<div dir="ltr">Hi Sam,<div><br></div><div>So sorry for the delay in the reply. For some reason I never received your email.</div><div><br></div><div>Are you trying to create the .bval and .bvec files of already registered MINC files into LORIS? If so, there is a tool that was created in that PR (<a href="https://github.com/aces/Loris-MRI/pull/335" target="_blank">https://github.com/aces/Loris-MRI/pull/335</a>) called <a href="http://create_nifti_bval_bvec.pl">create_nifti_bval_bvec.pl</a> that can be found in the tools directory of LORIS-MRI. This script would create all the required bval and bvec files for the DWI files present in your LORIS instance.</div><div><br></div><div>Run "<a href="http://create_nifti_bval_bvec.pl">create_nifti_bval_bvec.pl</a> -h" to print out the help of that script that lists the options you can use to run the script.<br></div><div><br></div><div>Hope this helps. Let me know how this goes or if you have any questions.</div><div><br></div><div>Cécile</div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, Feb 2, 2019 at 6:58 PM Payabvash, Sam <<a href="mailto:sam.payabvash@yale.edu">sam.payabvash@yale.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
<div>Hi,</div>
<div><br>
</div>
<div>I was wondering if you can kindly help me with conversion of DTI files in MINC format to NIfTI  format and extraction of bval and bvec files. </div>
<div><br>
</div>
<div>I found your LORIS MRI Release v20.1.0 on git hub (<a href="https://github.com/aces/Loris-MRI/pull/335" target="_blank">https://github.com/aces/Loris-MRI/pull/335</a>); and I followed the instruction on "<a href="https://github.com/aces/Loris-MRI" target="_blank">https://github.com/aces/Loris-MRI</a>"
 to instal the package on our Ubuntu platform.</div>
<div><br>
</div>
<div>But can not figure out how to run the "make_niff" function from the MRI.pm in a shell script. </div>
<div>The MRI.pm is in the uploadNeuroDB/NeuroDB directory, and I tried :</div>
<div><br>
</div>
<div>$ perl -MMRI -e 'MRI::make_nii" dti.mnc</div>
<div><br>
</div>
<div>But it didn't work.</div>
<div><br>
</div>
<div>I sincerely appreciate your help.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best regards,</div>
<div>Sam</div>
<div>
<div dir="auto" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
<div dir="auto" style="overflow-wrap: break-word;">
<div style="text-align:start;text-indent:0px">
<div><br class="gmail-m_-9051785915240262931Apple-interchange-newline">
_____________________________</div>
<div>Sam (Seyedmehdi) Payabvash, MD</div>
<div>Assistant Professor of Radiology </div>
<div>Yale School of Medicine</div>
<div><a href="mailto:sam.payabvash@yale.edu" target="_blank">Email :  sam.payabvash@yale.edu</a></div>
</div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
<br>
</div>
<br class="gmail-m_-9051785915240262931Apple-interchange-newline">
</div>
</div>
<br class="gmail-m_-9051785915240262931Apple-interchange-newline" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
<br>
</div>
<br>
</div>

</blockquote></div>