<div dir="ltr">Hi Iris,<div><br></div><div>I am a bit puzzled by your error message. </div><div><br></div><div>I see you are inserting EDF files but somehow the pipeline is going into an if statement reserved to '.set' files (which sometimes can come with '.fdt' files, see link <a href="https://github.com/aces/Loris-MRI/blob/96a026ffc48af5c408d037a1bbaecc58619066ce/python/lib/eeg.py#L471">here</a>). Was the code modified on your end by any chance?</div><div><br></div><div>Cécile</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Dec 6, 2019 at 2:30 PM Iris Rodríguez Gil <<a href="mailto:iris.rodriguez@cneuro.edu.cu">iris.rodriguez@cneuro.edu.cu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div lang="EN-US"><div class="gmail-m_-447236271808968359WordSection1"><p class="MsoNormal">Hi all,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">I have problem with the insertion of the bids dataset in my server with loris 22.0.<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">I am testing with a short dataset and passing this parameters:<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><b>Python bids_import –d /dataset_bids –p database_config.py  –c  –s  -v<u></u><u></u></b></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">Trace and Error:<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Connecting to:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        database: CBMCUBA<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        username: lorisuser<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        hostname: localhost<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        port    : 3306<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT Value FROM Config WHERE ConfigID = (SELECT ID FROM ConfigSettings WHERE Name = %s);<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('default_bids_vl',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT Value FROM Config WHERE ConfigID = (SELECT ID FROM ConfigSettings WHERE Name = %s);<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('dataDirBasepath',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Loading the BIDS dataset with BIDS layout library...<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        => BIDS dataset loaded with BIDS layout<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Grepping candidates from the BIDS layout...<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Validating the list of participants...<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        => Passed validation of the list of participants<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        => List of participants found:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">                MC0002270<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">                MC0002275<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">                MC0002339<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">                MC0002347<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">                MC0002352<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">                MC0002362<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Grepping list of sessions from the BIDS layout...<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        => List of sessions found:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">                MC0002270: 1<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">                MC0002339: 1<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">                MC0002275: 1<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">                MC0002362: 1<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">                MC0002352: 1<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">                MC0002347: 1<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Grepping the different modalities from the BIDS layout...<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        => Done grepping the different modalities from the BIDS layout<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Creating directory /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Copying file /home/lorisadmin/dataset_test/dataset_description.json to /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/dataset_description.json<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Copying file /home/lorisadmin/dataset_test/README to /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/README<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Copying file /home/lorisadmin/dataset_test/participants.tsv to /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/participants.tsv<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM candidate WHERE PSCID = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('MC0002270',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Creating directory /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002270<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM session WHERE CandID = %s AND Visit_label = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('586022', '1')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Creating directory /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002270/ses-1<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM candidate WHERE PSCID = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('MC0002275',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Creating directory /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002275<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM session WHERE CandID = %s AND Visit_label = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('531254', '1')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Creating directory /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002275/ses-1<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM candidate WHERE PSCID = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('MC0002339',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Creating directory /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002339<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM session WHERE CandID = %s AND Visit_label = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('854503', '1')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Creating directory /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002339/ses-1<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM candidate WHERE PSCID = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('MC0002347',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Creating directory /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002347<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM session WHERE CandID = %s AND Visit_label = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('615335', '1')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Creating directory /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002347/ses-1<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM candidate WHERE PSCID = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('MC0002352',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Creating directory /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002352<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM session WHERE CandID = %s AND Visit_label = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('606661', '1')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Creating directory /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002352/ses-1<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM candidate WHERE PSCID = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('MC0002362',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Creating directory /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002362<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM session WHERE CandID = %s AND Visit_label = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('827956', '1')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Creating directory /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002362/ses-1<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Creating directory /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002270/ses-1/anat/<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM candidate WHERE PSCID = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('MC0002270',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM session WHERE CandID = %s AND Visit_label = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('586022', '1')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Copying file /home/lorisadmin/dataset_test/sub-MC0002270/ses-1/anat/sub-MC0002270_T1w.json to /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002270/ses-1/anat/sub-MC0002270_T1w.json<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT type FROM ImagingFileTypes<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT f.FileID, f.File FROM files AS f JOIN parameter_file USING (FileID) JOIN parameter_type USING (ParameterTypeID) WHERE Value=%s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('2bc67d1f0ffa5f5860f0c71f31cc517adf364d5a9503ab402758fa0e0836e14e956354fd992be4a0dbaf3f0454ead82b824a718853b09ab3ed83503ead37e7ab',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Creating directory /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002270/ses-1/dwi/<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM candidate WHERE PSCID = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('MC0002270',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM session WHERE CandID = %s AND Visit_label = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('586022', '1')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Copying file /home/lorisadmin/dataset_test/sub-MC0002270/ses-1/dwi/sub-MC0002270_run-01_dwi.json to /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002270/ses-1/dwi/sub-MC0002270_run-01_dwi.json<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT type FROM ImagingFileTypes<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Copying file /home/lorisadmin/dataset_test/sub-MC0002270/ses-1/dwi/sub-MC0002270_run-01_dwi.bvec to /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002270/ses-1/dwi/sub-MC0002270_run-01_dwi.bvec<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Copying file /home/lorisadmin/dataset_test/sub-MC0002270/ses-1/dwi/sub-MC0002270_run-01_dwi.bval to /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002270/ses-1/dwi/sub-MC0002270_run-01_dwi.bval<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT f.FileID, f.File FROM files AS f JOIN parameter_file USING (FileID) JOIN parameter_type USING (ParameterTypeID) WHERE Value=%s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('1a075f0c10b856888e728c5421791cf6d18e363ca45255df46f4161460173f8153907173ae3840ac383e68d5f271eadc54bf03ea52fae737f758f376819295b3',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Copying file /home/lorisadmin/dataset_test/sub-MC0002270/ses-1/dwi/sub-MC0002270_run-02_dwi.json to /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002270/ses-1/dwi/sub-MC0002270_run-02_dwi.json<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT type FROM ImagingFileTypes<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Copying file /home/lorisadmin/dataset_test/sub-MC0002270/ses-1/dwi/sub-MC0002270_run-02_dwi.bvec to /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002270/ses-1/dwi/sub-MC0002270_run-02_dwi.bvec<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Copying file /home/lorisadmin/dataset_test/sub-MC0002270/ses-1/dwi/sub-MC0002270_run-02_dwi.bval to /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002270/ses-1/dwi/sub-MC0002270_run-02_dwi.bval<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT f.FileID, f.File FROM files AS f JOIN parameter_file USING (FileID) JOIN parameter_type USING (ParameterTypeID) WHERE Value=%s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('bef678b4383bde1df93411e05bf75d8bccb5adf985e610ee7029c74056397ca43449dc20c187fa553ac0487a5adff67dc9e49827a8c227382768968c0444c9e7',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Creating directory /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002270/ses-1/eeg/<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM candidate WHERE PSCID = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">/data/loris/bin/mri/python_virtualenvs/loris-mri-python/lib/python3.5/site-packages/sklearn/externals/joblib/__init__.py:15: FutureWarning: sklearn.externals.joblib is deprecated in 0.21 and will be removed in 0.23. Please import this functionality directly from joblib, which can be installed with: pip install joblib. If this warning is raised when loading pickled models, you may need to re-serialize those models with scikit-learn 0.21+.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">  warnings.warn(msg, category=FutureWarning)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">/data/loris/bin/mri/python_virtualenvs/loris-mri-python/lib/python3.5/site-packages/sklearn/utils/deprecation.py:144: FutureWarning: The sklearn.utils.testing module is  deprecated in version 0.22 and will be removed in version 0.24. The corresponding classes / functions should instead be imported from sklearn.utils. Anything that cannot be imported from sklearn.utils is now part of the private API.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">  warnings.warn(message, FutureWarning)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">/data/loris/bin/mri/python_virtualenvs/loris-mri-python/lib/python3.5/site-packages/sklearn/utils/deprecation.py:144: FutureWarning: The sklearn.datasets.base module is  deprecated in version 0.22 and will be removed in version 0.24. The corresponding classes / functions should instead be imported from sklearn.datasets. Anything that cannot be imported from sklearn.datasets is now part of the private API.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">  warnings.warn(message, FutureWarning)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('MC0002270',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT * FROM session WHERE CandID = %s AND Visit_label = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('586022', '1')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Copying file /home/lorisadmin/dataset_test/sub-MC0002270/ses-1/eeg/sub-MC0002270_task-protmap_eeg.json to /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002270/ses-1/eeg/sub-MC0002270_task-protmap_eeg.json<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT type FROM ImagingFileTypes<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT  PhysiologicalOutputTypeID FROM    physiological_output_type WHERE   OutputTypeName = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('raw',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT pf.PhysiologicalFileID, pf.FilePath FROM physiological_file AS pf JOIN physiological_parameter_file USING (PhysiologicalFileID) JOIN parameter_type USING (ParameterTypeID) WHERE Value=%s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('2962f54555ebd038297d3056cbad12379a3a293cb2128930f76a1da8e033987e7f6440632b00e585c22826879108c00f535e5e2f205ed5107c04ee7ae51c3282',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT  PhysiologicalModalityID FROM    physiological_modality WHERE   PhysiologicalModality = %s<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('eeg',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Copying file /home/lorisadmin/dataset_test/sub-MC0002270/ses-1/eeg/sub-MC0002270_task-protmap_eeg.edf to /data/loris/data/bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002270/ses-1/eeg/sub-MC0002270_task-protmap_eeg.edf<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_file (AcquisitionTime, SessionID, PhysiologicalOutputTypeID, FileType, InsertedByUser, PhysiologicalModalityID, FilePath) VALUES (%s,%s,%s,%s,%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        [(None, 1, 1, 'set', 'lorisadmin', 1, 'bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002270/ses-1/eeg/sub-MC0002270_task-protmap_eeg.edf')]<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('json_file',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 109, 'bids_imports/Dataset_containing_Cuban_Brain_Mapping_database_BIDSVersion_1.2.1/sub-MC0002270/ses-1/eeg/sub-MC0002270_task-protmap_eeg.json')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('EMGChannelCount',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 101, 0)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('PowerLineFrequency',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 108, 60)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('EEGPlacementScheme',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 116, '10-10')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('ECGChannelCount',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 112, 0)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('physiological_file_blake2b_hash',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 107, '2962f54555ebd038297d3056cbad12379a3a293cb2128930f76a1da8e033987e7f6440632b00e585c22826879108c00f535e5e2f205ed5107c04ee7ae51c3282')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('TriggerChannelCount',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 115, 0)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('physiological_json_file_blake2b_hash',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 105, 'b3c94060b316453cfc2816eb57cc9012377bcfe345dab476a2b6507651d1fd0b79b5987635659439c91ac44156d49ec191c9faf694e788d7919be79e8d87e3ad')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('TaskDescription',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 104, 'Protocol used in Cuban Brain Mapping Project')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('SoftwareFilters',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 100, 'n/a')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('EOGChannelCount',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 106, 0)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('SamplingFrequency',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 102, 200)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('MiscChannelCount',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 110, 0)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('RecordingType',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 114, 'continuous')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('EEGChannelCount',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 99, 62)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('RecordingDuration',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 111, 1801.42)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('EEGReference',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 113, 'common')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        SELECT ParameterTypeID FROM parameter_type WHERE Name = %s AND SourceFrom='physiological_parameter_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        ('TaskName',)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Executing query:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        INSERT INTO physiological_parameter_file (PhysiologicalFileID, ParameterTypeID, Value) VALUES (%s,%s,%s)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">With arguments:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">        (3, 103, 'protmap')<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Traceback (most recent call last):<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">  File "bids_import.py", line 431, in <module><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">    main()<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">  File "bids_import.py", line 75, in main<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">    read_and_insert_bids(bids_dir, config_file, verbose, createcand, createvisit)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">  File "bids_import.py", line 216, in read_and_insert_bids<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">    loris_bids_root_dir    = loris_bids_root_dir<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">  File "/data/loris/bin/mri/python/lib/eeg.py", line 143, in __init__<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">    self.register_raw_data()<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">  File "/data/loris/bin/mri/python/lib/eeg.py", line 264, in register_raw_data<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">    inserted_eeg  = self.fetch_and_insert_eeg_file()<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">  File "/data/loris/bin/mri/python/lib/eeg.py", line 473, in fetch_and_insert_eeg_file<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">    fdt_full_path = eeg_file_data['fdt_file']<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">KeyError: 'fdt_file'<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">But with this error I can see that the candidates was inserted in the database, so which I can't see in the formulary?<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><img width="361" height="224" id="gmail-m_-447236271808968359Imagen_x0020_2" src="cid:16edcd175f26917eb1"><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">How I can solve this problem, any idea?,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">Thanks,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">Iris<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div></blockquote></div>