<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Hello,</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Changing the project name in the configuration page (https://loris.url/configuration/) of LORIS, only change the title of the project. To see this change, you have to log out of LORIS and then go back to the login page (https://.loris.url/). This is the only
 place you can find the project name (except from the configuration page). See ProjectName.png<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
As for files permission, I would suggest a few change to improve security of you server. Some extra permissions where granted to help you but are not needed.</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<ul>
<li><font size="2"><span style="font-size:11pt"></span><span style="font-size: 12pt; font-family: calibri, arial, helvetica, sans-serif; line-height: normal; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgba(0, 0, 0, 0);">/srv/www/loris/smarty/templates_c</span></font><span style="font-family: calibri, arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; line-height: normal; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgba(0, 0, 0, 0);">/ 
 should have ownership of lorisadmin:httpd and permission 770 (or 775)</span><br>
</li><li><span style="font-family: calibri, arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; line-height: normal; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgba(0, 0, 0, 0);">srv/www/loris/project/  should have owners</span>hip lorisadmin:httpd and permission 770 (775)<br>
</li><li>All other files under loris should have lorisadmin:lorisadmin 755<br>
</li></ul>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Reading through this change of mail, I understand that you let Apache store file in /srv/www/loris
<br>
<font size="2"><span style="font-size:11pt">   |       31 | DownloadPath   | Downloads   | /srv/www/loris/   | Where<br>
>>     files are downloaded</span></font><br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Downloaded files should not be in the same tree as LORIS code. It should be in a separate structure where Apache will not try and do not have permission (in httpd.conf) to execute files.</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Kind regards,</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div id="Signature">
<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt; color:#000000; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;margin-top:0; margin-bottom:0">M<span class="_Xbe">é</span>lanie Legault
<span style="color:rgb(255,0,0)">|</span> Software developer <span style="color:rgb(255,0,0)">|</span> Faculty of Medicine<span style="color:rgb(255,0,0)"> |</span>
<span style="color:rgb(255,0,0)">McGill University </span> <br>
</p>
<div>3801 University, Montr<span id="ms-rterangepaste-start"></span><span class="_Xbe">é</span><span id="ms-rterangepaste-end"></span>al, QC H3A 2B4 </div>
<br>
<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;"></p>
</div>
</div>
<div id="appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> loris-dev-bounces@bic.mni.mcgill.ca <loris-dev-bounces@bic.mni.mcgill.ca> on behalf of Ioannis Pappas <ioannis@berkeley.edu><br>
<b>Sent:</b> November 7, 2019 0:18<br>
<b>To:</b> loris-dev@bic.mni.mcgill.ca <loris-dev@bic.mni.mcgill.ca><br>
<b>Cc:</b> Julie Ashworth, HWNI Computing Support <support-cirl@berkeley.edu>; Christine Rogers, Ms. <christine.rogers@mcgill.ca><br>
<b>Subject:</b> Re: [Loris-dev] loris server</font>
<div> </div>
</div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:11pt;">
<div class="PlainText">Hi Christine and Julie.<br>
<br>
Yes it looks like that any attempt to configure something in the front-end results in the same page. I am sending this to the list (as you requested Christine) alongside the troubleshooting and discussion so far with Julie.<br>
<br>
Best wishes,<br>
Ioannis<br>
<br>
> On Nov 6, 2019, at 7:03 PM, Julie Ashworth, HWNI Computing Support <support-cirl@berkeley.edu> wrote:<br>
> <br>
> hi Christine and Ioannis,<br>
> Ioannis, can you follow-up with Christine about using the front-end?<br>
> <br>
> We're using CentOS7.7 and loris-21.0.1.<br>
> <br>
> I confirmed that I could login as the mysql user (lorismyqsl) and change the 'url' config setting from '<a href="http://loris.priv">http://loris.priv</a>' to '<a href="http://localhost">http://localhost</a>', and back again.<br>
> <br>
> MariaDB [loris_database]> SELECT c.ConfigID, cs.Name, cs.Label, c.Value, cs.Description FROM Config c LEFT JOIN ConfigSettings cs ON (c.ConfigID = cs.ID) JOIN ConfigSettings csp ON (cs.Parent = csp.ID) WHERE csp.Name = 'www';<br>
> +----------+-------------------+-------------------+-------------------+--------------------------------------+<br>
> | ConfigID | Name              | Label             | Value             | Description                          |<br>
> +----------+-------------------+-------------------+-------------------+--------------------------------------+<br>
> |       44 | host              | Host              | loris.priv        | Host                                 |<br>
> |       45 | url               | Main LORIS URL    | <a href="http://loris.priv">
http://loris.priv</a> | Main URL where LORIS can be accessed |<br>
> |       46 | issue_tracker_url | Issue tracker URL | /issue_tracker    | The *new* bug/issue tracker url      |<br>
> +----------+-------------------+-------------------+-------------------+--------------------------------------+<br>
> <br>
> MariaDB [loris_database]> UPDATE Config SET Value='<a href="http://localhost">http://localhost</a>' WHERE ConfigID=(SELECT ID FROM ConfigSettings WHERE Name='url');
<br>
> Rows matched: 1  Changed: 1  Warnings: 0<br>
> <br>
> MariaDB [loris_database]> SELECT c.ConfigID, cs.Name, cs.Label, c.Value, cs.Description FROM Config c LEFT JOIN ConfigSettings cs ON (c.ConfigID = cs.ID) JOIN ConfigSettings csp ON (cs.Parent = csp.ID) WHERE csp.Name = 'www';<br>
> +----------+-------------------+-------------------+------------------+--------------------------------------+<br>
> | ConfigID | Name              | Label             | Value            | Description                          |<br>
> +----------+-------------------+-------------------+------------------+--------------------------------------+<br>
> |       44 | host              | Host              | loris.priv       | Host                                 |<br>
> |       45 | url               | Main LORIS URL    | <a href="http://localhost">
http://localhost</a> | Main URL where LORIS can be accessed |<br>
> |       46 | issue_tracker_url | Issue tracker URL | /issue_tracker   | The *new* bug/issue tracker url      |<br>
> +----------+-------------------+-------------------+------------------+--------------------------------------+<br>
> 3 rows in set (0.00 sec)<br>
> <br>
> best,<br>
> Julie<br>
> <br>
> <br>
> On 06-11-2019 21.43 +0000, Christine Rogers, Ms. wrote:<br>
>>   Hi Julie, <br>
>>   Forgive my ambiguity - We run the community support listserv for<br>
>>   developers, project administrators and sysadmins setting up LORIS, so that<br>
>>   these users can contact our technical team for exactly such technical<br>
>>   help.  <br>
>>   If it's ok with you, I'd encourage you subscribe to the listserv and<br>
>>   contact our technical team that way for the same reason.<br>
>>   (Note that front-end users of LORIS typically contact their project team<br>
>>   for support, rather than us.)<br>
>>   Given that your lorismysql user privileges seem appropriate ('UPDATE" is<br>
>>   there, I mistyped 'INSERT" before) <br>
>>   --  is there any other indication why the database record is not<br>
>>   updating?  <br>
>>   In the front-end, can your 'admin' user effect any changes in (any) Config<br>
>>   setting?  <br>
>>   In the back-end, when you tried updating a field using your<br>
>>   lorismysql credential, what happened? <br>
>>   Your front end is loading ok, and you can log in there, if I understood<br>
>>   correctly. <br>
>>   Thanks for letting us know these details at<br>
>>   [1]loris-dev@bic.mni.mcgill.ca <br>
>>   Please also include what version of LORIS you are installing, and on what<br>
>>   OS version. <br>
>>   Best, <br>
>>   Christine<br>
>>   On Wed, Nov 6, 2019 at 3:31 PM Julie Ashworth, HWNI Computing Support<br>
>>   <[2]support-cirl@berkeley.edu> wrote:<br>
>> <br>
>>     Thank you Christine,<br>
>>     I'm the linux sysadmin who installed the loris database for Ioannis.<br>
>>     I'm not a loris user, however, so that makes it a little awkward for<br>
>>     troubleshooting via the mailing list. I'm happy to help in whatever way<br>
>>     I can.<br>
>> <br>
>>     Regarding the database permissions, I ran:<br>
>> <br>
>>     MariaDB [(none)]> show grants for 'lorismysql'@'%';<br>
>>     +--------------------------------------------------------------------------------+<br>
>>     | Grants for lorismysql@%<br>
>>     |<br>
>>     +--------------------------------------------------------------------------------+<br>
>>     | GRANT USAGE ON *.* TO 'lorismysql'@'%'<br>
>>     |<br>
>>     | GRANT SELECT, INSERT, UPDATE, DELETE ON `loris_database`.* TO<br>
>>     'lorismysql'@'%' |<br>
>>     +--------------------------------------------------------------------------------+<br>
>>     2 rows in set (0.00 sec)<br>
>> <br>
>>     looking at the 'tips' section in the page you referred to...<br>
>> <br>
>>     |       29 | base           | Base        | /srv/www/loris/   | The base<br>
>>     filesystem path where LORIS is installed                          |<br>
>>     |       31 | DownloadPath   | Downloads   | /srv/www/loris/   | Where<br>
>>     files are downloaded<br>
>> <br>
>>     +----------+-------------------+-------------------+-------------------+--------------------------------------+<br>
>>     | ConfigID | Name              | Label             | Value             |<br>
>>     Description                          |<br>
>>     +----------+-------------------+-------------------+-------------------+--------------------------------------+<br>
>>     |       44 | host              | Host              | loris.priv        |<br>
>>     Host                                 |<br>
>>     |       45 | url               | Main LORIS URL    |<br>
>>     [3]http://loris.priv | Main URL where LORIS can be accessed |<br>
>>     |       46 | issue_tracker_url | Issue tracker URL | /issue_tracker    |<br>
>>     The *new* bug/issue tracker url      |<br>
>>     +----------+-------------------+-------------------+-------------------+--------------------------------------+<br>
>> <br>
>>     apache config:<br>
>> <br>
>>     Listen 80<br>
>>     User apache<br>
>>     Group apache<br>
>>     DocumentRoot "/srv/www/loris/htdocs"<br>
>> <br>
>>     <Directory /><br>
>>         AllowOverride none<br>
>>         Require all denied<br>
>>     </Directory><br>
>> <br>
>>     <Directory "/srv/www"><br>
>>         AllowOverride All<br>
>>         Options Indexes FollowSymLinks<br>
>>         Require all granted<br>
>>     </Directory><br>
>> <br>
>>     <Directory "/srv/www/loris/htdocs"><br>
>>         Options Indexes FollowSymLinks<br>
>>         AllowOverride All<br>
>>         Require all granted<br>
>>     </Directory><br>
>> <br>
>>     file permissions:<br>
>> <br>
>>     # ls -ld /srv/www/loris/smarty/templates_c<br>
>>     drwxrwxrwx 2 lorisadmin lorisadmin 4096 Oct 31 09:46<br>
>>     /srv/www/loris/smarty/templates_c/<br>
>> <br>
>>     [root@loris loris]# ls -l /srv/www/loris/smarty/templates_c<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  2444 Oct 31 09:46<br>
>>     0e1b94643329544102d69ebd990c8b0165d1bd0d_0.file.form_passwordexpiry.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin 10490 Sep 10 10:55<br>
>>     195463768851669204bf65105fe4e81a03455b48_0.file.form_data_team_helper.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin 21126 Sep  7 18:39<br>
>>     1ebadd1dabd19543319b9015a275a25fb3ea1271_0.file.main.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  3296 Sep  7 18:35<br>
>>     32a6e0e3cc0aee3715361b33919eac95c0bb9cdc_0.file.form_login.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  5901 Sep  7 21:10<br>
>>     5cdeb715e5ad48d381bf4ea25405f9bfe5b81533_0.file.form_my_preferences.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin 23339 Sep  7 18:39<br>
>>     71d07644a1309b40189d42145f7042af6743e856_0.file.form_dashboard.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin   874 Sep 10 11:01<br>
>>     82495f3f78d11898c2eb816f93ec7338caa5ca28_0.file.500.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  1101 Sep 10 10:58<br>
>>     981927c886552e58e58f493e3153d095d2fe5d66_0.file.form_instrument_builder.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin 18054 Sep 10 10:59<br>
>>     9dc62269f6e5525550f5928a805017c5e110a582_0.file.menu_data_release.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  3590 Sep  7 18:39<br>
>>     a03bc16552e4c92f220889e46134f8fe96caf2ea_0.file.progress_bar.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin 25141 Sep  7 21:08<br>
>>     a07d2701a4cda44e7ef7f6025b78e76f7b6e65c4_0.file.form_configuration.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin   897 Sep  7 18:35<br>
>>     a0b6f32d181ed65d471eea20abc4abbc40bf3469_0.file.404.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  9210 Sep 10 11:01<br>
>>     a1c292c69532174e9aa753a48e112d4b0eb33594_0.file.menu_mri_violations.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  8917 Sep 10 13:21<br>
>>     ae14f13d831988de3500d7174b53a47390649eb5_0.file.form_project.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  4811 Sep  7 18:35<br>
>>     d1ca754a8d9c5ab253e43310722bf6504c17d6e1_0.file.public_layout.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin  3309 Sep 10 11:02<br>
>>     d8ced7af9adee12c690eb2cc0d3ad5dc4ff54d10_0.file.form_statistics.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin 10303 Sep 10 10:59<br>
>>     e6424ba9933db2e98436eb3df00ea38ae63d7b18_0.file.menu_genomic_browser.tpl.php<br>
>>     -rw-r--r-- 1 lorisadmin lorisadmin 12273 Sep  7 17:42<br>
>>     fb872a21af70c86930fd51b0f25275c1e0912249_0.file.install.tpl.php<br>
>> <br>
>>     thanks again!<br>
>>     Julie<br>
>> <br>
>>     On 06-11-2019 19.01 +0000, Christine Rogers, Ms. wrote:<br>
>>>     Hi Ioannis, <br>
>>>     Thanks for your question. <br>
>>>     Given that the URL field is not updating, I suspect it's a database<br>
>>>     back-end issue. <br>
>>>     Can you verify -- Has your mysql user lorismysql been granted the<br>
>>     "INSERT"<br>
>>>     privilege for the right database? If not, that would result in an<br>
>>     error<br>
>>>     like the kind you are seeing. <br>
>>>     Also, if you wish to check your LORIS Configuration settings in the<br>
>>>     backend database such as the URL field -- to see what was actually<br>
>>     stored<br>
>>>     in a given database field and should display in the Config<br>
>>     module: <br>
>>>     You can run the queries listed in the "Troubleshooting<br>
>>     Configuration<br>
>>>     settings" section of our Github-wiki Setup Guide (under Project<br>
>>>     Customization) : <br>
>>>    <br>
>>     [1][4]https://github.com/aces/Loris/wiki/Project-Customization#troubleshooting-configuration-settings<br>
>>>     Lastly, this question is perfectly appropriate for the loris-dev<br>
>>     community<br>
>>>     support listserv -- please [2]subscribe here and then email our<br>
>>     technical<br>
>>>     team your next question at [3][5]loris-dev@bic.mni.mcgill.ca<br>
>>     (after checking<br>
>>>     any forwarded threads for sensitive info). <br>
>>>     We prefer to answer technical questions there for the benefit of<br>
>>     the<br>
>>>     community and other first-time users in the same position as<br>
>>     yourself.  <br>
>>>     Thanks and cheers, <br>
>>>     Christine <br>
>>>     On Mon, Nov 4, 2019 at 5:49 PM Dr. Ioannis Pappas PhD<br>
>>>     <[4][6]ioannis@berkeley.edu> wrote:<br>
>>> <br>
>>>       Hi Loris support. <br>
>>>       My name is ioannis Pappas, a post-doc at the D'Esposito lab<br>
>>     stroke group<br>
>>>       at UC Berkeley. With the kind of help of our sys admin Julie<br>
>>     (cc'ed) we<br>
>>>       have set up our loris database in our cluster (she is the sudo<br>
>>     user and<br>
>>>       I am the admin user).<br>
>>>       If you allow me, I would like to ask you about the first<br>
>>     configuration<br>
>>>       steps in the front end as they are described in the tutorial. We<br>
>>     can<br>
>>>       login to [5][7]http://loris and the front end normally.<br>
>>>       However any update that I am trying to perform in<br>
>>     Admin->Configuration<br>
>>>       doesn't work (e.g. updating the study name). It just refreshes<br>
>>     the same<br>
>>>       page. I am just wondering if there is an issue with writing in<br>
>>     the<br>
>>>       configuration file.<br>
>>>       Here are the permissions setup for where Loris is installed.<br>
>>>       chmod 777 /var/www/loris/smarty/templates_c<br>
>>>       cd /srv/www/loris<br>
>>>       chown -R lorisadmin:lorisadmin .<br>
>>>       chmod -c -R a+r .<br>
>>>       Â  Â  this command gives everyone read access, and outputs what<br>
>>     changes<br>
>>>       were made:<br>
>>>       Â  Â  mode of Â¿./project¿ changed from 0770 (rwxrwx---) to 0774<br>
>>>       (rwxrwxr--)<br>
>>>       Â  Â  mode of Â¿./tools/logs¿ changed from 0770 (rwxrwx---) to<br>
>>     0774<br>
>>>       (rwxrwxr--)<br>
>>>       find . -type d -exec chmod a+x -c {} \;<br>
>>>       Â  Â  this command gives everyone permission to open a directory,<br>
>>     and<br>
>>>       outputs what changes were made:<br>
>>>       Â  Â  mode of Â¿./project¿ changed from 0774 (rwxrwxr--) to 0775<br>
>>>       (rwxrwxr-x)<br>
>>>       Â  Â  mode of Â¿./tools/logs¿ changed from 0774 (rwxrwxr--) to<br>
>>     0775<br>
>>>       (rwxrwxr-x)<br>
>>>       Hopefully you can help me with this. I also subscribed to the<br>
>>     mailing<br>
>>>       list but I am not sure if this too much of a basic question for<br>
>>     the<br>
>>>       list.<br>
>>>       Best wishes,<br>
>>>       Ioannis<br>
>>>       On Mon, Nov 4, 2019 at 1:12 PM Julie Ashworth, HWNI Computing<br>
>>     Support<br>
>>>       <[6][8]support-cirl@berkeley.edu> wrote:<br>
>>> <br>
>>>         Hi ioannis, maybe it's best to ask the developers? You can cc<br>
>>     me if<br>
>>>         you'd like.<br>
>>>         On Mon, Nov 4, 2019, 12:37 PM Ioannis Pappas<br>
>>     <[7][9]ioannis@berkeley.edu><br>
>>>         wrote:<br>
>>> <br>
>>>           That did the trick Julie. Thank you!<br>
>>> <br>
>>>           I am still trying to understand how configuration works<br>
>>     though. For<br>
>>>           example if I just try to change the name of the<br>
>>>           study from the front end, I get nowhere (it just refreshes<br>
>>     the same<br>
>>>           page).<br>
>>> <br>
>>>           I am not sure if this requires write permissions somewhere in<br>
>>     a<br>
>>>           config file/folder and that’s why it doesn’t update it.<br>
>>> <br>
>>>           Best wishes,<br>
>>>           Ioannis<br>
>>> <br>
>>>           > On Nov 4, 2019, at 12:08 PM, Julie Ashworth, HWNI Computing<br>
>>>           Support <[8][10]support-cirl@berkeley.edu> wrote:<br>
>>>           ><br>
>>>           > just in case you're interested, these are the permission<br>
>>     changes I<br>
>>>           made:<br>
>>>           ><br>
>>>           > chmod 777 /var/www/loris/smarty/templates_c<br>
>>>           > cd /srv/www/loris<br>
>>>           > chown -R lorisadmin:lorisadmin .<br>
>>>           > chmod -c -R a+r .<br>
>>>           >  Â  this command gives everyone read access, and outputs<br>
>>     what<br>
>>>           changes were made:<br>
>>>           >  Â  mode of Â¿./project¿ changed from 0770 (rwxrwx---) to<br>
>>     0774<br>
>>>           (rwxrwxr--)<br>
>>>           >  Â  mode of Â¿./tools/logs¿ changed from 0770 (rwxrwx---)<br>
>>     to 0774<br>
>>>           (rwxrwxr--)<br>
>>>           > find . -type d -exec chmod a+x -c {} \;<br>
>>>           >  Â  this command gives everyone permission to open a<br>
>>     directory, and<br>
>>>           outputs what changes were made:<br>
>>>           >  Â  mode of Â¿./project¿ changed from 0774 (rwxrwxr--) to<br>
>>     0775<br>
>>>           (rwxrwxr-x)<br>
>>>           >  Â  mode of Â¿./tools/logs¿ changed from 0774 (rwxrwxr--)<br>
>>     to 0775<br>
>>>           (rwxrwxr-x)<br>
>>>           ><br>
>>>           ><br>
>>>           ><br>
>>>           > On 04-11-2019 12.03 -0800, Ioannis Pappas wrote:<br>
>>>           >> Hi Julie.<br>
>>>           >> I just tried and I still don???t get anything. I also<br>
>>     tried<br>
>>>           private mode in Firefox in case the empty page was cached.<br>
>>>           >> Sorry for this.<br>
>>>           >><br>
>>>           >> Best wishes,<br>
>>>           >> Ioannis<br>
>>>           >><br>
>>>           >>> On Nov 4, 2019, at 11:58 AM, Julie Ashworth, HWNI<br>
>>     Computing<br>
>>>           Support <[9][11]support-cirl@berkeley.edu> wrote:<br>
>>>           >>><br>
>>>           >>> hi Ioannis,<br>
>>>           >>> no worries, I changed the following directory to 777:<br>
>>>           >>><br>
>>>           >>> /var/www/loris/smarty/templates_c<br>
>>>           >>><br>
>>>           >>> will you please check if that works?<br>
>>>           >>><br>
>>>           >>> thanks!<br>
>>>           >>><br>
>>>           >>><br>
>>>           >>><br>
>>>           >>><br>
>>>           >>><br>
>>>           >>> On 04-11-2019 11.49 -0800, Dr. Ioannis Pappas PhD wrote:<br>
>>>           >>>>  Hi Julie.<br>
>>>           >>>>  Apologies for bugging you with this again. We tried<br>
>>     now to<br>
>>>           >>>>  access [1][10][12]http://lorisÂ<br>
>>>           >>>>  and we are getting a blank page. I think the reason<br>
>>     for this<br>
>>>           is that we<br>
>>>           >>>>  don't have read permissions to read from the<br>
>>     template located<br>
>>>           in<br>
>>>           >>>>  /var/www/loris/smarty See here bottom of the<br>
>>>           >>>>  pageÂ<br>
>>>          <br>
>>     [2][11][13]https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief<br>
>>>           >>>>  I think, in general, I am a little bit confused as to<br>
>>     what the<br>
>>>           permissions<br>
>>>           >>>>  should be for us that are not sudos. My understanding<br>
>>     is that<br>
>>>           if we don't<br>
>>>           >>>>  have read or write permissions then we can't access or<br>
>>     write<br>
>>>           to<br>
>>>           >>>>  /var/www/loris, meaning that we can't access or<br>
>>     configure.<br>
>>>           Should<br>
>>>           >>>>  everything be chmod 777 for example?Â<br>
>>>           >>>>  Thank you very much once again.<br>
>>>           >>>>  Best wishes,<br>
>>>           >>>>  Ioannis<br>
>>>           >>>>  On Thu, Oct 31, 2019 at 1:56 PM Dr. Ioannis Pappas PhD<br>
>>>           >>>>  <[3][12][14]ioannis@berkeley.edu> wrote:<br>
>>>           >>>><br>
>>>           >>>>  Â  Thank you very much Julie. I appreciate this and I<br>
>>     will dig<br>
>>>           into Loris<br>
>>>           >>>>  Â  given your changes. Thank you so much for your<br>
>>     help.<br>
>>>           >>>>  Â  Best wishes,<br>
>>>           >>>>  Â  Ioannis<br>
>>>           >>>>  Â  On Thu, Oct 31, 2019 at 12:48 PM Julie Ashworth,<br>
>>     HWNI<br>
>>>           Computing Support<br>
>>>           >>>>  Â  <[4][13][15]support-cirl@berkeley.edu> wrote:<br>
>>>           >>>><br>
>>>           >>>>  Â  Â  hi Ioannis,<br>
>>>           >>>><br>
>>>           >>>>  Â  Â  1. I changed the permissions of /srv/www/loris<br>
>>     to be owned<br>
>>>           by<br>
>>>           >>>>  Â  Â  lorisadmin. I reivewed my installation notes,<br>
>>     and I did<br>
>>>           this already<br>
>>>           >>>>  Â  Â  when<br>
>>>           >>>>  Â  Â  I installed the server. I'm not sure why they<br>
>>     changed, so<br>
>>>           it's<br>
>>>           >>>>  Â  Â  probably a<br>
>>>           >>>>  Â  Â  good idea to keep an eye on that.<br>
>>>           >>>><br>
>>>           >>>>  Â  Â  2. When I installed the loris software, I also<br>
>>     installed a<br>
>>>           mysql<br>
>>>           >>>>  Â  Â  database as recommended in the instructions:<br>
>>>           >>>><br>
>>>           >>>>  Â  Â  projectname: LORIS<br>
>>>           >>>>  Â  Â  databasename: loris_database<br>
>>>           >>>>  Â  Â  mysqluser: lorismysql<br>
>>>           >>>>  Â  Â  frontend: lorisweb<br>
>>>           >>>><br>
>>>           >>>>  Â  Â  3. A couple of weeks ago, I moved Henrik's home<br>
>>     directory<br>
>>>           to<br>
>>>           >>>>  Â  Â  /home/despoA,<br>
>>>           >>>>  Â  Â  but I forgot to update loris. This is done now.<br>
>>>           >>>><br>
>>>           >>>>  Â  Â  best,<br>
>>>           >>>>  Â  Â  Julie<br>
>>>           >>>><br>
>>>           >>>>  Â  Â  On 31-10-2019 11.15 -0700, Dr. Ioannis Pappas<br>
>>     PhD wrote:<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Hi Julie.<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  I hope you are well. We are trying to<br>
>>     configure loris<br>
>>>           that you<br>
>>>           >>>>  Â  Â  kindly set<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  up for us.<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  I have a couple of questions for you if you<br>
>>     allow me<br>
>>>           so.Â<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  1) First, although we are logging into the<br>
>>     front end<br>
>>>           with admin<br>
>>>           >>>>  Â  Â  username<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  (lorisweb) and password, it seems that any<br>
>>     kind of<br>
>>>           update of<br>
>>>           >>>>  Â  Â  configuration<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  we are trying to do fails (meaning that if<br>
>>     we, say,<br>
>>>           change the<br>
>>>           >>>>  Â  Â  name of the<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  study and press "submit", this doesn't do<br>
>>     anything-it<br>
>>>           doesn't<br>
>>>           >>>>  Â  Â  update).<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  It's almost like our lorisweb user doesn't<br>
>>     have write<br>
>>>           privileges<br>
>>>           >>>>  Â  Â  in the<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  /var/www/loris/project (where I think every<br>
>>>           configuration should<br>
>>>           >>>>  Â  Â  be).<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  This generalizes for everything that we are<br>
>>     trying to do<br>
>>>           in the<br>
>>>           >>>>  Â  Â  front end.<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Clicking any instrument/tab in the front end<br>
>>     doesn't<br>
>>>           really point<br>
>>>           >>>>  Â  Â  to<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  anything.Â<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  2) Loris suggest doing configurations via<br>
>>     SQL. Is it<br>
>>>           possible to<br>
>>>           >>>>  Â  Â  run SQL<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  scripts in the backend<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  3) For some reason typing ssh lors for Henrik<br>
>>     doesn't<br>
>>>           directly<br>
>>>           >>>>  Â  Â  take him to<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  loris (it requires a password that is not the<br>
>>     password<br>
>>>           setup for<br>
>>>           >>>>  Â  Â  the<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  lorisweb user). Will you be able to fix this<br>
>>     via your<br>
>>>           sudo<br>
>>>           >>>>  Â  Â  privileges?<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Thank you very much in advance for all your<br>
>>     help Julie.<br>
>>>           Let us<br>
>>>           >>>>  Â  Â  know if<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  this is something that shouldn't be directed<br>
>>     to you (but<br>
>>>           instead<br>
>>>           >>>>  Â  Â  to the<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  loris people).Â<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Best wishes,<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ioannis<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  On Mon, Sep 9, 2019 at 6:25 PM Julie<br>
>>     Ashworth, HWNI<br>
>>>           Computing<br>
>>>           >>>>  Â  Â  Support<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  <[1][5][14][16]support-cirl@berkeley.edu><br>
>>     wrote:<br>
>>>           >>>>><br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  hi Henrik and Ioannis,<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  the loris server is available for you to<br>
>>     use.<br>
>>>           >>>>><br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  The servername is 'loris'. I created a<br>
>>     directory<br>
>>>           called<br>
>>>           >>>>  Â  Â  /data/loris for<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  you to store data. You may create new<br>
>>     folders in<br>
>>>           /data/loris to<br>
>>>           >>>>  Â  Â  organize<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  your data.<br>
>>>           >>>>><br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  1) secure shell or secure copy:<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  You can log in with the 'ssh' or 'scp'<br>
>>     command from<br>
>>>           your remote<br>
>>>           >>>>  Â  Â  desktop<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  session. You don't need to authenticate<br>
>>     to log in.<br>
>>>           Maybe you'll<br>
>>>           >>>>  Â  Â  use scp<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  to transfer data between your cluster<br>
>>     account and the<br>
>>>           loris<br>
>>>           >>>>  Â  Â  server?<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  Please put the data in /data/loris, so I<br>
>>     can make<br>
>>>           backups more<br>
>>>           >>>>  Â  Â  easily.<br>
>>>           >>>>><br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  Ã‚  Ã‚  secure shell:<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  Ã‚  Ã‚  $ ssh loris<br>
>>>           >>>>><br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  Ã‚  Ã‚  secure copy (change the names<br>
>>     in brackets). Let<br>
>>>           me know if<br>
>>>           >>>>  Â  Â  I can<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  Ã‚  Ã‚  help with syntax:<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  Ã‚  Ã‚  $ scp -r <data><br>
>>     loris:/data/loris/<newfolder><br>
>>>           >>>>><br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  2) front-end web interface.  Open a<br>
>>     web browser in<br>
>>>           your remote<br>
>>>           >>>>  Â  Â  desktop<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  session and enter the hostname:<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  [2][6][15][17]http://loris<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  I created an admin user called<br>
>>     'lorisweb'. I put the<br>
>>>           password<br>
>>>           >>>>  Â  Â  in<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  $HOME/newuser on the cluster. To see it,<br>
>>     open a<br>
>>>           terminal, and<br>
>>>           >>>>  Â  Â  run:<br>
>>>           >>>>><br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  Ã‚  Ã‚  $ cat $HOME/newuser<br>
>>>           >>>>><br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  If other people need shell access to the<br>
>>     webserver,<br>
>>>           please let<br>
>>>           >>>>  Â  Â  me know<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  so I can create a home directory for<br>
>>     them.<br>
>>>           >>>>><br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  We should eventually discuss backups.<br>
>>>           >>>>><br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  best,<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Ã‚  Julie<br>
>>>           >>>>><br>
>>>           >>>>> References<br>
>>>           >>>>><br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  Visible links<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  1.<br>
>>     mailto:[7][16][18]support-cirl@berkeley.edu<br>
>>>           >>>>> Ã‚  Ã‚  2. [8][17][19]http://loris/<br>
>>>           >>>>  Â  Â  ---end quoted text---<br>
>>>           >>>><br>
>>>           >>>> References<br>
>>>           >>>><br>
>>>           >>>>  Visible links<br>
>>>           >>>>  1. [18][20]http://loris/<br>
>>>           >>>>  2.<br>
>>>          <br>
>>     [19][21]https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief<br>
>>>           >>>>  3. mailto:[20][22]ioannis@berkeley.edu<br>
>>>           >>>>  4. mailto:[21][23]support-cirl@berkeley.edu<br>
>>>           >>>>  5. mailto:[22][24]support-cirl@berkeley.edu<br>
>>>           >>>>  6. [23][25]http://loris/<br>
>>>           >>>>  7. mailto:[24][26]support-cirl@berkeley.edu<br>
>>>           >>>>  8. [25][27]http://loris/<br>
>>>           >>> ---end quoted text---<br>
>>>           >><br>
>>>           > ---end quoted text---<br>
>>> <br>
>>>     --<br>
>>>     [26][28]christine.rogers@mcgill.ca<br>
>>>     McGill Centre for Integrative Neuroscience | MCIN.ca<br>
>>>     Montreal Neurological Institute<br>
>>>     McGill University | Montreal | Canada<br>
>>> <br>
>>> References<br>
>>> <br>
>>>     Visible links<br>
>>>     1.<br>
>>     [29]https://github.com/aces/Loris/wiki/Project-Customization#troubleshooting-configuration-settings<br>
>>>     2. [30]https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev<br>
>>>     3. mailto:[31]loris-dev@bic.mni.mcgill.ca<br>
>>>     4. mailto:[32]ioannis@berkeley.edu<br>
>>>     5. [33]http://loris/<br>
>>>     6. mailto:[34]support-cirl@berkeley.edu<br>
>>>     7. mailto:[35]ioannis@berkeley.edu<br>
>>>     8. mailto:[36]support-cirl@berkeley.edu<br>
>>>     9. mailto:[37]support-cirl@berkeley.edu<br>
>>>    10. [38]http://xn--loris-7qa/<br>
>>>    11. [39]https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief<br>
>>>    12. mailto:[40]ioannis@berkeley.edu<br>
>>>    13. mailto:[41]support-cirl@berkeley.edu<br>
>>>    14. mailto:[42]support-cirl@berkeley.edu<br>
>>>    15. [43]http://loris/<br>
>>>    16. mailto:[44]support-cirl@berkeley.edu<br>
>>>    17. [45]http://loris/<br>
>>>    18. [46]http://loris/<br>
>>>    19. [47]https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief<br>
>>>    20. mailto:[48]ioannis@berkeley.edu<br>
>>>    21. mailto:[49]support-cirl@berkeley.edu<br>
>>>    22. mailto:[50]support-cirl@berkeley.edu<br>
>>>    23. [51]http://loris/<br>
>>>    24. mailto:[52]support-cirl@berkeley.edu<br>
>>>    25. [53]http://loris/<br>
>>>    26. mailto:[54]christine.rogers@mcgill.ca<br>
>>     ---end quoted text---<br>
>> <br>
>>   --<br>
>>   [55]christine.rogers@mcgill.ca<br>
>>   McGill Centre for Integrative Neuroscience | MCIN.ca<br>
>>   Montreal Neurological Institute<br>
>>   McGill University | Montreal | Canada<br>
>> <br>
>> References<br>
>> <br>
>>   Visible links<br>
>>   1. <a href="mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca">mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
>>   2. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>   3. <a href="http://loris.priv/">http://loris.priv/</a><br>
>>   4. <a href="https://github.com/aces/Loris/wiki/Project-Customization#troubleshooting-configuration-settings">
https://github.com/aces/Loris/wiki/Project-Customization#troubleshooting-configuration-settings</a><br>
>>   5. <a href="mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca">mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
>>   6. <a href="mailto:ioannis@berkeley.edu">mailto:ioannis@berkeley.edu</a><br>
>>   7. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>>   8. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>   9. <a href="mailto:ioannis@berkeley.edu">mailto:ioannis@berkeley.edu</a><br>
>>  10. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  11. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  12. <a href="http://xn--loris-era/">http://xn--loris-era/</a><br>
>>  13. <a href="https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief">https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief</a><br>
>>  14. <a href="mailto:ioannis@berkeley.edu">mailto:ioannis@berkeley.edu</a><br>
>>  15. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  16. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  17. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>>  18. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  19. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>>  20. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>>  21. <a href="https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief">https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief</a><br>
>>  22. <a href="mailto:ioannis@berkeley.edu">mailto:ioannis@berkeley.edu</a><br>
>>  23. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  24. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  25. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>>  26. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  27. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>>  28. <a href="mailto:christine.rogers@mcgill.ca">mailto:christine.rogers@mcgill.ca</a><br>
>>  29. <a href="https://github.com/aces/Loris/wiki/Project-Customization#troubleshooting-configuration-settings">
https://github.com/aces/Loris/wiki/Project-Customization#troubleshooting-configuration-settings</a><br>
>>  30. <a href="https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev">https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev</a><br>
>>  31. <a href="mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca">mailto:loris-dev@bic.mni.mcgill.ca</a><br>
>>  32. <a href="mailto:ioannis@berkeley.edu">mailto:ioannis@berkeley.edu</a><br>
>>  33. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>>  34. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  35. <a href="mailto:ioannis@berkeley.edu">mailto:ioannis@berkeley.edu</a><br>
>>  36. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  37. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  38. <a href="http://xn--loris-7qa/">http://xn--loris-7qa/</a><br>
>>  39. <a href="https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief">https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief</a><br>
>>  40. <a href="mailto:ioannis@berkeley.edu">mailto:ioannis@berkeley.edu</a><br>
>>  41. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  42. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  43. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>>  44. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  45. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>>  46. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>>  47. <a href="https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief">https://github.com/aces/Loris/wiki/Installing-Loris-in-Brief</a><br>
>>  48. <a href="mailto:ioannis@berkeley.edu">mailto:ioannis@berkeley.edu</a><br>
>>  49. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  50. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  51. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>>  52. <a href="mailto:support-cirl@berkeley.edu">mailto:support-cirl@berkeley.edu</a><br>
>>  53. <a href="http://loris/">http://loris/</a><br>
>>  54. <a href="mailto:christine.rogers@mcgill.ca">mailto:christine.rogers@mcgill.ca</a><br>
>>  55. <a href="mailto:christine.rogers@mcgill.ca">mailto:christine.rogers@mcgill.ca</a><br>
> ---end quoted text---<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Loris-dev mailing list<br>
Loris-dev@bic.mni.mcgill.ca<br>
<a href="https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev">https://mailman.bic.mni.mcgill.ca/mailman/listinfo/loris-dev</a><br>
</div>
</span></font></div>
</body>
</html>