients and their associated data? For example now my data is stuck "in progress" and I would like to get rid of it.</div><div><br></div><div>Thank you very much in advance.</div><div>Best wishes,</div><div>Ioannis</div></div>
_______________________________________________<br>
Loris-dev mailing list<br>
<a href="mailto:Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank">Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
<a href="https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev</a><br>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>
Loris-dev mailing list<br>
<a href="mailto:Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca" target="_blank">Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
<a href="https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev</a><br>
</blockquote></div>