<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Hello Julie,</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Could it be that your MySQL 'lorismysql' user have different permissions depending on where it is connecting to the DB?</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
A database admin (root) can check this for you.</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<span style="font-family: Consolas, Courier, monospace;">SELECT User, Host FROM mysql.user;</span></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
then for the user that match the Host (name or IP address) of your LORIS (Apache) server</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<span style="font-family: Consolas, Courier, monospace;">SHOW grants for 'lorismysql'@'<Host>';</span></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div id="Signature">
<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt; color:#000000; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;margin-top:0; margin-bottom:0">M<span class="_Xbe">ι</span>lanie<br>
</p>
<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"></p>
</div>
</div>
<div id="appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Julie Ashworth, HWNI Computing Support <support-cirl@berkeley.edu><br>
<b>Sent:</b> November 8, 2019 21:04<br>
<b>To:</b> Christine Rogers, Ms. <christine.rogers@mcgill.ca><br>
<b>Cc:</b> Ioannis Pappas <ioannis@berkeley.edu>; Melanie Legault, Mrs <melanie.legault2@mcgill.ca>; loris-dev@bic.mni.mcgill.ca <loris-dev@bic.mni.mcgill.ca><br>
<b>Subject:</b> Re: [Loris-dev] loris server</font>
<div> </div>
</div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:11pt;">
<div class="PlainText">thanks Christine,<br>
<br>
yes, it's the lorismysql user in the config.xml file.<br>
        <username>lorismysql</username><br>
        <database>loris_database</database><br>
        <quatUser>lorismysql</quatUser><br>
<br>
we appeciate your help troubleshooting this.<br>
best,<br>
Julie<br>
<br>
<br>
On 08-11-2019 23.20 +0000, Christine Rogers, Ms. wrote:<br>
>    Hi Ioannis, <br>
>    Could you open your file called config.xml<br>
>    (/srv/www/loris/project/config.xml) and confirm for us --  which user<br>
>    credential is stored there, and what's the name of the database it is<br>
>    connecting to? <br>
>    This is the mysql user which connects to the database from the front end<br>
>    of LORIS.  <br>
>    If this user has insufficient privileges on your database, that would<br>
>    cause the errors you are seeing.  I had assumed from your thread it was<br>
>    your lorismysql user but it sounds like this should be verified. <br>
>    Let us know, and we'll keep following up when we come back online after<br>
>    the weekend, <br>
>    Best, <br>
>    Christine <br>
>    On Fri, Nov 8, 2019 at 5:31 PM Ioannis Pappas <ioannis@berkeley.edu><br>
>    wrote:<br>
> <br>
>      Hi Melanie.<br>
>      Thank you for taking the time to reply to this. I took some to consider<br>
>      your comments. Unfortunately as I said to Christine we are unable to do<br>
>      any kind of updating to the database (either that is changing the name<br>
>      or changing the small html description, etc.).<br>
>      Based on some more digging and on some of Christine's comments I have a<br>
>      feeling that our lorisweb front-end, admin user cannot write anything to<br>
>      the database. Along these lines could it be the case the lorismysql user<br>
>      (the database, admin user with INSERT, UPDATE, etc privileges) is not<br>
>      β€œtalking” to the lorisweb front end user? What is the difference between<br>
>      the two and could it be a installation problem for them not talking to<br>
>      each other? As Julie said, lorismysql user is working normally with<br>
>      MariaDB.<br>
>      Thank you again for your help.<br>
>      Best wishes,<br>
>      Ioannis<br>
> <br>
>        On Nov 7, 2019, at 4:33 AM, Melanie Legault, Mrs<br>
>        <melanie.legault2@mcgill.ca> wrote:<br>
>        Hello,<br>
>        Changing the project name in the configuration page<br>
>        (<a href="https://loris.url/configuration/">https://loris.url/configuration/</a>) of LORIS, only change the title of<br>
>        the project. To see this change, you have to log out of LORIS and then<br>
>        go back to the login page (<a href="https://.loris.url/">https://.loris.url/</a>). This is the only<br>
>        place you can find the project name (except from the configuration<br>
>        page). See ProjectName.png<br>
>        As for files permission, I would suggest a few change to improve<br>
>        security of you server. Some extra permissions where granted to help<br>
>        you but are not needed.<br>
>          * /srv/www/loris/smarty/templates_c/  should have ownership of<br>
>            lorisadmin:httpd and permission 770 (or 775)<br>
>          * srv/www/loris/project/  should have ownership lorisadmin:httpd and<br>
>            permission 770 (775)<br>
>          * All other files under loris should have lorisadmin:lorisadmin 755<br>
>        Reading through this change of mail, I understand that you let Apache<br>
>        store file in /srv/www/loris <br>
>           |       31 | DownloadPath   | Downloads   | /srv/www/loris/   |<br>
>        Where<br>
>        >>     files are downloaded<br>
>        Downloaded files should not be in the same tree as LORIS code. It<br>
>        should be in a separate structure where Apache will not try and do not<br>
>        have permission (in httpd.conf) to execute files.<br>
>        Kind regards,<br>
>        MΓ©lanie Legault | Software developer | Faculty of Medicine | McGill<br>
>        University  <br>
>        3801 University, MontrΓ©al, QC H3A 2B4 <br>
> <br>
>      ----------------------------------------------------------------------<br>
> <br>
>        From: loris-dev-bounces@bic.mni.mcgill.ca<br>
>        <loris-dev-bounces@bic.mni.mcgill.ca> on behalf of Ioannis Pappas<br>
>        <ioannis@berkeley.edu><br>
>        Sent: November 7, 2019 0:18<br>
>        To: loris-dev@bic.mni.mcgill.ca <loris-dev@bic.mni.mcgill.ca><br>
>        Cc: Julie Ashworth, HWNI Computing Support<br>
>        <support-cirl@berkeley.edu>; Christine Rogers, Ms.<br>
>        <christine.rogers@mcgill.ca><br>
>        Subject: Re: [Loris-dev] loris server<br>
>         <br>
>        Hi Christine and Julie.<br>
> <br>
>        Yes it looks like that any attempt to configure something in the<br>
>        front-end results in the same page. I am sending this to the list (as<br>
>        you requested Christine) alongside the troubleshooting and discussion<br>
>        so far with Julie.<br>
> <br>
>        Best wishes,<br>
>        Ioannis<br>
> <br>
>        > On Nov 6, 2019, at 7:03 PM, Julie Ashworth, HWNI Computing Support<br>
>        <support-cirl@berkeley.edu> wrote:<br>
>        > <br>
>        > hi Christine and Ioannis,<br>
>        > Ioannis, can you follow-up with Christine about using the front-end?<br>
>        > <br>
>        > We're using CentOS7.7 and loris-21.0.1.<br>
>        > <br>
>        > I confirmed that I could login as the mysql user (lorismyqsl) and<br>
>        change the 'url' config setting from '<a href="http://loris.priv">http://loris.priv</a>' to<br>
>        '<a href="http://localhost">http://localhost</a>', and back again.<br>
>        > <br>
>        > MariaDB [loris_database]> SELECT c.ConfigID, cs.Name, cs.Label,<br>
>        c.Value, cs.Description FROM Config c LEFT JOIN ConfigSettings cs ON<br>
>        (c.ConfigID = cs.ID) JOIN ConfigSettings csp ON (cs.Parent = csp.ID)<br>
>        WHERE csp.Name = 'www';<br>
>        ><br>
>        +----------+-------------------+-------------------+-------------------+--------------------------------------+<br>
>        > | ConfigID | Name              | Label             |<br>
>        Value             | Description                          |<br>
>        ><br>
>        +----------+-------------------+-------------------+-------------------+--------------------------------------+<br>
>        > |       44 | host              | Host              |<br>
>        loris.priv        | Host                                 |<br>
>        > |       45 | url               | Main LORIS URL   <br>
>        | <a href="http://loris.priv">http://loris.priv</a> | Main URL where LORIS can be accessed |<br>
>        > |       46 | issue_tracker_url | Issue tracker URL |<br>
>        /issue_tracker    | The *new* bug/issue tracker url      |<br>
>        ><br>
>        +----------+-------------------+-------------------+-------------------+--------------------------------------+<br>
>        > <br>
>        > MariaDB [loris_database]> UPDATE Config SET Value='<a href="http://localhost">http://localhost</a>'<br>
>        WHERE ConfigID=(SELECT ID FROM ConfigSettings WHERE Name='url'); <br>
>        > Rows matched: 1  Changed: 1  Warnings: 0<br>
>        > <br>
>        > MariaDB [loris_database]> SELECT c.ConfigID, cs.Name, cs.Label,<br>
>        c.Value, cs.Description FROM Config c LEFT JOIN ConfigSettings cs ON<br>
>        (c.ConfigID = cs.ID) JOIN ConfigSettings csp ON (cs.Parent = csp.ID)<br>
>        WHERE csp.Name = 'www';<br>
>        ><br>
>        +----------+-------------------+-------------------+------------------+--------------------------------------+<br>
>        > | ConfigID | Name              | Label             |<br>
>        Value            | Description                          |<br>
>        ><br>
>        +----------+-------------------+-------------------+------------------+--------------------------------------+<br>
>        > |       44 | host              | Host              |<br>
>        loris.priv       | Host                                 |<br>
>        > |       45 | url               | Main LORIS URL   <br>
>        | <a href="http://localhost">http://localhost</a> | Main URL where LORIS can be accessed |<br>
>        > |       46 | issue_tracker_url | Issue tracker URL |<br>
>        /issue_tracker   | The *new* bug/issue tracker url      |<br>
>        ><br>
>        +----------+-------------------+-------------------+------------------+--------------------------------------+<br>
>        > 3 rows in set (0.00 sec)<br>
>        > <br>
>        > best,<br>
>        > Julie<br>
>        > <br>
>        > <br>
>        > On 06-11-2019 21.43 +0000, Christine Rogers, Ms. wrote:<br>
>        >>   Hi Julie, <br>
>        >>   Forgive my ambiguity - We run the community support listserv for<br>
>        >>   developers, project administrators and sysadmins setting up<br>
>        LORIS, so that<br>
>        >>   these users can contact our technical team for exactly such<br>
>        technical<br>
>        >>   help.  <br>
>        >>   If it's ok with you, I'd encourage you subscribe to the listserv<br>
>        and<br>
>        >>   contact our technical team that way for the same reason.<br>
>        >>   (Note that front-end users of LORIS typically contact their<br>
>        project team<br>
>        >>   for support, rather than us.)<br>
>        >>   Given that your lorismysql user privileges seem appropriate<br>
>        ('UPDATE" is<br>
>        >>   there, I mistyped 'INSERT" before) <br>
>        >>   --  is there any other indication why the database record is not<br>
>        >>   updating?  <br>
>        >>   In the front-end, can your 'admin' user effect any changes in<br>
>        (any) Config<br>
>        >>   setting?  <br>
>        >>   In the back-end, when you tried updating a field using your<br>
>        >>   lorismysql credential, what happened? <br>
>        >>   Your front end is loading ok, and you can log in there, if I<br>
>        understood<br>
>        >>   correctly. <br>
>        >>   Thanks for letting us know these details at<br>
>        >>   [1]loris-dev@bic.mni.mcgill.ca <br>
>        >>   Please also include what version of LORIS you are installing, and<br>
>        on what<br>
>        >>   OS version. <br>
>        >>   Best, <br>
>        >>   Christine<br>
>        >>   On Wed, Nov 6, 2019 at 3:31 PM Julie Ashworth, HWNI Computing<br>
>        Support<br>
>        >>   <[2]support-cirl@berkeley.edu> wrote:<br>
>        >> <br>
>        >>     Thank you Christine,<br>
>        >>     I'm the linux sysadmin who installed the loris database for<br>
>        Ioannis.<br>
>        >>     I'm not a loris user, however, so that makes it a little<br>
>        awkward for<br>
>        >>     troubleshooting via the mailing list. I'm happy to help in<br>
>        whatever way<br>
>        >>     I can.<br>
>        >> <br>
>        >>     Regarding the database permissions, I ran:<br>
>        >> <br>
>        >>     MariaDB [(none)]> show grants for 'lorismysql'@'%';<br>
>        >>    <br>
>        +--------------------------------------------------------------------------------+<br>
>        >>     | Grants for lorismysql@%<br>
>        >>     |<br>
>        >>    <br>
>        +--------------------------------------------------------------------------------+<br>
>        >>     | GRANT USAGE ON *.* TO 'lorismysql'@'%'<br>
>        >>     |<br>
>        >>     | GRANT SELECT, INSERT, UPDATE, DELETE ON `loris_database`.* TO<br>
>        >>     'lorismysql'@'%' |<br>
>        >>    <br>
>        +--------------------------------------------------------------------------------+<br>
>        >>     2 rows in set (0.00 sec)<br>
>        >> <br>
>        >>     looking at the 'tips' section in the page you referred to...<br>
>        >> <br>
>        >>     |       29 | base           | Base        | /srv/www/loris/   |<br>
>        The base<br>
>        >>     filesystem path where LORIS is<br>
>        installed                          |<br>
>        >>     |       31 | DownloadPath   | Downloads   | /srv/www/loris/   |<br>
>        Where<br>
>        >>     files are downloaded<br>
>        >> <br>
>        >>    <br>
>        +----------+-------------------+-------------------+-------------------+--------------------------------------+<br>
>        >>     | ConfigID | Name              | Label             |<br>
>        Value             |<br>
>        >>     Description                          |<br>
>        >>    <br>
>        +----------+-------------------+-------------------+-------------------+--------------------------------------+<br>
>        >>     |       44 | host              | Host              |<br>
>        loris.priv        |<br>
>        >>     Host                                 |<br>
>        >>     |       45 | url               | Main LORIS URL    |<br>
>        >>     [3]http://loris.priv | Main URL where LORIS can be accessed |<br>
>        >>     |       46 | issue_tracker_url | Issue tracker URL |<br>
>        /issue_tracker    |<br>
>        >>     The *new* bug/issue tracker url      |<br>
>        >>    <br>
>        +----------+-------------------+-------------------+-------------------+--------------------------------------+<br>
>        >> <br>
>        >>     apache config:<br>
>        >> <br>
>        >>     Listen 80<br>
>        >>     User apache<br>
>        >>     Group apache<br>
>        >>     DocumentRoot "/srv/www/loris/htdocs"<br>
>        >> <br>
>        >>     <Directory /><br>
>        >>         AllowOverride none<br>
>        >>         Require all denied<br>
>        >>     </Directory><br>
>        >> <br>
>        >>     <Directory "/srv/www"><br>
>        >>         AllowOverride All<br>
>        >>         Options Indexes FollowSymLinks<br>
>        >>         Require all granted<br>
>        >>     </Directory><br>
>        >> <br>
>        >>     <Directory "/srv/www/loris/htdocs"><br>
>        >>         Options Indexes FollowSymLinks<br>
>        >>         AllowOverride All<br>
>        >>         Require all granted<br>
>        >>     </Directory><br>
>        >> <br>
>        >>     file permissions:<br>
>        >> <br>
>        >>     # ls -ld /srv/www/loris/smarty/templates_c<br>
>        >>     drwxrwxrwx 2 lorisadmin lorisadmin 4096 Oct 31 09:46<br>
>        >>     /srv/www/loris/smarty/templates_c/<br>
>        >> <br>
>        >>     [root@loris loris]# ls -l /srv/www/loris/smarty/templates_c<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  2444 Oct 31 09:46<br>
>        >>    <br>
>        0e1b94643329544102d69ebd990c8b0165d1bd0d_0.file.form_passwordexpiry.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin 10490 Sep 10 10:55<br>
>        >>    <br>
>        195463768851669204bf65105fe4e81a03455b48_0.file.form_data_team_helper.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin 21126 Sep  7 18:39<br>
>        >>     1ebadd1dabd19543319b9015a275a25fb3ea1271_0.file.main.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  3296 Sep  7 18:35<br>
>        >>    <br>
>        32a6e0e3cc0aee3715361b33919eac95c0bb9cdc_0.file.form_login.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  5901 Sep  7 21:10<br>
>        >>    <br>
>        5cdeb715e5ad48d381bf4ea25405f9bfe5b81533_0.file.form_my_preferences.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin 23339 Sep  7 18:39<br>
>        >>    <br>
>        71d07644a1309b40189d42145f7042af6743e856_0.file.form_dashboard.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin   874 Sep 10 11:01<br>
>        >>     82495f3f78d11898c2eb816f93ec7338caa5ca28_0.file.500.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  1101 Sep 10 10:58<br>
>        >>    <br>
>        981927c886552e58e58f493e3153d095d2fe5d66_0.file.form_instrument_builder.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin 18054 Sep 10 10:59<br>
>        >>    <br>
>        9dc62269f6e5525550f5928a805017c5e110a582_0.file.menu_data_release.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  3590 Sep  7 18:39<br>
>        >>    <br>
>        a03bc16552e4c92f220889e46134f8fe96caf2ea_0.file.progress_bar.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin 25141 Sep  7 21:08<br>
>        >>    <br>
>        a07d2701a4cda44e7ef7f6025b78e76f7b6e65c4_0.file.form_configuration.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin   897 Sep  7 18:35<br>
>        >>     a0b6f32d181ed65d471eea20abc4abbc40bf3469_0.file.404.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  9210 Sep 10 11:01<br>
>        >>    <br>
>        a1c292c69532174e9aa753a48e112d4b0eb33594_0.file.menu_mri_violations.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  8917 Sep 10 13:21<br>
>        >>    <br>
>        ae14f13d831988de3500d7174b53a47390649eb5_0.file.form_project.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  4811 Sep  7 18:35<br>
>        >>    <br>
>        d1ca754a8d9c5ab253e43310722bf6504c17d6e1_0.file.public_layout.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  3309 Sep 10 11:02<br>
>        >>    <br>
>        d8ced7af9adee12c690eb2cc0d3ad5dc4ff54d10_0.file.form_statistics.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin 10303 Sep 10 10:59<br>
>        >>    <br>
>        e6424ba9933db2e98436eb3df00ea38ae63d7b18_0.file.menu_genomic_browser.tpl.php<br>
>        >>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin 12273 Sep  7 17:42<br>
>        >>     fb872a21af70c86930fd51b0f25275c1e0912249_0.file.install.tpl.php<br>
>        >> <br>
>        >>     thanks again!<br>
>        >>     Julie<br>
>        >> <br>
>        >>     On 06-11-2019 19.01 +0000, Christine Rogers, Ms. wrote:<br>
>        >>>     Hi Ioannis,Γ‚ <br>
>        >>>     Thanks for your question.Γ‚ <br>
>        >>>     Given that the URL field is not updating, I suspect it's a<br>
>        database<br>
>        >>>     back-end issue.Γ‚ <br>
>        >>>     Can you verify -- Has your mysql user lorismysqlΓ‚ been granted<br>
>        the<br>
>        >>     "INSERT"<br>
>        >>>     privilege for the right database? If not, that would result in<br>
>        an<br>
>        >>     error<br>
>        >>>     like the kind you are seeing.Γ‚ <br>
>        >>>     Also, if you wish to check your LORIS Configuration settings<br>
>        in the<br>
>        >>>     backend database such as the URL field -- to see what was<br>
>        actually<br>
>        >>     stored<br>
>        >>>     in a given database field and should display in the Config<br>
>        >>     module:Γ‚ <br>
>        >>>     You can run the queries listed in the "Troubleshooting<br>
>        >>     Configuration<br>
>        >>>     settings" section of our Github-wiki Setup Guide (under<br>
>        Project<br>
>        >>>     Customization) :Γ‚ <br>
>        >>>    <br>
>        >>    <br>
>        [1][4]https://github.com/aces/Loris/wiki/Project-Customization#troubleshooting-configuration-settings<br>
>        >>>     Lastly, this question is perfectly appropriate for the<br>
>        loris-dev<br>
>        >>     community<br>
>        >>>     support listserv -- please [2]subscribe here and then email<br>
>        our<br>
>        >>     technical<br>
>        >>>     team your next question atΓ‚ [3][5]loris-dev@bic.mni.mcgill.ca<br>
>        >>     (after checking<br>
>        >>>     any forwarded threads for sensitive info).Γ‚ <br>
>        >>>     We prefer to answer technical questions there for the benefit<br>
>        of<br>
>        >>     the<br>
>        >>>     community and other first-time users in the same position as<br>
>        >>     yourself.Γ‚ Γ‚ <br>
>        >>>     Thanks and cheers,Γ‚ <br>
>        >>>     ChristineΓ‚ <br>
>        >>>     On Mon, Nov 4, 2019 at 5:49 PM Dr. Ioannis Pappas PhD<br>
>        >>>     <[4][6]ioannis@berkeley.edu> wrote:<br>
>        >>> <br>
>        >>>       Hi Loris support.Γ‚ <br>
>        >>>       My name is ioannis Pappas, a post-doc at the D'Esposito lab<br>
>        >>     stroke group<br>
>        >>>       at UC Berkeley. With the kind of help of our sys adminΓ‚<br>
>        Julie<br>
>        >>     (cc'ed) we<br>
>        >>>       have set up our loris database in our cluster (she is the<br>
>        sudo<br>
>        >>     user and<br>
>        >>>       I am the admin user).<br>
>        >>>       If you allow me, I would like to ask you about the first<br>
>        >>     configuration<br>
>        >>>       steps in the front end as they are described in the<br>
>        tutorial. We<br>
>        >>     can<br>
>        >>>       login to [5][7]http://loris and the front end normally.<br>
>        >>>       However any update that I am trying toΓ‚ perform in<br>
>        >>     Admin->Configuration<br>
>        >>>       doesn't work (e.g. updating the study name). It just<br>
>        refreshes<br>
>        >>     the same<br>
>        >>>       page. I am just wondering if there is an issue with writing<br>
>        in<br>
>        >>     the<br>
>        >>>       configuration file.<br>
>        >>>       Here are the permissions setup for where Loris is installed.<br>
>        >>>       chmod 777 /var/www/loris/smarty/templates_c<br>
>        >>>       cd /srv/www/loris<br>
>        >>>       chown -R lorisadmin:lorisadmin .<br>
>        >>>       chmod -c -R a+r .<br>
>        >>>       Γ‚  Γ‚  this command gives everyone read access, and outputs<br>
>        what<br>
>        >>     changes<br>
>        >>>       were made:<br>
>        >>>       Γ‚  Γ‚  mode of Γ‚ΒΏ./project¿ changed from 0770 (rwxrwx---) to<br>
>        0774<br>
>        >>>       (rwxrwxr--)<br>
>        >>>       Γ‚  Γ‚  mode of Γ‚ΒΏ./tools/logs¿ changed from 0770 (rwxrwx---)<br>
>        to<br>
>        >>     0774<br>
>        >>>       (rwxrwxr--)<br>
>        >>>       find . -type d -exec chmod a+x -c {} \;<br>
>        >>>       Γ‚  Γ‚  this command gives everyone permission to open a<br>
>        directory,<br>
>        >>     and<br>
>        >>>       outputs what changes were made:<br>
>        >>>       Γ‚  Γ‚  mode of Γ‚ΒΏ./project¿ changed from 0774 (rwxrwxr--) to<br>
>        0775<br>
>        >>>       (rwxrwxr-x)<br>
>        >>>       Γ‚  Γ‚  mode of Γ‚ΒΏ./tools/logs¿ changed from 0774 (rwxrwxr--)<br>
>        to<br>
>        >>     0775<br>
>        >>>       (rwxrwxr-x)<br>
>        >>>       HopefullyΓ‚ you can help me with this. I also subscribed to<br>
>        the<br>
>        >>     mailing<br>
>        >>>       list but I am not sure if this too much of a basic question<br>
>        for<br>
>        >>     the<br>
>        >>>       list.<br>
>        >>>       Best wishes,<br>
>        >>>       Ioannis<br>
>        >>>       On Mon, Nov 4, 2019 at 1:12 PM Julie Ashworth, HWNI<br>
>        Computing<br>
>        >>     Support<br>
>        >>>       <[6][8]support-cirl@berkeley.edu> wrote:<br>
>        >>> <br>
>        >>>         Hi ioannis, maybe it's best to ask the developers? You can<br>
>        cc<br>
>        >>     me if<br>
>        >>>         you'd like.<br>
>        >>>         On Mon, Nov 4, 2019, 12:37 PM Ioannis Pappas<br>
>        >>     <[7][9]ioannis@berkeley.edu><br>
>        >>>         wrote:<br>
>        >>> <br>
>        >>>           That did the trick Julie. Thank you!<br>
>        >>> <br>
>        >>>           I am still trying to understand how configuration works<br>
>        >>     though. For<br>
>        >>>           example if I just try to change the name of the<br>
>        >>>           study from the front end, I get nowhere (it just<br>
>        refreshes<br>
>        >>     the same<br>
>        >>>           page).<br>
>        >>> <br>
>        >>>           I am not sure if this requires write permissions<br>
>        somewhere in<br>
>        >>     a<br>
>        >>>           config file/folder and thatÒ€ℒs why it doesnÒ€ℒt update<br>
>        it.<br>
>        >>> <br>
>        >>>           Best wishes,<br>
>        >>>           Ioannis<br>
>        >>> <br>
>        >>>           > On Nov 4, 2019, at 12:08 PM, Julie Ashworth, HWNI<br>
>        Computing<br>
>        >>>           Support <[8][10]support-cirl@berkeley.edu> wrote:<br>
>        >>>           ><br>
>        >>>           > just in case you're interested, these are the<br>
>        permission<br>
>        >>     changes I<br>
>        >>>           made:<br>
>        >>>           ><br>
>        >>>           > chmod 777 /var/www/loris/smarty/templates_c<br>
>        >>>           > cd /srv/www/loris<br>
>        >>>           > chown -R lorisadmin:lorisadmin .<br>
>        >>>           > chmod -c -R a+r .<br>
>        >>>           >Γ‚  Γ‚  this command gives everyone read access, and<br>
>        outputs<br>
>        >>     what<br>
>        >>>           changes were made:<br>
>        >>>           >Γ‚  Γ‚  mode of Γ‚ΒΏ./project¿ changed from 0770<br>
>        (rwxrwx---) to<br>
>        >>     0774<br>
>        >>>           (rwxrwxr--)<br>
>        >>>           >Γ‚  Γ‚  mode of Γ‚ΒΏ./tools/logs¿ changed from 0770<br>
>        (rwxrwx---)<br>
>        >>     to 0774<br>
>        >>>           (rwxrwxr--)<br>
>        >>>           > find . -type d -exec chmod a+x -c {} \;<br>
>        >>>           >Γ‚  Γ‚  this command gives everyone permission to open a<br>
>        >>     directory, and<br>
>        >>>           outputs what changes were made:<br>
>        >>>           >Γ‚  Γ‚  mode of Γ‚ΒΏ./project¿ changed from 0774<br>
>        (rwxrwxr--) to<br>
>        >>     0775<br>
>        >>>           (rwxrwxr-x)<br>
>        >>>           >Γ‚  Γ‚  mode of Γ‚ΒΏ./tools/logs¿ changed from 0774<br>
>        (rwxrwxr--)<br>
>        >>     to 0775<br>
>        >>>           (rwxrwxr-x)<br>
>        >>>           ><br>
>        >>>           ><br>
>        >>>           ><br>
>        >>>           > On 04-11-2019 12.03 -0800, Ioannis Pappas wrote:<br>
>        >>>           >> Hi Julie.<br>
>        >>>           >> I just tried and I still don???t get anything. I also<br>
>        >>     tried<br>
>        >>>           private mode in Firefox in case the empty page was<br>
>        cached.<br>
>        >>>           >> Sorry for this.<br>
>        >>>           >><br>
>        >>>           >> Best wishes,<br>
>        >>>           >> Ioannis<br>
>        >>>           >><br>
>        >>>           >>> On Nov 4, 2019, at 11:58 AM, Julie Ashworth, HWNI<br>
>        >>     Computing<br>
>        >>>           Support <[9][11]support-cirl@berkeley.edu> wrote:<br>
>        >>>           >>><br>
>        >>>           >>> hi Ioannis,<br>
>        >>>           >>> no worries, I changed the following directory to<br>
>        777:<br>
>        >>>           >>><br>
>        >>>           >>> /var/www/loris/smarty/templates_c<br>
>        >>>           >>><br>
>        >>>           >>> will you please check if that works?<br>
>        >>>           >>><br>
>        >>>           >>> thanks!<br>
>        >>>           >>><br>
>        >>>           >>><br>
>        >>>           >>><br>
>        >>>           >>><br>
>        >>>           >>><br>
>        >>>           >>> On 04-11-2019 11.49 -0800, Dr. Ioannis Pappas PhD<br>
>        wrote:<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Hi Julie.<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Apologies for bugging you with this again. We<br>
>        tried<br>
>        >>     now to<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  accessΓƒβ€š [1][10][12]http://lorisΓƒβ€š<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  and we are getting aΓƒβ€š blank page. I think the<br>
>        reason<br>
>        >>     for this<br>
>        >>>           is that we<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  don't have readΓƒβ€š permissions to read from the<br>
>        >>     template located<br>
>        >>>           in<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  /var/www/loris/smarty See here bottom of the<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  pageΓƒβ€š<br>
>        >>>          <br>
>        >>    <br>
>        [2][11][13]https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  I think, in general, I am a little bit confused<br>
>        as to<br>
>        >>     what the<br>
>        >>>           permissions<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  should be for us that are not sudos. My<br>
>        understanding<br>
>        >>     is that<br>
>        >>>           if we don't<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  have read or write permissions then we can't<br>
>        access or<br>
>        >>     write<br>
>        >>>           to<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  /var/www/loris, meaning that we can't access or<br>
>        >>     configure.<br>
>        >>>           Should<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  everything be chmod 777 for example?Γƒβ€š<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Thank you very much once again.<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Best wishes,<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Ioannis<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  On Thu, Oct 31, 2019 at 1:56 PM Dr. Ioannis<br>
>        Pappas PhD<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  <[3][12][14]ioannis@berkeley.edu> wrote:<br>
>        >>>           >>>><br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Thank you very much Julie. I appreciate this<br>
>        and I<br>
>        >>     will dig<br>
>        >>>           into Loris<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  given your changes. Thank you so much for your<br>
>        >>     help.<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Best wishes,<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Ioannis<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  On Thu, Oct 31, 2019 at 12:48 PM Julie<br>
>        Ashworth,<br>
>        >>     HWNI<br>
>        >>>           Computing Support<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  <[4][13][15]support-cirl@berkeley.edu> wrote:<br>
>        >>>           >>>><br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  hi Ioannis,<br>
>        >>>           >>>><br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  1. I changed the permissions of<br>
>        /srv/www/loris<br>
>        >>     to be owned<br>
>        >>>           by<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  lorisadmin. I reivewed my installation<br>
>        notes,<br>
>        >>     and I did<br>
>        >>>           this already<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  when<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  I installed the server. I'm not sure why<br>
>        they<br>
>        >>     changed, so<br>
>        >>>           it's<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  probably a<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  good idea to keep an eye on that.<br>
>        >>>           >>>><br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  2. When I installed the loris software, I<br>
>        also<br>
>        >>     installed a<br>
>        >>>           mysql<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  database as recommended in the<br>
>        instructions:<br>
>        >>>           >>>><br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  projectname: LORIS<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  databasename: loris_database<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  mysqluser: lorismysql<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  frontend: lorisweb<br>
>        >>>           >>>><br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  3. A couple of weeks ago, I moved Henrik's<br>
>        home<br>
>        >>     directory<br>
>        >>>           to<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  /home/despoA,<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  but I forgot to update loris. This is done<br>
>        now.<br>
>        >>>           >>>><br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  best,<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  Julie<br>
>        >>>           >>>><br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  On 31-10-2019 11.15 -0700, Dr. Ioannis<br>
>        Pappas<br>
>        >>     PhD wrote:<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Hi Julie.<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  I hope you are well. We are trying to<br>
>        >>     configure loris<br>
>        >>>           that you<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  kindly set<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  up for us.<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  I have a couple of questions for you if<br>
>        you<br>
>        >>     allow me<br>
>        >>>           so.Γƒβ€š<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  1) First, although we are logging into<br>
>        the<br>
>        >>     front end<br>
>        >>>           with admin<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  username<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  (lorisweb) and password, it seems that<br>
>        any<br>
>        >>     kind of<br>
>        >>>           update of<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  configuration<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  we are trying to do fails (meaning that<br>
>        if<br>
>        >>     we, say,<br>
>        >>>           change the<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  name of the<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  study and press "submit", this doesn't<br>
>        do<br>
>        >>     anything-it<br>
>        >>>           doesn't<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  update).<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  It's almost like our lorisweb user<br>
>        doesn't<br>
>        >>     have write<br>
>        >>>           privileges<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  in the<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  /var/www/loris/project (where I think<br>
>        every<br>
>        >>>           configuration should<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  be).<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  This generalizes for everything that we<br>
>        are<br>
>        >>     trying to do<br>
>        >>>           in the<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  front end.<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Clicking any instrument/tab in the front<br>
>        end<br>
>        >>     doesn't<br>
>        >>>           really point<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  to<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  anything.Γƒβ€š<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  2) Loris suggest doing configurations<br>
>        via<br>
>        >>     SQL. Is it<br>
>        >>>           possible to<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  run SQL<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  scripts in the backend<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  3) For some reason typing ssh lors for<br>
>        Henrik<br>
>        >>     doesn't<br>
>        >>>           directly<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  take him to<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  loris (it requires a password that is<br>
>        not the<br>
>        >>     password<br>
>        >>>           setup for<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  the<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  lorisweb user). Will you be able to fix<br>
>        this<br>
>        >>     via your<br>
>        >>>           sudo<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  privileges?<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Thank you very much in advance for all<br>
>        your<br>
>        >>     help Julie.<br>
>        >>>           Let us<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  know if<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  this is something that shouldn't be<br>
>        directed<br>
>        >>     to you (but<br>
>        >>>           instead<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  to the<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  loris people).Γƒβ€š<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Best wishes,<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Ioannis<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  On Mon, Sep 9, 2019 at 6:25 PM Julie<br>
>        >>     Ashworth, HWNI<br>
>        >>>           Computing<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  Support<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚ <br>
>        <[1][5][14][16]support-cirl@berkeley.edu><br>
>        >>     wrote:<br>
>        >>>           >>>>><br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  hi Henrik and Ioannis,<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  the loris server is available for<br>
>        you to<br>
>        >>     use.<br>
>        >>>           >>>>><br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  The servername is 'loris'. I<br>
>        created a<br>
>        >>     directory<br>
>        >>>           called<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  /data/loris for<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  you to store data. You may create<br>
>        new<br>
>        >>     folders in<br>
>        >>>           /data/loris to<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  organize<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  your data.<br>
>        >>>           >>>>><br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  1) secure shell or secure copy:<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  You can log in with the 'ssh' or<br>
>        'scp'<br>
>        >>     command from<br>
>        >>>           your remote<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  desktop<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  session. You don't need to<br>
>        authenticate<br>
>        >>     to log in.<br>
>        >>>           Maybe you'll<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  use scp<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  to transfer data between your<br>
>        cluster<br>
>        >>     account and the<br>
>        >>>           loris<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  server?<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Please put the data in /data/loris,<br>
>        so I<br>
>        >>     can make<br>
>        >>>           backups more<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  easily.<br>
>        >>>           >>>>><br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  secure shell:<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  $ ssh loris<br>
>        >>>           >>>>><br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  secure copy (change the<br>
>        names<br>
>        >>     in brackets). Let<br>
>        >>>           me know if<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  I can<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  help with syntax:<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  $ scp -r <data><br>
>        >>     loris:/data/loris/<newfolder><br>
>        >>>           >>>>><br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  2) front-end web interface.Γƒβ€šΓ‚
<br>
>        Open a<br>
>        >>     web browser in<br>
>        >>>           your remote<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  desktop<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  session and enter the hostname:<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  [2][6][15][17]http://loris<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  I created an admin user called<br>
>        >>     'lorisweb'. I put the<br>
>        >>>           password<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  in<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  $HOME/newuser on the cluster. To<br>
>        see it,<br>
>        >>     open a<br>
>        >>>           terminal, and<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  run:<br>
>        >>>           >>>>><br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  $ cat $HOME/newuser<br>
>        >>>           >>>>><br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  If other people need shell access<br>
>        to the<br>
>        >>     webserver,<br>
>        >>>           please let<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  me know<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  so I can create a home directory<br>
>        for<br>
>        >>     them.<br>
>        >>>           >>>>><br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  We should eventually discuss<br>
>        backups.<br>
>        >>>           >>>>><br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  best,<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Julie<br>
>        >>>           >>>>><br>
>        >>>           >>>>> References<br>
>        >>>           >>>>><br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  Visible links<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  1.<br>
>        >>     mailto:[7][16][18]support-cirl@berkeley.edu<br>
>        >>>           >>>>> Γƒβ€šΓ‚  Γƒβ€šΓ‚  2. [8][17][19]http://loris/<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Γ‚  Γ‚  ---end quoted text---<br>
>        >>>           >>>><br>
>        >>>           >>>> References<br>
>        >>>           >>>><br>
>        >>>           >>>>Γ‚  Visible links<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  1. [18][20]http://loris/<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  2.<br>
>        >>>          <br>
>        >>    <br>
>        [19][21]https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  3. mailto:[20][22]ioannis@berkeley.edu<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  4. mailto:[21][23]support-cirl@berkeley.edu<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  5. mailto:[22][24]support-cirl@berkeley.edu<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  6. [23][25]http://loris/<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  7. mailto:[24][26]support-cirl@berkeley.edu<br>
>        >>>           >>>>Γ‚  8. [25][27]http://loris/<br>
>        >>>           >>> ---end quoted text---<br>
>        >>>           >><br>
>        >>>           > ---end quoted text---<br>
>        >>> <br>
>        >>>     --<br>
>        >>>     [26][28]christine.rogers@mcgill.ca<br>
>        >>>     McGill Centre for Integrative Neuroscience | MCIN.ca<br>
>        >>>     Montreal Neurological Institute<br>
>        >>>     McGill University | Montreal | Canada<br>
>        >>> <br>
>        >>> References<br>
>        >>> <br>
>        >>>     Visible links<br>
>        >>>     1.<br>
>        >>    <br>
>        [29]https://github.com/aces/Loris/wiki/Project-Customization#troubleshooting-configuration-settings<br>
>        >>>     2.<br>
>        [30]https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev<br>
>        >>>     3. mailto:[31]loris-dev@bic.mni.mcgill.ca<br>
>        >>>     4. mailto:[32]ioannis@berkeley.edu<br>
>        >>>     5. [33]http://loris/<br>
>        >>>     6. mailto:[34]support-cirl@berkeley.edu<br>
>        >>>     7. mailto:[35]ioannis@berkeley.edu<br>
>        >>>     8. mailto:[36]support-cirl@berkeley.edu<br>
>        >>>     9. mailto:[37]support-cirl@berkeley.edu<br>
>        >>>    10. [38]http://xn--loris-7qa/<br>
>        >>>    11.<br>
>        [39]https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief<br>
>        >>>    12. mailto:[40]ioannis@berkeley.edu<br>
>        >>>    13. mailto:[41]support-cirl@berkeley.edu<br>
>        >>>    14. mailto:[42]support-cirl@berkeley.edu<br>
>        >>>    15. [43]http://loris/<br>
>        >>>    16. mailto:[44]support-cirl@berkeley.edu<br>
>        >>>    17. [45]http://loris/<br>
>        >>>    18. [46]http://loris/<br>
>        >>>    19.<br>
>        [47]https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief<br>
>        >>>    20. mailto:[48]ioannis@berkeley.edu<br>
>        >>>    21. mailto:[49]support-cirl@berkeley.edu<br>
>        >>>    22. mailto:[50]support-cirl@berkeley.edu<br>
>        >>>    23. [51]http://loris/<br>
>        >>>    24. mailto:[52]support-cirl@berkeley.edu<br>
>        >>>    25. [53]http://loris/<br>
>        >>>    26. mailto:[54]christine.rogers@mcgill.ca<br>
>        >>     ---end quoted text---<br>
>        >> <br>
>        >>   --<br>
>        >>   [55]christine.rogers@mcgill.ca<br>
>        >>   McGill Centre for Integrative Neuroscience | MCIN.ca<br>
>        >>   Montreal Neurological Institute<br>
>        >>   McGill University | Montreal | Canada<br>
>        >> <br>
>        >> References<br>
>        >> <br>
>        >>   Visible links<br>
>        >>   1. <a href="mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca">mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
>        >>   2. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>   3. <a href="http://loris.priv/">http://loris.priv/</a><br>
>        >>  <br>
>        4. <a href="https://github.com/aces/Loris/wiki/Project-Customization#troubleshooting-configuration-settings">
https://github.com/aces/Loris/wiki/Project-Customization#troubleshooting-configuration-settings</a><br>
>        >>   5. <a href="mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca">mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
>        >>   6. <a href="mailto:ioannis@berkeley.edu">mailto:ioannis@berkeley.edu</a><br>
>        >>   7. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>        >>   8. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>   9. <a href="mailto:ioannis@berkeley.edu">mailto:ioannis@berkeley.edu</a><br>
>        >>  10. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  11. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  12. <a href="http://xn--loris-era/">http://xn--loris-era/</a><br>
>        >>  13. <a href="https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief">
https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief</a><br>
>        >>  14. <a href="mailto:ioannis@berkeley.edu">mailto:ioannis@berkeley.edu</a><br>
>        >>  15. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  16. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  17. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>        >>  18. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  19. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>        >>  20. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>        >>  21. <a href="https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief">
https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief</a><br>
>        >>  22. <a href="mailto:ioannis@berkeley.edu">mailto:ioannis@berkeley.edu</a><br>
>        >>  23. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  24. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  25. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>        >>  26. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  27. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>        >>  28. <a href="mailto:christine.rogers@mcgill.ca">mailto:christine.rogers@mcgill.ca</a><br>
>        >> <br>
>        29. <a href="https://github.com/aces/Loris/wiki/Project-Customization#troubleshooting-configuration-settings">
https://github.com/aces/Loris/wiki/Project-Customization#troubleshooting-configuration-settings</a><br>
>        >>  30. <a href="https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev">
https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev</a><br>
>        >>  31. <a href="mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca">mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
>        >>  32. <a href="mailto:ioannis@berkeley.edu">mailto:ioannis@berkeley.edu</a><br>
>        >>  33. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>        >>  34. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  35. <a href="mailto:ioannis@berkeley.edu">mailto:ioannis@berkeley.edu</a><br>
>        >>  36. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  37. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  38. <a href="http://xn--loris-7qa/">http://xn--loris-7qa/</a><br>
>        >>  39. <a href="https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief">
https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief</a><br>
>        >>  40. <a href="mailto:ioannis@berkeley.edu">mailto:ioannis@berkeley.edu</a><br>
>        >>  41. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  42. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  43. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>        >>  44. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  45. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>        >>  46. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>        >>  47. <a href="https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief">
https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief</a><br>
>        >>  48. <a href="mailto:ioannis@berkeley.edu">mailto:ioannis@berkeley.edu</a><br>
>        >>  49. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  50. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  51. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>        >>  52. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>        >>  53. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>        >>  54. <a href="mailto:christine.rogers@mcgill.ca">mailto:christine.rogers@mcgill.ca</a><br>
>        >>  55. <a href="mailto:christine.rogers@mcgill.ca">mailto:christine.rogers@mcgill.ca</a><br>
>        > ---end quoted text---<br>
> <br>
>        _______________________________________________<br>
>        Loris-dev mailing list<br>
>        Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca<br>
>        <a href="https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev">https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev</a><br>
>        <ProjectName.png><br>
> <br>
>      _______________________________________________<br>
>      Loris-dev mailing list<br>
>      Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca<br>
>      <a href="https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev">https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev</a><br>
> <br>
>    --<br>
>    christine.rogers@mcgill.ca<br>
>    McGill Centre for Integrative Neuroscience | MCIN.ca<br>
>    Montreal Neurological Institute<br>
>    McGill University | Montreal | Canada<br>
---end quoted text---<br>
</div>
</span></font></div>
</body>
</html>